《摩訶止觀》體系龐大，是智者大師晚期對修行法門的集大成之作，書中所涉佛學基本知識眾多，本文僅就作者所關切的若干實踐方法的問題及實踐方法所關涉的教理知識作探討。下分九節。
一、三種「止觀」的知識意義之分析
《摩訶止觀》為智者門人灌頂筆錄成書，灌頂於 ＜卷一＞＜序言＞中指出智者於慧思處習得三種「大乘止觀法門」，並為整理簡述，此三種「止觀」的知識表述方式實即天台學理論表述之特殊形式，以下簡述之，並提出對於這三種「止觀」的知識意義的若干討論：
天台傳南岳三種止觀：一漸次，二不定，三圓頓。皆是大乘，俱緣實相，同名止觀。漸則初淺後深，如彼梯蹬。不定前後更互，如金剛寶置之日中。圓頓初後不二，如通者騰空。為三根性，說三法門，引三譬喻。略說竟，更廣說。
漸初亦知實相。實相難解，漸次易行。先修歸戒，翻邪向正。止火血刀，達三善道。次修禪定，止欲散網。達色無色定道。次修無漏，止三界獄，達涅槃道。次修慈悲，止於自證，達菩薩道。後修實相，止二邊偏，達常住道。是為初淺後深，漸次止觀相。
不定者，無別階位，約前漸後頓，更前更後，互淺互深，或事或理。或指世界為第一義，或指第一義為為人、對治。或息觀為止，或照止為觀。故名不定止觀。
圓頓者，初緣實相，造境即中，無不真實。繫緣法界，一念法界。一色一香，無非中道。己界及佛界、眾生界亦然。陰入皆如，無苦可捨；無明塵勞，即是菩提，無集可斷；邊邪皆中正，無道可修；生死即涅槃，無滅可證。無苦無集，故無世間；無道無滅，故無出世間。純一實相，實相外更無別法。法性寂然名止，寂而常照名觀。雖言初後，無二無別。是名圓頓止觀。（＜卷一＞）
灌頂提出之天台學的「漸次止觀」、「不定止觀」、「圓頓止觀」三種修行方法的知識系統，此三種止觀在知識的內容上，其實也是反應出了基本哲學問題意識的差別，「漸次止觀」從知識的提供上由淺入深，對於修行證果的境界由低至高，突顯了由宇宙論的進路以言說功夫的特色。「不定止觀」對於修行法門的提出，強調不限於任何特定進路，其實正是針對本體的把握，因此正是本體論進路的功夫型態。「圓頓止觀」總萬境於一，實是功夫已有成就之境界展現的狀態。
所以，三種止觀實非不同型態之止觀知識架構，而是對於止觀實踐功夫進程上針對修行主體自身的不同境界的知識呈現型態，三種止觀其實同用於一人身上。「漸次止觀」是從工夫初入至最高境界之所有階段性法門的知識意義之說明，因此當然需要在修行階次上就修行者自身不同的主體知能狀態作逐步升進的知識說明，這些不同的修證階次的知識展現即是建立在宇宙論知識的基礎上的說明，所謂宇宙論知識即是對於一切存有者的主體知能狀態作現象描述時的知識提供，現象的描述是在客觀的知識上進行的，儘其可能地舖陳現象的知識以展現修行者在主體身心知能變化的種種階次，因此我們說這種說明階次的「漸次止觀」即是由宇宙論知識以為功夫描述進路的修行知識系統。如其言：「先修歸戒達三善道───次修禪定達色無色定道───次修無漏達涅槃道───次修慈悲達菩薩道───次修實相達常住道。」所以這是一個理論上的進程，而未必是真實的修證實況記錄，真實的實踐實況是任運自在隨心而轉的，因此即進入「不定止觀」之知識架構。
「不定止觀」其實是在「漸次止觀」的知識背景上提出直接在進行修行活動的實踐者的自由運用觀點，此一自由運用之所以可能，實為當實踐者以實相為蘄向進行修證功夫時，功夫之操作實為實踐者自心之自作解脫的進程，此一進程可無言語可說，轉為止觀知識架構以為證說時實隨手取來皆可言說，唯一真實實況即是主體境界的升進歷程而已，主體有別，升進實況不一，知識描述的進程亦不依任何解說架構而進行，一切進程只以主體當下的身心狀態為進度，故言止言觀皆不依定法，故言「不定止觀」。「不定止觀」是主體的功夫活動的不依定法切實實踐的功夫實況，當功夫依循至成就境界時，那又是止觀知識架構的另一番景象，此即進入「圓頓止觀」之問題意識了。
「圓頓止觀」實是在證悟境界的狀態描寫，修證者已臻悟境圓融，觸事皆道，以其觸處皆是如法，即此如法之狀態說有止觀，實無止觀，是為「圓頓止觀」。
依上所述，為未學者說修行法要即為「漸次止觀」之知識提供，就進修者之修行狀態之描寫即「不定止觀」之依宗旨掌握而任運自在，對已證者之境界狀態描寫即「圓頓止觀」之展現無礙。故而「圓頓止觀」非修行法要，「圓頓止觀」是一已證者之境界展現，對於未證者而言，「漸次止觀」是修行法要的知識說明，是修證者由粗入細的階次進階歷程之展示架構，然而此一架構實只是一知識架構，卻尚未真正實踐修行，真修行法要者實「不定止觀」，「不定止觀」實真修證途中之進程實況，故其言：「為三根性，說三法門。」
二、「五略」教具的理論意義
《摩訶止觀》架構大分十部分，分別為「大意、釋名、體相、攝法、偏圓、方便、正修、果報、起教、旨歸」這十部分的內容在其述「大意」的＜卷一＞及＜卷二＞中即以「五略」總說《摩訶止觀》之著述目的，「目的」即「大意」。以下簡述其言，並作若干作者個人理解上的討論：
解釋者，釋十章也。初釋大意，囊括始終，冠戴初後。意緩難見，今撮為五。謂發大心，修大行，感大果，裂大網，歸大處。云何發大心？眾生昏倒，不自覺知，勸令醒悟，上求下化。云何行大行？雖復發心，望路不動，永無達期，勸牢強精進，行四種三昧。云何感大果？雖不求梵天，梵天自應。稱揚妙報，慰悅其心。云何裂大網？種種經論，開人眼目，而執此疑彼，是一非諸，聞雪謂冷，乃至聞鶴謂動。今融通經論，解結出籠。云何歸大處？法無始終，法無通塞。若知法界，法界無始終，無通塞，豁然大朗，無礙自在。生起五略顯於十廣(云云)。
第四、為通裂大網諸經論故，說是止觀者：若人善用止觀觀心，則內慧明了，通達漸頓諸教，如破微塵出大千經卷，恒沙佛法一心中曉。若欲外益眾生，逗機設教者，隨人堪任，稱彼而說。乃至成佛化物之時，或為法王，說頓漸法，或為菩薩，或為聲聞、天、魔、人、鬼十法界像，對揚發起；或為佛所問，而廣答頓漸；或扣機問佛，佛答頓漸法輪。此義至第九重當廣說，攝法中亦略示。
旨歸三德，寂靜若此，有何名字而可說示？不知何以名之，強名中道、實相、法身、非止非觀等。亦復強名一切種智、平等大慧、般若波羅蜜觀等，亦復強名首楞嚴定、大涅槃、不可思議解脫止等。當知種種相、種種說、種種神力，一一皆入祕密藏中。何等是旨歸，旨歸何處，誰是旨歸？言語道斷，心行處滅，永寂如空，是名旨歸。至第十重中，當廣說也。
智者大師自己將《摩訶止觀》中各章所述重點再度歸結為五項簡要的宗旨，謂其：「發大心、修大行、感大果、裂大網、歸大處」，簡言之，即是要求眾生應該下定決心追求佛道──「發大心」，同時認真真實修行成佛──「修大行」，從而獲得成佛的果報──「感大果」。但是在整個修證過程中對於來自經論知識的掌握理解需要有圓融無礙的智慧，要能過透過經論知識的概念紛雜而掌握要領，而不被經論所限導致成就不足──「裂大網」，最後要展現出成佛境界的以無所得為究竟的境界──「歸大處」。
這其中的第四項即「裂大網」的一項其實就是《摩訶止觀》全書真正在進行的工作，《摩訶止觀》中之所述實包羅佛教教理與修行之眾多知識，並且都經智者大師將之綜合吸納於諸種言說系統之內，使眾多經論的所說能超越文字的限制而彼此會通，這就是他所說的「裂大網」的精神。實際上佛教經論的龐大紛雜確實是人類知識文化史上的一大奇觀，但是所說雖多終究仍是實踐經驗的表達所形成的知識概念系統，知識系統是一回事，實際修證是另一回事，修證者以修證成就即可檢視一切經論所述之實況而不受個別概念系統的限制，每一套經論都會有它的問題意識、及使用概念、及主張重點，知識本身當然是一個複雜的事件，後學者因為經論中所載的不同表述脈絡而各受其限，也同時限制其它經論的義旨，這就是導致佛法教義深晦難明的原因，更是影響修行人成就境界的因素，因此智者大師要「裂大網」，要把被經論的歧異而產生的知識牢籠予以戳破，《摩訶止觀》所重建的系統中更重視多種教理知識的統一融通，及闡明彼此的關係，目的即在此。當然，此一理論工程若非有智者這般的教理修證的成就境界亦不得為之，智者事實上是在自己的智慧與證量的真實實知中而裂此大網的，智者裂諸經論之大網而建構其自己的體系，此一體系其實又是一網，但這已經是另一個問題了。
智者論於「歸大處」要旨時所要強調的重點是：在真實實證的境界中，修證者最終都要超越一切語言名相的意義，直接呈現絕對自在的般若境界，而不是在任一家經論教義系統下的特殊境界的執著，最後要歸旨在成佛境界的圓融自在中。
三、「六即佛」說的理論意義
智者於《摩訶止觀》＜卷一＞「大意章」之「五略」之第一項「發大心」中提出「六即佛說」，「六即佛」說即對眾生成佛之事業，作了成佛進程的理論與實踐的階次說明。此六即為：「理即、名字即、觀行即、相似即、分真即、究竟即」以下即簡述之，並進行作者的討論：
為此事故，須知六即。謂理即，名字即，觀行即，相似即，分真即，究竟即。此六即者，始凡終聖。始凡故除疑怯。終聖故除慢大(云云)。理即者，一念心即如來藏理，如故即空，藏故即假，理故即中，三智一心中具，不可思議，如上說三諦一諦，非三非一。一色一香，一切法，一切心，亦復如是，是名理即是菩提心。亦是理即止觀，即寂名止，即照名觀。名字即者，理雖即是，日用不知，以未聞三諦，全不識佛法，如牛羊眼不解方隅。或從知識，或從經卷，聞上所說，一實菩提，於名字中，通達解了，知一切法皆是佛法，是為名字即菩提。亦是名字止觀。若未聞時，處處馳求，既得聞已，攀覓心息名止；但信法性，不信其諸名為觀。觀行即是者，若但聞名口說，如蟲食木偶得成字，是蟲不知是字非字，既不通達，寧是菩提？必須心觀明了，理慧相應，所行如所言，所言如所行。《華首》云：「言說多不行，我不以言說，但心行菩提。」此心口相應，是觀行菩提。《釋論》四句，評聞慧具足，如眼得日，照了無僻。觀行亦如是，雖未契理，觀心不息，如《首楞嚴》中射的喻。是名觀行菩提，亦名觀行止觀。恒作此想名觀，餘想息名止云云。相似即是菩提者，以其逾觀逾明，逾止逾寂，如勤射鄰的，名相似觀慧。一切世間治生產業，不相違背，所有思想籌量，皆是先佛經中所說，如六根清淨中說。圓伏無明名止，似中道慧名觀(云云)。分真即者，因相似觀力，入銅輪位，初破無明見佛性，開寶藏顯真如。名發心住。乃至等覺，無明微薄，智慧轉著，如從初日至十四日，月光垂圓闇垂盡。若人應以佛身得度者，即八相成道。應以九法界身得度者，以普門示現。如經廣說，是名分真菩提。亦名分真止觀，分真智斷。究竟即菩提者，等覺一轉，入於妙覺，智光圓滿，不復可增，名菩提果。大涅槃斷，更無可斷，名果果。等覺不通，唯佛能通。過荼無道可說，故名究竟菩提，亦名究竟止觀。
「理即」與言「一切眾生皆有佛性」義實一致，是眾生皆可成佛的本體宇宙論的知識根據與保證。「名字即」是人存有者對於佛法的理論與實踐的知識的認識，對於「成佛事業」的所有觀念的知曉，因僅僅是觀念上的知曉故而對於眾生而言亦只是在名字上識知佛道，而非在現實上已成佛道。「觀行即」「相似即」「分真即」「究竟即」是連續的四個修證階段，「觀行即」強調知識之外必須實踐，這也是一個重要的觀念，這就使得佛法教義不會只是一套與己無關的外在的知識概念系統，同時永遠無法將其證實為真，一但行者能開始實踐，則一切經驗中的實效即會真實呈現，並且是有明確的階次可為說明，如「相似即」「分真即」之境界陳述者。作者以為，「六即說」的觀念中實即「理即」與「觀行即」兩個概念中所要強調的重點是最有理論與實踐的重要性的，前者即「眾生皆有佛性」之說之強調，後者即「學佛必須要實踐」的強調。至於「名字即」只是將所有佛教經論教義的知識系統同合起來給予一個名字叫做「名字即」，其實無所說於佛教教義的整體。而「相似即」及「分真即」只是把原有的成佛歷程中的階次系統另外歸分為此兩階而已，此在知識上實無新說。「究竟即」即「成佛境」，在知識上亦無新說。可謂「六即佛」說實是對「眾生與佛之關係」而作的關係歸類，並未增加傳統教義的新知識，而是在傳統知識中以「眾生與佛關係」為議題再作重構式陳述。
四、四種三昧的哲學問題分析
智者大師於《摩訶止觀》＜卷二＞「五略」之第二項「修大行」的實踐方法中提出「四種三昧」的知識體系，以下即簡述其言，並作若干義理理解之討論：
二、勸進四種三昧入菩薩位，說是止觀者：夫欲登妙位，非行不階。善解鑽搖，醍醐可獲。《法華》云：「又見佛子修種種行以求佛道。
」行法眾多，略言其四：一、常坐，二、常行，三、半行半坐，四、非行非坐。通稱三昧者，調直定也。《大論》云：「善心一處住不動，是名三昧。」」法界是一處，正觀能住不動，四行為緣觀心，藉緣調直。故稱三昧也。
對於修行法要的知識，智者大師另以「常坐三昧、常行三昧、半行半坐三昧、非行非坐三昧」四種三昧再作解說，其實也就是佛教功夫理論的全體了。其中前三項是以身體行坐的形式而作出區分，但是就修行的身口意三業而言，作者以為，除了身儀的要求有別之外，口意的要求其實沒有定規，亦無須定執。而實際上，身儀的要求亦非一絕對的形式，故而或坐、或行、或半坐半行、或非坐非行，此說實已說明坐與行之身儀只是修行的形式，終極來說是沒有定規的。雖然理論上是如此，但在實際修證活動中，卻是需要一個身儀的形式以為意志鍛鍊的管道，或九十日一坐或九十日一行，都是藉由身儀的鍛鍊而強化意志的力量，從而使得修證的效果得以出現。身儀的鍛鍊是為要對抗業力的習性的，眾生無始以來多造種種業，各業紛呈干擾心性與修行，如果光憑心性功夫以為修證之途，則或因機緣不夠多，或因念頭不敏銳，以致錯失諸種刻期致勝的效果，不如直接以坐禪、經行等法進行鍛鍊，在身儀形式的強力要求中同時進行心性的鍛鍊，如此便是修行法要可有功效之實際所在。
五、觀惡修法與性惡論的理論意義
智者大師在《摩訶止觀》＜卷二＞之「五略」之第二「修大行」中談到「非行非坐三昧」的時候，因為此一法門自由度高，故而需對惡事亦有面對，要求眾生即於惡事中行佛道，這使得天台宗後來發展出佛不斷性惡之說，此處我們將從智者對於即在惡事中行佛道的知識意義予以釐清，以為天台性惡說之可能性及真正意義作說明。以下先簡述其文：
三、以隨自意，歷諸惡事者。夫善惡無定，如諸蔽為惡，事度為善，人天報盡，還墮三塗，已復是惡。何以故？蔽、度俱非動出，體皆是惡。二乘出苦，名之為善。二乘雖善但能自度，非善人相。《大論》云：「寧起惡癩野干心，不生聲聞辟支佛意。」當知生死、涅槃，俱復是惡。六度菩薩，慈悲兼濟，此乃稱善。雖能兼濟，如毒器貯食，食則殺人，已復是惡。三乘同斷，此乃稱好，而不見別理，還屬二邊。無明未吐，已復是惡。別教為善，雖見別理，猶帶方便，不能稱理。
《大經》云：「自此之前，我等皆名邪見人也。」邪豈非惡？唯圓法名為善。善順實相名為道，背實相名非道。若達諸惡非惡，皆是實相，即行於非道，通達佛道。若於佛道生著，不消甘露，道成非道。如此論善惡，其義則通。
如是觀時，於塵無受者，於緣無作者，而於塵受根緣，雙照分明。幻化與空、及以法性，不相妨礙。所以者何？若蔽礙法性，法性應破壞；若法性礙蔽，蔽應不得起。當知蔽即法性，蔽起即法性起，蔽息即法性息。
《無行經》云：「貪欲即是道，恚癡亦如是。如是三法中，具一切佛法。若人離貪欲，而更求菩提，譬如天與地。」貪欲即菩提，《淨名》云：「行於非道，通達佛道。」一切眾生，即菩提相，不可復得；即涅槃相，不可復滅。為增上慢，說離婬怒癡，名為解脫。無增上慢者，說婬怒癡性，即是解脫。一切塵勞，是如來種。山海色味，無二無別。即觀諸惡不可思議理也。
佛說貪欲即是道者，佛見機宜，知一種眾生，底下薄福，決不能於善中修道。若任其罪流轉無已，令於貪欲修習止觀，極不得止，故作此說。
若有眾生不宜於惡修止觀者，佛說諸善，名之為道。佛具二說。汝今云何呵善就惡？若其然者，汝則勝佛，公於佛前，灼然違反。復次，時節難起，王事所拘，不得修善，令於惡中而習止觀。汝今無難無拘，何意純用乳藥，毒他慧命？
復次，夷險兩路皆有能通，為難從險，善惡俱通，審機入蔽。汝棄善專惡，能通達非道，何不蹈躡水火，穿逾山壁？世間險路尚不能通，何況行惡而會正道，豈可得乎？
以上文字，義旨已明，以下展開相關哲學問題之討論，其中之核心問題即是：佛教是「性惡論」嗎？這涉及對於善惡概念的定義，如果以成佛境為絕對圓融清淨的境界來說的話，那麼一切未成佛的眾生其實都在染境之中，都可以「陰界入」觀察其存有狀態，即觀察其多生多世的一切善惡業染，因其皆有染，故亦可說為惡，即一切眾生除佛境界之外皆為「性惡」。但是大乘佛法又主張「一切眾生皆有佛性」，《大乘起信論》又以「真如、生滅」二門說一切眾生的生命歷程，此亦即謂真如實相實亦眾生本來所具，因此眾生皆具成佛之可能，因此佛教「人性論」又必須是「性善論」的。如此一來，我們必須這樣理解佛教「人性論」中的善惡問題，即眾生在成佛位時，就其「陰界入」結構中必然是在無明業染中的不同程度的惡性之中，但是他又始終具有真如實相或曰本具之佛性，作為其得成佛之可能性，此一說法對照於現實情況而言實極清晰且合理。因此可說眾生皆具有「惡業質素」也都具有「本善佛性」，此是生命實況，於是佛教修行法門就要追求去惡從善的方法，使「陰界入」中的惡業所染逐步化消，化消即解脫，化消淨盡即成佛。四聖諦中的「有漏皆苦」實即皆惡，因惡而苦，故需修證，因知集，而行道，而入滅。入滅即涅槃即成佛境，此議引申大小乘成佛境意義之歧異，此是另外的問題，暫不多論。
就眾生「陰界入」中有惡染而言，要說這是「性惡」那也只是語言約定的說法而已。此暫不論。智者於《摩訶止觀》中所要強調的是眾生需即於惡事中修善道，此事實可說，一切眾生修善之行為都是在「陰界入」有惡染的情境中的行為，同時修善的機緣也更是即在業染的處境中，所以即在行惡事之時當下知其為惡而去惡從善。有惡可知而去惡行善即是修證之真實實況，否則恐亦無善可修，故曰「即貪欲而成佛道」。這是就眾生說。若就佛說，佛欲救渡眾生，需對眾生之惡明白了然，此是一認知能力中事，此非佛在行惡，更非佛性有惡。又或佛在接近眾生惡行之事中而觀機伺教導惡為善，與眾生雜處，以眾生身化身示現，因此佛有顯現雜染相的本性能力，此亦非佛在行惡，更非佛具性惡，只是佛有能力現雜染相而導化惡境中之眾生。可謂佛不斷救渡眾生之願力，卻不可謂佛不斷性惡。佛即清淨法身體，可有報化多身以行因緣，豈可為佛有性惡之具，此實概念混亂的說法。
此外，眾生有惡，卻要求行善，雖在雜染濁世中當機導善，亦不得謂其所染之事即是善道，更不得即鼓勵所染之事之為可行，所染之事只尚未淨化，但另有機緣在，故仍耽著於其事之中而已，但在可導善去惡的其它機緣中即需力求證道。因此「即貪欲即佛道」並非貪欲行是佛道，而是就在貪欲行的當下見其為貪欲而即制止之而去惡從善而行佛道才是正道。因此佛與惡事的真正關係實為以下三項：「勸請為惡之人修行佛法、接近為惡眾生勸請修行、對於惡行惡事如實理解」。故而佛始終非「性惡」本具者，至於眾生則為具成佛本性，卻實處惡染積聚之因緣中者。
六、十乘觀法之觀「十境」的哲學問題分析
智者大師在對於以往佛教眾多經論的知識系統作出各種分析重組之後，他也在第七章「正修止觀」章中提出了他自己的修行經驗的知識整理，此即是「十境」，此「十境」是修行歷程中將遍歷之諸事，對於實修者而言實為最真實的經驗知識的提供。以下先簡述其文字：
開止觀為十：一、陰界入，二、煩惱，三、病患，四、業相，五、魔事，六、禪定，七、諸見，八、增上慢，九、二乘，十、菩薩。此十境，通能覆障。
陰在初者二義：一、現前，二、依經。《大品》云：「聲聞人依四念處行道，菩薩初觀色乃至一切種智。」章章皆爾，故不違經。又行人受身，誰不陰入？重擔現前，是故初觀。後發異相，別為次耳。
夫五陰與四大合，若不照察，不覺紛馳。如閉舟順水，寧知奔迸？若其迴泝，始覺馳流。既觀陰果，則動煩惱因。故次五陰而論四分(大)也。
四大是身病，三毒是心病，以其等故，情中不覺。今大分俱觀，衝擊脈藏，故四蛇偏起，致有患生。
無量諸業不可稱計，散善微弱不能令動。今修止觀，健病不虧，動生死輪，或善萌故動，惡壞故動。善示受報故動，惡來責報故動。故次病說業也。
以惡動故惡欲滅，善動故善欲生。魔遽出境，作諸留難，或壞其道。故次業說魔。
若過魔事，則功德生，或過去習因，或現在行力，諸禪競起，或味或淨，或橫或豎。故次魔說禪。
禪有觀支，因生邪慧，逸觀於法，僻起諸倒，邪辯猛利。故次禪說見。
若識見為非，息其妄著貪瞋，利鈍二俱不起。無智者謂證涅槃，小乘亦有橫計四禪為四果，大乘亦有魔來與記，並是未得謂得，增上慢人。故次見說慢。
見慢既靜，先世小習因靜而生，身子捨眼即其事也。《大品》云：「恒沙菩薩發大心，若一若二入菩薩位，多墮二乘。」故次慢說二乘。
若憶本願，故不墮空者諸方便道，菩薩境界即起也。《大品》云：有菩薩不久行六波羅蜜，若聞深法，即起誹謗，墮泯犁中。此是六度菩薩耳。通教方便位亦有謗義，入真道不謗也。別教初心知有深法，是則不謗。此等悉是諸權善根，故次二乘後說也。
此十種境，始自凡夫正報，終至聖人方便。
陰入一境，常自現前，若發不發，恒得為觀。餘九境，發可為觀，不發何所觀？又八境去正道遠，深加防護得歸正轍；二境去正道近，至此位時不慮無觀，薄修即正。（＜卷五＞）
此「十境」實是具體功夫進程中將真實發生之種種歷程，主體自身在行各種止觀三昧之功夫進程時，將有具體經驗中的各種挑戰、各種困境的產生，這是真實實踐中的知識，智者大師將之析為「十境」以逐一介說。作者以為，此一部份即是《摩訶止觀》中最為珍貴的知識，因為這一部分的知識除了是經典有據之外，更且是智者大師親身經歷的修證知識，更重要的是，實踐經驗的知識是一切佛教理論的真實依據，是一切佛教理論之所以成立的最終保證，同時也是使得修行者依經驗知識所述之歷程而在實修中謹慎應對而終能成功的實質憑仗。
此「十境」實為所觀之境，是任一種修行法門在實際操作過程中實修者觀察於自己身心狀態變化歷程的十種實有境界，分別為：「陰界入、煩惱、病患、業相、魔事、禪定、諸見、增上慢、二乘、菩薩」。
觀「陰界入」是傳統唯識學的基本知識，一切眾生以「陰界入」而成其業力質具，「陰界入」是分析一切有情眾生的存在實況的基本分析架構，觀「陰界入」清析之後則對於修證活動便有助益，有情眾生如果識覺圓明，則從一「陰界入」即知己身之所有業染因緣，以及可能的修證歷程，及最終證悟的境界。但是仍在修行歷程中的眾生卻無此能力，因此依修行歷程遍觀以下諸境這才是最真實有據的修行經驗。
觀「煩惱」境當然是修行過程中最容易發生的經驗，「眾生皆苦」即為眾生皆有煩惱，有已經直接衝擊身心的煩惱，有經觀「陰界入」而知己過之煩惱，種種煩惱即是眾生有過之明證，即是過去生生世世因無明之欲而造業的結果所致，業以惡事向己侵逼則有煩惱，有煩惱則應知其所緣，去欲對治，不可更有惡欲而更加重業力，如此則煩惱終不可斷。然眾生幸遇佛法智慧或可去欲斷惡，若非，則恐以仇恨嗔怒心更造新業，因此去煩惱之方法亦須講究，如此才有層層轉進的結果。
觀「病患」境，是就著修行過程中以心法之鍛鍊產生色法之影響而有實知的歷程，色法因心法之改變而受衝擊而致色法亦隨而改變，改變過程中對修行者而言即為以「病患境」顯現。這是一個在修行經驗中的真實事件，理論的重點即在清楚指出佛教世界觀中的身心一體的客觀知識，身心實為一體同構的結構體，彼此互動影響，身體結構狀態反應心理染淨狀態，心理染淨程度因修行而有所改變之時，身體強弱狀態即相應地反映出來，這一個改變的過程即是患病的現象，因此修行一定伴隨治病，病痛的對治亦是修行的階次，因此所有修行者應以正面積極的態度面對病患，治病患如同治心亦是修行境界的課題。
觀「業相」境是修行功力更加強化後才能得見的境界，修行者若非牽動更大的身心諸業的勢力實不易覺察，或一般人沒有佛教因果業力觀念者則更無法理解，只有修行者在細微的事件流動過程中的順逆諸境進行察伺，才可以自己覺知自己的宿世業力在現實修行經驗中的助力與阻力因緣，有助力無須喜樂，有阻力無須怨懟，一切已經是業力顯現的結果，對於當下的境界提升沒有關係，修行者只有活在當下提昇境界才是修行的唯一真義。所以業力的牽引不得作為障道的藉口，業力是一最公平的力量，業力不是他人所施逼的惡行，也不是他人所施予的恩惠，業力是自己所造作的因緣，雖然它可能顯現為他人的阻撓、侵凌、觀愛、護持等等，但是修行者如能以「業相境」細觀之、伺察之，實皆是自己的造業所致，以業相境觀修行歷程，修行者將能知業感業、心平氣和、勇猛精進。
觀「魔事」境是修行者主體的改變已經牽動整個客觀世界的染境因緣時所會發生的干擾事件，修行主體自己的身心實況實又與整體世界的所有眾生及國土同其一體，因此個別修行者的自我清淨的事件實有澄清法界的作用，法界受到澄清時法界中的種種眾生即受撼動，所謂魔事干擾實指明確的外力的反抗，此事已非修行者自己的業力的緣故，而是法界中其它眾生的業力遷染的結果，眾生皆因習性而慣常地堅持執著，今修行者以自己的證量將澄清世間種種暗惡之行徑時，其它眾生的習性活動即受撼動而致不能繼續執著於原有的習性生活結構之中，因此便以種種方式干擾修行者的修行活動，只要修行者放棄改變自己的修行實踐，那麼諸外力因緣即無須因受牽動而跟著改變，此即魔事發生的原因，魔事即為阻擾修行者因自證量而清法界的巨大力量，魔事的出現亦正顯示修行者的動能更加強大，但是魔事的干擾力量卻也非比尋常，因此將對修行者產生更大的誘惑，這又是更為細微的心念意志控制的考驗，可謂境界愈高考驗愈烈，通常一般凡夫即在此處就會墮道，這是因為外力誘引力量確實發生作用的結果，魔事以惡力相向則壞人行善氣勢，魔事以利愛誘引時則亂人向道心誠，凡夫不知以為福報，盡情享受人間欲樂之時殊不知正為魔事干擾的結果。因此於「魔事」境觀境起修，實為更嚴峻的修行考驗。
接下來觀「禪定、諸見、增上慢、二乘、菩薩」諸境，實為真有實證之佛教修行中人將經歷的諸種階次及其困境，階次以成就為說，亦得以困境為說，「禪定」以後之「二乘」、「菩薩」皆為成就，但是過程中自亦有其困境，「諸見」及「增上慢」即是困境的顯現，此二境修行者不易察知，若能察知即已通過一境界階次。
七、「一念三千」之世界結構圖示問題
智者大師於《摩訶止觀》＜卷五＞談「十乘觀法」之「觀不思義境」中提出「一念三千」的哲學觀念，「一念三千」實是要談在修行法門中的「止觀」方法，是一個主體的修行境界的觀法，但在多數研究天台學的作品中，都會直接將之當作天台學的「形上學」「世界觀」，因此「三千世界」成了天台學為佛教所提出的一個世界圖式。然而作者以為它並非世界結構圖式，「三千世界」是由「十法界」、「三世間」、「十如是」所構成，若要說及世界結構圖式，則「十法界」即是，「十法界」正是十個層次不同的世界圖式，「三世間」則不是，「十如是」亦非世界結構概念。以下先引述「十法界」文再分別進行討論：
一、觀心是不可思議境者，此境難說。先明思議境，令不思議境易顯。
思議法者，小乘亦說心生一切法，謂六道因果、三界輪環。若去凡欣聖，則棄下上出，灰身滅智，乃是有作四諦，蓋思議法也。
大乘亦明心生一切法，謂十法界也。若觀心是有，有善有惡。惡則三品：三途因果也；善則三品：脩羅、人、天因果。觀此六品無常生滅，能觀之心亦念念不住。又能觀所觀，悉是緣生，緣生即空，並是二乘因果法也。
若觀此空有墮落二邊，沈空滯有，而起大慈悲，入假化物，實無身假作身、實無空假說空而化導之，即菩薩因果法也。
觀此法能度所度，皆是中道實相之法，畢竟清淨，誰善誰惡，誰有誰無，誰度誰不度，一切法悉如是，是佛因果法也。此之十法，邐迆淺深，皆從心出，雖是大乘無量四諦所攝，猶是思議之境，非今止觀所觀也。
不可思議境者，如《華嚴》云：「心如工畫師，造種種五陰，一切世間中，莫不從心造。」種種五陰者，如前十法界五陰也。法界者三義，十數是能依，法界是所依，能所合稱，故言十法界。又此十法各各因各各果，不相混濫，故言十法界。又此十法一一當體，皆是法界，故言十時界(云云)。（＜卷五上＞）
「十法界」互具之說對修行中的人存有者是極具意義的，它呈現了對於任何一位存有者的當下存在處境的上下轉進的可能性，即在其一念心動之當下，他的生命積聚的歷程即已趣向了不同的法界的境界，因此即在人存有者的生活世界中，各種法界的存有者的生命姿態都同時顯現，多采多姿，供人品味及升降自己，生命即在現世間趣向或染或淨的進程中，由於眾生念念不斷，因此這一個升降的進程就永不止息，因此現實生活中的任何動機心思就必須十分警覺，貪欲即畜生，傲慢即阿修羅，惡念即惡鬼，兇殘即地獄。豈可不慎。
以下簡述「三世間」文：
十法界通稱陰入界，其實不同：三途是有漏惡陰界入，三善是有漏善陰界入，二乘是無漏陰界入，菩薩是亦有漏亦無漏陰界入，佛是非有漏非無漏陰界入。
《釋論》云：「法無上者涅槃是，即非有漏非無漏法也。」《無量義經》云：「佛無諸大陰界入者，無前九陰界入也。」今言有者，有涅槃常住陰界入也。《大經》云：「因滅無常色獲得常色，受想行識亦復如是。」常樂重沓即積聚義，慈悲覆蓋即陰義。
以十種陰界不同故，故名五陰世間也。
攬五陰通稱眾生，眾生不同：攬三途陰，罪苦眾生；攬人天陰，受樂眾生；攬無漏陰，真聖眾生；攬慈悲陰，大士眾生；攬常住陰，尊極眾生。
《大論》云：「眾生無上者佛是，豈與凡下同？《大經》云：「歌羅邏時名字異，乃至老時名字異；芽時名字異，乃至果時名字亦異。」
直約一期十時差別，況十界眾生寧得不異？故名眾生世間也。
十種所居通稱國土世間者；地獄依赤鐵住，畜生依地水空住，修羅依海畔海底住，人依地住，天依宮殿住，六度菩薩同人依地住，通教菩薩惑未盡同人天依住，斷惑盡者依方便土住，別圓菩薩惑未盡者同人天方便等住，斷惑盡者依實報土住，如來依常寂光土住。
《仁王經》云：「三賢十聖住果報，唯佛一人居淨土。」土土不同，故名國土世間也。
此三十種世間悉從心造。（＜卷五上＞）
「三世間」實是世間之三種認識角度，要說「世間」即是一宇宙論的問題意識之言說，就宇宙論問題意識說「世間」時，「世間」之中即有「客觀世界」之物質結構之知識項目，也有「存有者」類別之知識項目，也有「存有者」之知能之知識項目。「陰界入」本就是就著「存有者」而說及其知能狀態的，「眾生」即存有者，其有種種類別，即說著諸「法界」而說的各種存有者類別，「國土」即說諸法界之物質結構狀態，所以「三世間」實是就著「十法界」說其物質結構狀態的「國土世間」，就著存有者類別說其存處於何種法界中的「眾生世間」，就著諸法界之個別存有者說其生命知能狀態的「五蘊世間」，「五蘊」展開來即是「陰界入」。所以「三世間」並非客觀的三個不同的宇宙論意義的「世界」，而是對於十種不同的「世界」分說其中之「國土意義」、「眾生意義」、及「五蘊意義」之各為何者。
以下引「十如是」文：
又十種五陰，一一各具十法，謂如是相、性、體、力
、作、因、緣、果、報、本末究竟等。先總釋，後隨類釋。總釋者，
夫相以據外，覽而可別。《釋論》云：「易知故名為相。」如水火相異，則易可知；如人面色具諸休否，覽外相即知其內。昔孫、劉相顯，曹公相隱，相者舉聲大哭，四海三分，百姓荼毒。若言有相，闇者不知；若言無相，占者洞解；當隨善相者，信人面外具一切相也。心亦如是，具一切相。眾生相隱，彌勒相顯，如來善知，故遠近皆記。不善觀者，不信心具一切相。當隨如實觀者，信心具一切相也。
如是性者，性以據內，總有三義：一不改名性，《無行經》稱不動性，性即不改義也。又性名性分，種類之義分分不同，各各不可改。又性是實性，實性即理性，極實無過，即佛性異名耳。不動性扶空，種性扶假，實性扶中。今明內性不可改，如竹中火性，雖不可見不得言無，燧、人、乾草，遍燒一切。心亦如是，具一切五陰性，雖不可見，不得言無。以智眼觀，具一切性。
如是體者，主質故名體。此十法界陰，俱用色心為體質也。
如是力者，堪任力用也。如王力士，千萬技能，病故謂無，病差有用。心亦如是，具有諸力，煩惱病故，不能運動。如實觀之，具一切力。
如是作者，運為建立名作，若離心者，更無所作，故知心具一切作也。
如是因者，招果為因，亦名為業，十法界業起自於心，但使有心，諸業具足，故名如是因也。
如是緣者，緣名緣由，助業皆是緣義，無明愛等，能潤於業，即心為緣也。
如是果者，剋獲為果，習因習讀於前，習果剋獲於後，故言如是果也。
如是報者，酬因曰報，習因習果，通名為因，牽後世報，此報酬於因也。
如是本末究竟等者，相為本，報為末，本末悉從緣生，緣生故空，本末皆空，此就空為等也。又相但有字，報亦但有字，悉假施設，此就假名為等。又本末互相表幟，覽初相，表後報，睹後報，知本相，如見施知富，見富知施，初後相在，此就假論等也。又相無相，無相而相，非相非無相；報無報，無報而報，非報非無報，一一皆入如實之際，此就中論等也。（＜卷五上＞）
「十如是」是就著有情眾生之在於一特定存在處境中的情態所作的生命資訊的解析。「十如是」本非明確的印度佛學的知識範疇，它是鳩摩羅什譯經時的構作而經智者大師的提取而為知識的範疇，它的知識的基礎仍是因緣果報的觀念，是佛教教義中對於存有者的存在處境的認識理解的架構，由因緣果報而更展開之十個介說範疇。「一念三千」是一念中具之三千，因此「十如是」作為一念中具的意義仍是一念中的生命資訊的解析架構。分析存有者以「五蘊」說，若為分析存有者的當下狀態則更析分為「十如是」說，所以「十如是」亦非宇宙論問題意識裏的外在客觀世界
此外亦值得一提的是，「十如是」中對於「相」的解說部分，智者大師將眾生於「相」中所透露的生命資訊與「人相學」作了結合的肯定，這就使得「人相學」在佛教哲學中取得了知識根據，這是具有重要的理論意義的。向來命相數術之學在儒道哲學中都難以找到理論掛搭的基地，反而是在重視生命資訊的佛教哲學體系中獲得理論的根據。
八、「一念三千」之「不思議境界」問題
介爾一念即具三千，此經驗之真實耶虛妄耶？智者大師屢屢強調「一念三千」作為一種修行止觀的教法，是一「不思議境」。此是何義？以下先簡述其文，隨後再進行解說：
夫一心具十法界，一法界又具十法界、百法界，一界具三十種世間，百法界即具三千種世間。此三千在一念心，若無心而已，介爾有心，即具三千。亦不言一心在前，一切法在後；亦不言一切法在前，一心在後。
既橫從四句生三千法不可得者，應從一念心滅生三千法耶？心滅尚不能生一法，云何能生三千法耶？若從心亦滅亦不滅生三千法者，亦滅亦不滅其性相違，猶如水火二俱不立，云何能生三千法耶？若謂心非滅非不滅生三千法者，非滅非不滅，非能非所，云何能所生三千法耶？亦縱亦橫求三千法不可得，非縱非橫求三千法亦不可得，言語道斷，心行處滅，故名不可思議境。《大經》云：「生生不可說，生不生不可說，不生生不可說，不生不生不可說。」即此義也。當知第一義中，一法不可得，況三千法；世諦中，一心尚具無量法，況三千耶？（＜卷五上＞）
若得此意，俱不可說俱可說。若隨便宜者，應言無明法法性，生一切法。如眠法法心，則有一切夢事。心與緣合，則三種世間、三千相性，皆從心起。一性雖少而不無，無明雖多而不有。何者？指一為多，多非多；指多為一，一非少；故名此心為不思議境也。
若法性、無明合有一切法，陰界入等，即是俗諦。一切界入是一法界，即是真諦。非一非一切，即是中道第一義諦。如是遍歷一切法，無非不思議三諦(云云)。
若一法一切法，即是因緣所生法，是為假名，假觀也。若一切法即一法，我說即是空，空觀也。若非一非一切者，即是中道觀。一空一切空，無假中而不空。總空觀也。一假一切假，無空中而不假，總假觀也。一中一切中，無空假而不中，總中觀也。即《中論》所說不可思議一心三觀，歷一切法亦如是。（＜卷五上＞）
首先，我們先作概念確定，「不思議」是不應思議？還是非關思議？其實這要從兩方面說，從功夫上說是不應思議，從境界上說是非關思議。智者大師於介紹三千法時先說了三千法是可思議法，從而展開知識上的舖陳，於是介爾一心即具三千，此事實為提醒修行者萬法唯心，一切心念造作影響深遠，業力牽染無遠弗屆，眾生心識是於一大法界中互動牽流的主體，所以唯務修心才是實法。至於就三千法的知識界說而言，它是一個動態的本體宇宙論的說法，其實不是一個客觀的世界圖式，而是主體的心識所顯現的主體自己的心識世界，這個心識世界的知識提示目的是為了作為修證活動的知識背景，而由於它是主觀的心識世界，因此在修證活動中它將不能作為執定的世界圖式，它反而應該被捨離解消至於「不思議境」中。
「三千」可收可放，唯心是依，多不多還可以再多，少不少還應該更少，故而是「不思議境」。所以從「功夫」說時，三千世界的知識背景並不作用，作用的是心具萬法的心識淨化的功夫，心識淨化活動中是以蘄向空境為目的的功夫，因此是不可以思議，不應該思議，不得進行思議的知識性活動，否則在思議性的活動中一切情識牽染將復造作，因而失去清淨效果。
若就「境界」說，「不思議」之所以是「不思議」是因為「不思議境」實即「佛境界」，「佛境界」之所以是「不思議之境界」實因「佛境界」是以「空觀」為意境，以「空」為境界即「無思議之境界」，「空」已不可說，「空」已非關言說，「空」即「實相」自身，「空」即「成佛者境界」之如如展現之全體，故無可言說，無可思議，非關思議。
九、「四悉檀說」的理論意義
智者於說「一念三千」法門之後亦提出「四悉檀」教法，再度闡釋心與世界的關係，以下先簡引其文：
謂四悉檀因緣也，雖四句冥寂，慈悲憐愍於無名相中，假名相說。或作世界，說心具一切法，聞者歡喜，如言三界無別法，唯是一心造，即其文也。或說緣生一切法，聞者歡喜，如言五欲令人墮惡道，善知識者是大因緣，所謂化導令得見佛，即其文也。或言因緣共生一切法，聞者歡喜，如言水銀和真金能塗諸色像，即其文也。或言離生一切法，聞者歡喜，如言十二因緣非佛作，非天、人、修羅作，其性自爾，即其文也。此四句即世界悉檀，說心生三千一切法也。
云何為人悉檀？如言佛法如海，唯信能入，信則道源功德母，一切善法由之生，汝但發三菩提心，是則出家禁戒具足，聞者生信，即其文也。或說緣生一切法，如言若不值佛，當於無量劫墮地獄苦，以見佛故，得無根信，如從伊蘭出生栴檀，聞者生信，或說合生一切法，如言心水澄清，珠相自現，慈善根力，見如此事，聞者生信，即其文也。或說離生一切法，如言非內觀得是智慧，乃至非內外觀得是智慧，若有住著先尼梵志小信尚不可得，況捨邪入正，聞者生信？即其文也。是為為人悉檀，四句說心生三千一切法也。
云何對治悉檀？說心治一切惡，如言得一心者，萬邪滅矣，即其文也。或說緣治一切惡，如說得聞無上大慧明，心定如地不可動，即其文也。或說因緣和合治一切惡，如言一分從思生，一分從師得，即其文也。或說離治一切惡，我坐道場時，不得一切法，空拳誑小兒，誘度於一切，即其文也。是為對治悉檀，心破一切惡。
云何第一義悉檀？心得見理如言心開意解，豁然得道。或說緣能見理，如言須臾聞之，即得究竟三菩提。或說因緣和合得道如快馬見鞭影，即得正路。或說離能見理，如言無所得即是得已，是得無所得。是名第一義四句見理，何況心生三千法耶？佛旨盡淨，不在因緣共離，即世諦是第一義也。又四句俱皆可說，說因亦是，緣亦是，共亦是，離亦是。若為盲人說乳，若貝、若粖、若雪、若鶴，盲聞諸說即得解乳，即世諦是第一義諦。（＜卷五上＞）
說「悉檀」實即說「教法」，是佛為廣度眾生提出的普遍性的修行法要，「教法」者則是從理論到實踐皆涵攝在內的義理，以下討論的重點不在「悉檀」概念而在以「悉檀」分為四項而說的理論意義。首先，「四悉檀」為：「世界悉檀」「為人悉檀」「對治悉檀」「第一義悉檀」，其中每一個「悉檀」都以「自心、因緣、自心與因緣合、自心與因緣離」的四句式的言說種進路而說各種修行的知識結構。如果這四種主張各異的句式都是實相真理的顯現，也都是修行所據的法門，那麼這是不是矛盾呢？依智者之意就是這是不矛盾的，這其實就是修行者在面對本體功夫的終極蘄向上因主體的知能染淨境界之差異而得有的不同境界的認識觀點並據以為修行的依據。自心與世界的關係是一個修行的外部認識，終極的認識終究都是般若空觀一相而已，關係只是一個說法，是一個導向修行的知識提點，提點主體的意志推動的念頭，念頭指向都仍是修行佛道的事業，因此心、緣、合、離四路命題只是知識的表面形象，藉由四句的任何一句以適應任何層次的眾生心識而教導修行，眾生在某一句式中有一種心識知能染淨的程度，進行了這一程度的修行之後認識的境界自然會上揚，然後就可能跳上另一層次的認識句式中繼續其修證的活動，因此四句雖皆不同卻皆可用，但是一眾生之一當下應只在一句式中可領會，此亦智者大師所希望的直截修行之要求，並祈以圓融智慧而調適上遂，此「悉壇」四句式的知識意義問題之解析。
其次，「悉檀」以「世界悉檀」「為人悉檀」「對治悉檀」「第一義悉檀」之析分為四的內容，實際上也就是幾種不同的基本哲學問題的言說進路，每一「悉檀」本身內部的四句式之差異是對於修行者認識境界的實質差異的析分，而「四悉檀」的四種進路本身卻是「教法」的不同進路，亦即談論修行知識的不同角度，進路雖有不同，知識卻是相同的，宗旨也是相同的。以下即將這四種知識言說角度所依據的問題意識予以闡明。其中，「世界悉檀」是「本體宇宙論」地說﹔「為人悉檀」是就著「人性論」地說﹔「對治悉檀」是就著「功夫論」地說﹔「第一義悉檀」是就著「境界論」地說。
「四悉檀」各四句式共十六句式，每一句式皆是作為提點修行的知識說明，「世界悉檀」中的四句式是從世界是心所造、亦緣所造、亦心緣共造、亦離心緣而有此世界之三千法者，結論都是提供修行者去進行佛道修練，但是知識的重點都是落在三千世界之諸法之如何而造之事上作說明的，所以我們說「世界悉檀」是從「本體宇宙論」的基本哲學問題意識上去整理四句式的知識命題從而作為修行要求的知識依據的。「為人悉檀」談論善法智慧之學佛信心是由自信而得、亦緣見佛而得、亦緣自心見佛和合而得、亦離心佛而自生信者，此是就「人性論」問題中之善根顯現之所據問題而言說具信之後之應如實修行之事業的。「對治悉檀」談治惡之具是心治、是緣治、是和合治、是離而治一切惡之事，所以是一個「功夫論哲學」的問題意識。「第一義悉檀」談如何見理得道的問題，是心見理得道、緣見理得道、和合見理得道、離而見理而得無所得。從得道問題切入即是一「境界哲學」的問題意識的進路。所以四種「悉檀」都是修行教法，只其藉由不同哲學主題而為分說。
最後，諸句式皆是修證之途，十六句式一一導盲入明，不論俗諦不論真諦皆是成佛之道，如此亦見得智者大師對諸佛教經論的終極義旨的掌握之全面融通與透徹入理。將「四悉檀」知識系統運用於修證活動時，教導者即得隨眾生根性而相應提點，而修行者則應於入手一路直截上揚層層上進而至真俗圓融。
小結：《摩訶止觀》所述觀念眾多，所涉哲學問題更多，本文僅就作者所理解部分進行探究，所遺問題尚多。