《坐禪三昧經》，其經年代著者不詳，為姚秦三藏鳩摩羅什所譯，見于《大正（十五），No。 614，p269－286》。經分上、下兩卷，上經着重介紹了五種修禪的法門，主要是對治修禪過程中的五種不良心態，分別是貪欲、嗔恚、愚痴、思覺與等分，而下經，則着重介紹具體禪修的止法與觀法，涉及四禪、八定，以及觀十二分、四諦行、四念止、四正勤、四神足、五根、五力、七覺意、八正道等。
其經所涉及的禪修思想，大體都可見之于小乘經典之中，也可以從《清淨道論》等部派佛教的思想中見到其完整的論述，所以，其經的禪法思想其實脫胎于小乘經典。有所不同的是，其經在下經中反復出現菩薩一詞，并着重于介紹菩薩的修持禪法以及成佛度眾生的精神境界，而菩薩一詞及成佛度眾這一思想并不見諸小乘經典，故可被認定其經必形成于大乘佛法傳播的時期。
因為經意繁復，不很符合現代人的閱讀習慣，本文試圖將其內容適當分章復述，以期呈現經中所介紹的諸種禪法，為現代人的修學提供一個參照。但限于篇幅，在這里先着重介紹上經中的五種禪法。
上經的禪法重在對治五種不良心態，即：貪欲、嗔恚、愚痴、思覺與等分。在經中，對治貪欲，釆用的法門是不淨觀；對治嗔恚，釆用的法門是慈心法門；對治愚痴，釆用的法門是觀十二因緣；對治思覺，釆用的法門是修習阿那般那三昧法門；而對治等分，則應當一心修念佛三昧。
第一、對治貪欲的法門
如何對治貪欲？尤其是對治淫欲旺盛者的貪欲？《坐禪三昧經》主張要修“不淨觀”。
經中認為：“淫欲多（的）人（應當修）習不淨觀”。要觀想自己從腳指至發梢都為不淨所充滿，其中尤應細細地觀想身體的各各部分：如發、毛、爪、齒、薄皮、厚皮、血肉、筋脈、骨髓、肝、肺、心、脾、腎、胃、大腸、小腸、屎、尿、洟、唾、汗、淚、垢、坋、膿、腦胞、膽水、微膚、脂肪、腦膜，要觀想身中這些部分都有種種的不淨。再進一步的不淨觀想，則應觀想自已渾身各部分青瘀、膖脹、破爛、血流、塗漫、臭膿、噉食、不盡、骨散、燒焦。這樣的觀想就叫不淨觀。
經中談到：“多淫人有七種（貪）愛”。或者貪着于好色，或者貪着于端正，或者貪着于儀容，或者貪着于音聲，或者貪着于眾生，或都愛貪着（以上几種都貪愛）。經中詳細介紹了對治這几種貪愛相應的不淨觀，貪着于好色的，應當修習青瘀觀法，貪着于端正的，應當修習膖脹、身散的觀法，貪着于儀容的，當修新死者血流、塗骨的觀法，貪着于音聲的，應當修習咽塞、命斷的觀法，貪着于細滑的，應當修習骨見、以及干枯病的觀法，貪着于眾生的，應當修習六種不淨觀，若都愛貪着的，要把上面介紹的所有觀法全都修遍。
經中還談到不淨觀的三個修習階段與程次：“或初習行、或已習行或久習行”。
作為剛修習不淨觀的人，應當先作破皮想，想其皮肉綻破赤骨外露。不僅要十分細致地如是觀想，還應讓自己念頭專注于觀想之境，如果念頭失去專注，就應讓念頭回來。這樣修習久了，就應當觀想自己那方寸之心也皮肉綻破。再進一步修習，則觀想自己的頭頂、前額、眉間、鼻端、心藏五處，專注地觀想其皮肉綻破赤骨外露，而且同樣得讓念頭不散失，如果散失則應讓它及時回來。如果因內心的疲乏而念頭止不住要散亂，就要觀想自己的念頭就如同獼猴被系在柱子的頂端那樣被收攝，這時，念頭所緣的境就如同柱子，念頭就如同繩鎖，而內心就如同獼猴。還有一個方便的觀法是觀想自己看護自己的念頭，就如同乳母在看護嬰兒，總是小心翼翼不讓嬰兒掉落。
修習此不淨觀有何利益呢？修習久了便可得到禪定，并出現禪定的三種相狀：身體和悅柔軟輕便、白骨流光猶如白珂、心得靜住。首先是得入于色界中心，對于初學禪法者可稱之為已得色界心，心所相應的禪法便是色界法，心得到此法后雖然身在欲界，然而四大（地水火風）極大、柔軟快樂、色澤淨潔、光潤和悅，這便是禪定所得的悅樂；其次，修習者在進行白骨觀時可以見到白骨相中光明遍照呈現為淨白色；其三，則是修習者心住一處而得淨觀，所謂淨觀，便是除卻皮肉而只有潔淨的白骨。
經中說道，上面所說三種禪定的相狀，只有修習者自己知道，其他人并不能見到。
第二、對治嗔恚的法門
對治嗔恚，則應修習三種慈心法門，三種法門分別對應于剛開始修習者、已修習者和已長期修習者。
對于剛開始修習的人，應先從自己的親人開始修習。對自己親人，自己總是盡一切辦法讓他們身心快樂，在親人飢渴時給他們飲食，親人們貧賤時希望他們得到富貴，親人們走累時希望他們得到休息，用如是種種觀想自己願意用慈悲之心使親人們得到快樂。
在觀想中，讓自己的心安住在慈的念頭上而不生起其它的異念。若其它異念生起，則應及時收攝其心令念頭回返。
已經修習了一段時間后，則應讓自己的慈心開始針對那些與自己沒什么關系的人，願自己的慈心也如同對待自己親人一樣，遍及那些與自己沒什么關系的人，也誠心希望他們得到身心快樂。同樣，也得讓自己的心安住于慈念而不令散亂。
如果是已長期修習慈觀的人， 則應讓自己的慈心開始面對那些自己所怨恨的人，願自己的慈心也如同對待自己親人一樣，遍及那些自己所怨恨的人，誠心希望他們得到身心快樂。
同樣地，再讓這一清淨的慈心之念，變得廣大無限，讓自己的慈心由親人等廣泛遍及所有世界，令無邊無量的眾生都能得到身心快樂。如果能周遍十方都施以廣大清淨的慈悲之心，見十方眾生皆如自己的親人，在心中了了分明地看到他們全都得到了清淨快樂，這就得到了慈心三昧。
有人會問，修慈心觀想中，讓自己親人或那怕與自己毫無關系的人得到身心快樂，這還比較容易做到，可自己又為何要對自己憎恨的人也施以慈心觀呢？
回答說：應該讓自己憎恨的人也得到身心的快樂，為什么呢？因為他們也是我修行的種種清淨善法之因，我現在怎么能夠因為某些怨恨而掩蓋他們能帶給我們的善與利益？要進一步思惟，這人在過去世時也許就是我的親人或善友，我怎么能因今天對他的惱怒而心生怨恨？我應該想到他是成就我善法之因，而我要修行仁德慈心無量，它是不可缺少的。
要讓自己想到，在諸重惡中，沒有哪種過失比嗔恚更重，以嗔恚待人其毒劇甚（貪嗔痴稱之為三毒），憤怒雖然面對他人，可受傷害的卻是自己。自己還應想到，作為出家人，身披法服內修忍辱，又怎可惡語粗聲讓自己失卻修行人的本色。
第三、對治愚痴的法門
對治愚痴，當修習三種觀想的法門，分別相對應于初修習者，已修習者，或已長期修習者。
作為初修習者，應在修習時觀想：生是老死的根緣，無明是行為的根緣，要這樣思惟并使念頭不散亂，散亂的念頭要及時令它返回。如果是已修習的，得進一步觀想：行為是意識的根源，意識是名色的根源，名色是六入的根源，六入是觸的根源，觸是受的根源，受是愛的根源，愛是取的根源，取是有的根源，要這樣思惟并使念頭不散亂，散亂的念頭要及時令它返回。如果是已經長期修習的，則應進行完整的觀想：無明是行為的根緣，行為是意識的根源，意識是名色的根源，名色是六入的根源，六入是觸的根源，觸是受的根源，受是愛的根源，愛是取的根源，取是有的根源，有是生的根緣，生是老死的根緣，要這樣思惟并使念頭不散亂，散亂的念頭要及時令它返回。
有人問，一切有智慧的人是明，而其它的一切人則是無明，那么，什么是無明呢？回答說：無明就意味着根本不知生死的根源，這種無明造成了后世的輪轉中對有的執取，而執取的有實際上并沒有、沒有的東西實際上卻有，因不明事理取惡棄善，破壞實相而執着虛妄，結果墮入生死輪回而不得解脫之途。
第四、對治思覺的法門
如果習禪者思覺偏多，則應當修習阿那般那三昧法門。修這種法門同樣有有三種修習的階段，初修習者，已經修習者，或已經長期修習。
初修習者，應當把心專注于自己的呼息，數着自己的一吸一呼，每個呼吸數個數，數字范圍可長可短，大約是1到10之間，數一遍后重復再數。如果已修習純熟，則應讓呼吸放慢，每個呼吸數几個數，范圍也大約是1到10，并讓心念與呼吸都于內心止于一處。如果已經長期修習并愈加純熟，則應慢慢由數轉而不數，而只觀內心的清淨。
為什么要釆用數呼吸的方法呢？因為數呼吸容易讓你觀得無常，也容易斷除諸種雜念而系心一處。對人而言，身心的生滅無常、相似相續不容易當下并不容易被觀察，但呼吸的一呼一吸其生滅無常卻很容易被觀察到，而且當你念頭都集中在數息上，其它妄想也就不容易生起了。
所謂思覺，大約有：欲思覺、恚思覺、惱思覺、親里思覺、國土思覺、不死思覺。前面三種是粗思覺（粗病），后面三種是細思覺（細病），要想內心清淨而修入正道，就應當先去除三種粗思覺，然后再斷除三種細思覺。六種思覺去除之后，就能得到一切清淨之法。這就好比釆金人，先得除去粗石砂，然后除去細石砂，最后才可以得到細金砂。
關于欲思覺、恚思覺、惱思覺等三個粗思覺的去除，即相關于上文提到了貪、嗔、痴三毒的去除，方法上文已有，不再細說。
那么，如何去除親里覺呢？
應這樣觀想，世界中諸有情生死流轉，乃是由其自所的業緣所牽引，怎么能說誰是親誰是非親？親與非新都是愚痴者自己內心計較出來的。因為生死流轉中，過去世非親者今世可能為親，而今世為親者可能未來世卻又非親，就好像一群鳥夜間同棲于一樹，但到清晨卻各飛東西，所謂家屬親里也不過如此。
所謂親疏，不過是緣份聚而為親，緣分散即為疏，并沒有實在不變的因緣果報，就好像手握一團干沙，因緣分聚而合成一團，而緣分散則各自分開。人因為因緣而產生貪愛，有貪愛因緣故而有由貪愛而生的苦惱，就如同畫師畫出女人的像卻自己貪愛上像中那不真實的女人。
作為出家人，怎么能讓自己迷于貪愛之中？貪愛之心會讓自己為愛所系而不得解脫。所以要用正觀除去親里覺。
又問：如何才能去除國士覺？
國土覺即貪愛自己國家物產丰美、安逸快樂、好人眾多，所以總是對國土有着強烈的貪愛。有智慧的人則不應該有對國土的貪愛，因為一切國土都沒有永恆的安寧與快樂，而且一切國土中也都有生老病死的苦痛，這種苦痛無處不在。再說一切眾生都有兩種基本的苦惱，一是身苦二是心苦，沒有任何好的國土會沒有這兩種苦惱。
好的國土如此，而不好的國土呢？有的國土非常冷，有的國土非常熱，有的國土常有飢餓，有的國土多災多病，有的國土盜賊眾多，有的國土連王法都無法施行，對這種不好的國土也不應生起反感惡心之念。
那么，又如何去除不死覺呢？
如果一個人出生在好的家庭，自己種族、自己才華、自己體力等都勝過別人，這一切都不應貪着愛戀，因為一到自己死去的時候，這一切東西都轉眼成空，要想到自身的一切恰恰是自己一切憂惱苦痛的根源。你說你睡時一定能夠醒來，這事其實并不可信，反而可信的是受胎出生的人無有不死。
人世間死亡的力量是最大的，一切人都無法戰勝死亡，過去世沒有任何了不起的人能夠不死，也沒有任何有大智慧的人能夠不死，也沒有任何人可以憑借持戒精進而能不死。所以應當想到，死是人人不可避免的事。
阿羅漢教授諸弟子言，你為何不知厭離世間而修行道業？要想到人生是怎樣無常的，有的人沒生下時便死去，有的人才出生就死去，有的人在吃乳時、有的人在斷乳時、有的在小兒時、有的在盛年時、有的在年老時，一切時中都會可能讓自己死去，就像是樹上的花，有的開花時就掉落，有的結果時就掉落，有的未熟時便掉落，這一切都應當知道。
如上先除粗思覺、然后去除細思覺，讓心清淨而正道生起，一切煩惱便可盡除。如此得到修行的利益，謂是出家所求的功德，讓自己的內心得到安祥與自在。
第五、對治等分的法門
如何對治等分？應當一心修念佛三昧，念佛三昧也有三個修習階段：初修習者、已修習者、已長期修習者。
初修習者，應當先到佛像前，遍觀佛像的莊嚴像好，并清晰記憶于心，然后到安靜處修禪定，定中用心眼觀佛像，并控制心念只住于佛像上而不會飛散它處。
如果心念不能集中，自己應該觀想，心念啊心念，由你所引發的罪業不可稱數，無始以來生死輪回的煩惱更是不堪再受。如果因你而輪入地獄，就要飲融化的鋼汁鐵水，如果因你而輪入畜生道，就要吃草食糞，如果輪為餓鬼則得受盡飢餓之苦，如在人道投身不好也會貧窮困苦。因為常隨順你這心念，因此使我受盡種種身惱心惱以及無量苦惱。我今天當發誓將你制服，將你系于一處，這樣下去，我終將不再因你受苦受害。
如果通過觀想而讓心念系于一處而不散亂，觀想佛像時心眼便可見佛像相好光明，就與親眼所見一般無異。這樣讓心住于一處的方式，是初修習者的修習方式。
在禪定觀想時還應細致觀想，觀想的是釋迦牟尼佛聖像，想着過去佛初降時，神天感應、天地震動。細細觀想佛有三十二大人相：一者足下安平立、二者足下千輻輪、三者指長好、四者足跟廣、五者手足指合縵網、六者足趺高平好、七者伊尼延鹿﹝跳－兆＋專﹞、八者平住手過膝、九者陰馬藏相、十者尼俱盧陀身、十一者一一孔一一毛生、十二者毛生上向而右旋、十三者身色勝上金、十四者身光面一丈、十五者皮薄好、十六者七處滿、十七者兩腋下平好、十八者上身如師子、十九者身大好端直、二十者肩圓好、二十一者四十齒、二十二者齒白齊密等而根深、二十三者四牙白而大、二十四者頰方如師子、二十五者味中得上味、二十六者舌大廣長而薄、二十七者梵音深遠、二十八者迦蘭頻伽聲、二十九者眼紺青色、三十者眼睫如牛王、三十一者頂發肉骨成、三十二者眉間白毛長好右旋。三十二像像好莊嚴。
其次觀想佛有八十種莊嚴小相：一者無見頂、二者鼻直高好孔不現、三者眉如初生月紺琉璃色、四者耳好、五者身如那羅延、六者骨際如鉤鎖、七者身一時回如象王、八者行時足去地四寸而印文現、九者爪如赤銅色薄而潤澤、十者膝圓好、十一者身淨潔、十二者身柔軟、十三者身不曲、十四者指長圓縴十五者指紋如畫雜色莊嚴、十六者脈深不現、十七者踝深不現、十八者身潤光澤、十九者身自持不委陀、二十者身滿足（三月受胎二月生）、二十一者容儀備足、二十二者住處安（如牛王立不動）、二十三者威振一切、二十四者一切樂觀、二十五者面不長、二十六者正容貌不撓色、二十七者唇如頻婆果色、二十八者面圓滿、二十九者響聲深、三十者臍圓深不出、三十一者毛處處右旋、三十二者手足滿、三十三者手足如意（舊言內外握者是）、三十四者手足文明直、三十五者手文長、三十六者手文不斷、三十七者一切惡心眾生見者皆得和悅色、三十八者面廣姝、三十九者面如月、四十者眾生見者不怖不懼、四十一者毛孔出香風、四十二者口出香氣眾生遇者樂法七日、四十三者儀容如師子、四十四者進止如象王、四十五者行法如鵝王、四十六者頭如磨陀羅果（此果不圓不長）、四十七者聲分滿足（聲有六十種分佛皆具足）、四十八者牙利、四十九者（無漢名故不得出也）、五十者舌大而赤、五十一者舌薄、五十二者毛純紅色色淨潔、五十三者廣長眼、五十四者孔門滿（九孔門相具足滿）、五十五者手足赤白如蓮華色、五十六者腹不見不出、五十七者不凸腹、五十八者不動身、五十九者身重、六十者大身、六十一者身長、六十二者手足滿淨、六十三者四邊遍大光光明自照而行、六十四者等視眾生、六十五者不着教化不貪弟子、六十六者隨眾聲滿不減不過、六十七者隨眾音聲而為說法、六十八者語言無礙、六十九者次第相續說法。七十者一切眾生目不能諦視相知盡、七十一者視無厭足、七十二者發長好、七十三者發好、七十四者發不亂、七十五者發不破、七十六者發柔軟、七十七者發青毘琉璃色、七十八者發絞上、七十九者發不稀、八十者胸有德字手足有吉字。一一觀想佛有如是八十種小相。
佛之光明徹照三千大千世界。佛初生時，即行走七步，用口宣說要言（“天上天下，唯我獨尊”），出家后先行苦行，后在菩提樹下降伏魔軍，到后半夜時開悟而證得等正覺。佛的光明相遠照十方、遍及世界，諸天人在天空中弦歌供養佛陀，并香雨散花，一切眾生無不生起無量的恭敬之心。佛獨步三界，他回轉身子的身形就像大象之王的回身。佛開始轉法輪，天人世界的眾生無不歡喜得道，最后證得涅般。觀想佛相而獲得無量感受，如是專心念佛而不使心念散亂，如果心念散亂則應令其及時回返。如是一念專注不亂地觀想，便可得見一佛二佛乃至無量世界諸佛的色身，因為內心觀想的緣故而都可以見到。
在禪定時，觀想一佛神德乃至二佛、三佛、四佛、五佛以及盡虛空界的所有佛都具相同神德，然后觀想中再回返復見一佛的神德。如此而能見一佛化作十方佛，亦可令十方佛回歸于一佛。觀想中也能令一種顏色化作金銀水晶和各種琉璃色，隨人的意願而都可見到。這時觀想中只集中于兩件事情上，一是虛空中的佛身和佛無量無邊的功德。如此心系一處不令散亂，這時便可成就念佛三昧。
如果心念散亂，應當克制并調服自己的心念。這時當觀想，人身難得，佛法難聞，大家都知道最為明亮的是太陽，而諸智中最有智慧而如太陽一樣的則是佛所具有的智慧。為什么呢？佛具足大悲之心是為了救度一切眾生，甚至可以為救度眾生犧牲自己的一切。如果佛不出世，則無人為人世指導人道、天道、以及究竟成佛的涅槃之道。
人們用上妙香花供養佛、造舍利塔供養佛的骨肉血髓，遠不如人念佛并實踐佛陀教法直至成就涅槃。即便人念佛空無所獲，內心也應當勤心專念不忘上報佛恩，更何況念佛終能得到三昧法味成開智成佛。所以念佛之人應當專心致志令心念不再散亂。