Người khai sáng ra dòng thiền là vị Thái thượng hoàng Trần Nhân Tông, từ bỏ chốn cung vàng điện ngọc vào trong rừng sâu núi thẳm xuất gia, tu hạnh đầu đà (xin ăn). Người kế thừa dòng thiền làm tổ thứ hai là thiền sư Pháp Loa, lại là người dân quê, ít cả tuổi đời tuổi đạo, lại có Phật học và tài tổ chức giáo hội. Còn vị tổ thứ ba, thiền sư Huyền Quang, là một tri thức, rồi từ quan xuất gia, góp phần to lớn vào sự nghiệp hoằng pháp lợi sinh.

Về tư tưởng, thiền phái Trúc Lâm khá phong phú, đa dạng, được thể hiện ở ba vị tổ sư như: Phật hoàng Trần Nhân Tông là nhà bác học, tinh thông Tam giáo (Phật, Lão, Nho); Phật học siêu việt, nhưng rất thực tiễn. Còn thiền sư Pháp Loa không chỉ tinh thông Tam tạng kinh điển Phật giáo, mà rất giỏi ứng dụng trong công tác giáo dục, giảng dạy. Riêng thiền sư Huyền Quang với tư tưởng hòa quang đồng trần, hài hòa giữa đạo và đời, vận dụng phương tiện tối đa trong việc hoằng pháp độ sinh.

Trần Nhân Tông là con trai đầu của vua Trần Thánh Tông và Hoàng Thái hậu Nguyên Thánh, sinh năm Mậu Ngọ (1258). Vì sinh ra có sắc vàng nên vua cha đặt tên cho là Kim Phật, ngoài ra còn có tên gọi khác như Khâm, Nhật Tôn, Kim Tiên Đồng Tử.

Nhân Tông thánh tính hiền từ, thông minh, học Phật từ nhỏ, ngộ đạo từ người bác Tuệ Trung thượng sĩ. Năm 16 tuổi được lập làm Hoàng Thái tử, ông đã từ chối đến ba lần, nhưng không được. Tuy cuộc sống hạnh phúc trong cung vàng điện ngọc, nhưng Thái tử vẫn muốn xuất gia tu Phật. Sách Tam tổ thực lục (TTTL) cho biết: “Vào giờ Tí một đêm kia, vua vượt thành ra đi, định vào núi Yên Tử, nhưng khi đến chùa Tháp, núi Đông Cứu thì trời sáng, lại vì quá mệt nên phải vào nghỉ trong tháp… Thánh Tông sai quần thần đi tìm khắp bốn phương, bất đắc dĩ vua phải trở về”.

Năm 21 tuổi, Nhân Tông lên ngôi hoàng đế, nhưng nguyện vọng của ông vẫn thiết tha với đạo, sinh hoạt hàng ngày rất đạm bạc, chay tịnh thường dùng hoa quả rau xanh, không dùng thịt cá, nên thân thể gầy yếu đến nỗi Thánh Tông trông thấy con thương khóc, nói: “Ta nay già rồi, trông cậy một mình con, nếu con như vậy thì thịnh nghiệp của tổ tông biết làm thế nào? ”.

Dưới triều đại ông, nước ta phải đương đầu với hai cuộc kháng chiến chống Đế quốc Nguyên - Mông vào năm 1285, 1288. Và đó giành được thắng lợi rực rỡ, lập nên chiến công hiển hách. Sách Đại Việt sử ký toàn thư (ĐVSKTT) ghi: “Vua nhân từ hòa nhã, cố kết lòng dân, sự nghiệp trùng hưng sáng người thuở trước, thực là bậc vua hiền của nhà Trần….”.

Sau 15 năm trị vì đất nước, chí nguyện xuất gia của ông lúc này mới lại được thực hiện. Để yên tâm bước vào cuộc đời mới, Nhân Tông sắp xếp mọi công việc rất chu đáo. ĐVSKTT chép “Mùa Xuân tháng 3 ngày 9 năm 1293, vua nhường ngôi cho Hoàng thái tử Thuyên... Vào mùa hạ tháng 6 năm 1295, Thượng hoàng Trần Nhân Tông trở về kinh sư, vì trước đã đi xuất gia ở hành cung Vũ Lâm rồi lại trở về”. Vì trong chính sử không ghi chi tiết về sự kiện này, cho nên các nhà nghiên cứu Phật giáo Việt Nam sau này băn khoăn, nghi ngờ. Chúng ta đều biết, Nhân Tông muốn xuất gia từ nhỏ, nhưng không thành, lúc này ông đã vào tuổi tứ thập.

Có thể nói ở tuổi này, đã chững chạc và giàu kinh nghiệm, vả lại nếu Nhân Tông thực sự xuất gia tại sao không ở chùa mà lại ở hành cung, hành cung chắc chắn không phải là chùa. Phải chăng, ông đến đây nghiên cứu thêm và chuẩn bị cho việc xuất gia sắp tới, vì năm ấy ông mới nhường ngôi cho con được hơn một năm. Anh Tông lên nối ngôi mới qua tuổi vị thành niên còn rất non trẻ, chưa đủ kinh nghiệm, nên cần phải có thời gian tập sự. Chính vì thế, từ khi nhường ngôi cho con, ông vẫn chưa yên tâm và luôn theo dõi công việc trong triều, đặc biệt là Anh Tông. ĐVSKTT cho biết, năm 1299 Nhân Tông từ phủ Thiên Trường về kinh sư nhìn thấy cảnh vua thì rượu chè say khướt, quần thần không thấy một ai, cả cung điện vắng tanh. Ông tức giận trở về Thiên Trường xuống chiếu tập hợp tất cả các quan văn, võ nghiêm khắc răn đe mọi người. Riêng đối với Anh Tông, ông nói: “Trẫm còn có con khác cũng có thể nối ngôi được. Trẫm đang còn sống mà ngươi làm như thế, huống chi sau này?”.

Trải qua 6 năm giám sát công việc trong triều, cũng là thời gian bổ túc, trải nghiệm thêm giáo lý Phật Đà, sau đó ông mới quyết định xuất gia.

Cuối năm 1299, Nhân Tông từ bỏ hoàng cung lên núi Yên Tử xuất gia, tu theo hạnh đầu đà, lấy pháp hiệu Hương vân đại đầu đà. Sự kiện này, chưa từng có trong lịch sử Phật giáo Việt Nam, một vị Thái thượng hoàng sau khi đã đánh tan hai lần đế quốc xâm lược, danh tiếng lẫy lừng, sống đời vương giả trong cung vàng điện ngọc mà lại tự nguyện từ bỏ tất cả, để vào trong rừng sâu núi thẳm, sống đời cô đơn, đạm bạc của kẻ tu sĩ, cơm không đủ ăn, áo không đủ mặc, chịu cảnh cơ hàn; khiến dân chúng không phải kính phục.

Chúng ta đã biết, trước khi Nhân Tông xuất gia, trong nước lúc bấy giờ đã có mặt nhiều dòng phái Phật giáo như: Phái Thăng Long do cư sĩ Thụng sư truyền vào, phái Yên Tử do thiền sư Hiện Quang khai sáng, phái Lâm Tế từ Chương Tuyền, Trung Quốc do cư sĩ Thiền Phong truyền sang và phái của thiền sư Vương Chí Nhàn, Hòa thượng Nhật Thiển; đó là chưa kể những vị chỉ biết tên mà không rõ họ thuộc thiền phái nào. Tình hình Phật giáo lúc bấy giờ không có sự thống nhất, mạnh dòng nào thì phái đó phát triển và chúng ta cũng có thể đưa ra giả thiết đã có sự công kích lẫn nhau; vì thế sau khi xuất gia Trúc Lâm đã cho phát hành hàng loạt sách vở như Phật giáo pháp sự, Đạo tràng tân văn, Công văn cách thức, có nội dung thống nhất về thể thức hoạt động trong tôn giáo.

Ngay từ buổi đầu khai sơn, Trúc Lâm đã chăm lo cho sự nghiệp giáo hội sau này. Việc đầu tiên ông cho xây dựng nhiều cơ sở hạ tầng, mở trường giảng dạy, khai pháp độ tăng ở khắp mọi nơi. Đặc biệt, tuy là người đứng đầu giáo hội với nhiều Phật sự, nhưng Trúc Lâm vẫn giữ đúng bổn phận, nghĩa vụ của mình, hàng năm thường tổ chức giảng dạy, không chỉ trực tiếp giảng dạy mà cũng cử người cùng tham gia giảng dạy trong hạ trường.