Đại sư Dudul Dorje sinh vào tháng 8 năm Thủy Ngưu (1733) tại làng Chaba Drony ở Nyen Chawatrong thuộc miền nam Tây Tạng. Ngay khi ngài vừa sinh ra, Kathok Rigdzin Tsewang Norbu nhìn thấy một linh ảnh trong khi nhập định, qua đó ông thấy rõ nơi vị Karmapa tái sinh.

Ngay khi vừa lớn lên, đứa bé đã làm cho tất cả mọi người kinh ngạc khi kể lại một cách chi tiết những gì đã xảy ra trong đời sống trước đây. Tin đồn về hóa thân của vị Karmapa lập tức lan truyền khắp nơi, và Tai Situpa Chưkyi Jungney đã tìm được đứa bé một cách khá dễ dàng. Theo đúng những chỉ dẫn trong di thư của đức Karmapa đời thứ 12, vị này xác nhận đứa bé này chính là hóa thân tái sinh của đức Karmapa.

Đứa trẻ được đưa về Tsurphu vào năm 4 tuổi. Lễ đăng quang được tổ chức bởi đại sư Goshir Gyaltsab Rinpoche để chính thức công nhận đây là vị Karmapa đời thứ mười ba. Ddul Dorje được trao cho chiếc vương miện màu đen truyền thống của dòng Karma Kagyu. Đức Đạt-lai Lạt-ma đời thứ bảy là Kelsang Gyatso cùng với vị Thủ tướng đương nhiệm của chính quyền Tây Tạng là Pholha Sonam Thobjay đều gửi lời chúc mừng đến vị Karmapa vừa chính thức nhận cương vị đứng đầu phái Karma Kagyu.

Năm lên 8 tuổi, vị Karmapa đã được vị thầy dạy chính là Tai Situpa Chokyi Jungnay truyền thụ toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu. Ngài cũng học tập với nhiều bậc thầy siêu việt khác của cả hai phái Nyingma (Ninh-mã) và Karma Kagyu, chẳng hạn như Kathok Rigdzin Tsewang Norbu, Karma Kagyu Trinley Shingta, Pawo Tsuklak Gawa...

Năm 14 tuổi, ngài thọ giới sa-di với Situ Rinpoche tại Tsurphu. Lễ truyền giới được tổ chức trước pho tượng Phật Thích-ca do chính đức Karmapa đời thứ hai là Karma Pakshi đã kiến tạo trước đây. Việc học tập của ngài được tiếp tục cho đến khi ngài trở thành một bậc đạo sư uyên bác về hết thảy mọi phần giáo pháp khác nhau.

Ngài thọ giới tỳ-kheo vào năm 21 tuổi, do Situ Rinpoche làm vị thầy truyền giới. Sau đó, ngài nỗ lực thực hành Sáu pháp Du-già của Naropa và giáo pháp Đại thủ ấn. Trong sự tu tập của ngài, những tính cách của một vị học giả và một bậc thầy thiền định được phối hợp hài hòa và mãnh liệt, tạo nên sức mạnh tự nhiên của lòng đại bi mở rộng đến khắp muôn loài. Ngài thực sự thương yêu các loài thú vật, chim chóc, và có thể làm cho chúng cảm nhận được sự thương yêu đó. Các loài vật khác nhau thường tụ tập đến một cách đông đảo chung quanh những nơi ngài tu tập thiền định.

Có một lần ngôi đền Jo-kang ở Lhasa, nơi có pho tượng Jo-wo nổi tiếng, bị đe dọa bởi nước từ sông Tsangpo dâng lên rất nhanh. Trước đây, vị Guru Rinpoche đã thấy trước việc này và để lại một lời dự báo, trong đó nói rằng chỉ có đức Karmapa mới có đủ khả năng ngăn chặn trận lụt này, vì nó thực sự gây ra bởi sức mạnh của Long vương (Nga).

Vì thế, giới chức chính quyền ở Lhasa đã gửi lời thỉnh cầu ngài lập tức đến Lhasa để cứu nguy. Vào lúc ấy, ngài đang ở Tsurphu và biết rằng không thể nào đến Lhasa kịp thời để ngăn chặn trận lụt. Ngài liền viết một lá thư và chú nguyện vào đó với tâm đại bi của Bồ Tát Quán Thế Âm, rồi đốt lá thư để gửi đến cho Long vương. Sau đó, ngài mới lên đường đến Lhasa. Khi ngài đến nơi thì quả nhiên là nước lụt đã rút đi từ trước đó. Ngài đến viếng đền Jokhang để xác định là pho tượng Jowo vẫn còn nguyên vẹn không hư hại. Trong dịp này, ngài ban cho pho tượng một chiếc khăn quàng trắng (kata). Tương truyền pho tượng đã đưa tay ra để đón nhận, và tư thế thay đổi này vẫn còn giữ nguyên cho đến nay.

Một lần khác, đức Karmapa Dudul Dorj được thỉnh cầu ban phúc cho một tu viện ở Powo Gyaldzong thuộc miền đông nam Tây Tạng, cách Tsurphu một quãng đường rất xa. Ngài nhận lời nhưng vẫn ở yên tại Tsurphu và vào đúng ngày làm lễ cầu phúc của tu viện, ngài ban phúc cho tu viện ấy bằng cách ném lên không trung những hạt gạo đã có sự chú nguyện của ngài. Tại tu viện ở Powo Gyaldzong xa xôi kia, mọi người đều nhìn thấy rõ những hạt gạo ban phúc của ngài rơi xuống từ giữa không trung.

Năm 1772, Karmapa Ddul Dorje và Tai Situpa đã cùng với Kathok Rigdzin Tsewang Norbu phát hiện hóa thân tái sinh của vị Shamar đời thứ mười là Mipham Chưdrup Gyatso, người em trai của đức Ban-thiền Lạt-ma đời thứ tư, Palden Yeshe.

Năm 1774, trong khi thiền định ngài nhìn thấy một linh ảnh và biết rằng hóa thân mới của vị Situ vừa được sinh ra. Ngài cử một phái đoàn tìm kiếm đến nơi ngài đã biết, và với những chỉ dẫn của ngài họ tìm được hóa thân của vị Situ. Ngài đã tổ chức một buổi lễ để chính thức công nhận vị Situ mới là Pema Nyingche Wangpo. Vị này về sau chính là người được chọn để nối tiếp truyền thống Karma Kagyu.

Đức Karmapa đời thứ mười ba có một nếp sống cực kỳ giản dị. Mặc dù ngài thường xuyên nhận được những khoản cúng dường lớn lao, kể cả vàng bạc và nhiều tài sản quý giá khác, nhưng bao giờ ngài cũng phân phát tất cả những thứ ấy cho người nghèo khổ hoặc dành để hỗ trợ cho việc in ấn, phát hành kinh điển.

Ngài viên tịch vào năm 1797, sau khi để lại một di thư nói rõ những chi tiết về sự tái sinh sắp tới. Sau lễ hỏa táng, các đệ tử thu thập xá-lợi của ngài để thờ phụng trong một ngôi tháp bằng bạc tại Tsurphu. Họ cũng đúc một pho tượng bạc phỏng theo chân dung ngài để thờ phụng. Trong số các đệ tử của ngài có những vị nổi bật nhất là Pema Nyinje Wangpo, Sangye Nyenpa Tulku, Pawo Tsuglak Chogyal, Khamtrul Jigme Senge, Ladakhi, Drukchen Kunzig Chokyi Nangwa, Hemi Gyalsay ...

Situpa Wangpo Pema Nyinchey được chọn làm người kế thừa giáo pháp của ngài. Tuy nhiên, vị này còn phải trải qua một thời gian tiếp tục học tập với bậc thầy là Mipham Chưdrub Gyatso.

Mipham Chưdrub Gyatso sinh năm 1742 tại Tashi Tse ở vùng Tsang thuộc miền trung Tây Tạng. Ông là em trai đức Ban-thiền Lạt-ma đời thứ tư Lobsang Palden Yeshe ở chùa Tashi Lhunpo. Ông được đức Karmapa đời thứ mười ba cùng với vị Situ Chưkyi Jungne phát hiện và công nhận là hóa thân tái sinh lần thứ mười của vị Shamar.

Ông đã học hỏi và nghiên cứu giáo pháp trong nhiều năm với Situ Chưkyi Jungney cũng như với Pawo Tsuklak Gawa và Rikdzin Tsewang Norbu. Vì thế, ông trở thành một vị học giả uyên bác cũng như một bậc thầy uyên thâm về thiền định.

Ông đã đến Nepal vào những năm thập niên 1780. Tại đây, ông tiếp tục thực hành những hạnh nguyện của một vị Bồ Tát. Ông tổ chức việc tu sửa ngôi tháp Swayambhu, một thánh tích nổi tiếng, cũng như giúp đỡ cho rất nhiều tăng sinh đang học tập ở Nepal và Tây Tạng.

Ông viên tịch vào năm 1793 tại Nepal, ở một nơi gần ngôi tháp Boudhanath. Một trong những công việc quan trọng nhất mà ông đã thực hiện được là truyền thụ toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu cho người kế thừa của đức Karmapa đời thứ mười ba là vị Situ đời thứ chín, Pema Nyinje Wangpo.

Pema Nyinje Wangpo sinh vào năm Mộc Ngọ (1774) tại Yilhung thuộc miền đông Tây tạng. Ông được đức Karmapa đời thứ mười ba phát hiện và xác nhận là hóa thân đời thứ chín của vị Situ Rinpoche, với sự trợ giúp của các vị Shamar Chưdrup Gyatso và Pawo Tsuklak Gawa. Trước đây, đại sư Liên Hoa Sinh (Padmasambhava) đã có lời dự báo về sự tái sinh này.

Ông học tập và nghiên cứu, thực hành giáo pháp với nhiều bậc thầy nổi tiếng, đặc biệt là với đức Karmapa đời thứ mười ba và vị Shamar đời thứ mười. Sau đó, ông trở thành một học giả uyên bác và một bậc thầy về thiền định.

Sự nghiệp hoằng pháp của ông lan rộng khắp đất nước Tây Tạng. Ông đã thành lập nhiều trung tâm tu học và tự mình giảng dạy, truyền bá rộng rãi giáo pháp của dòng Karma Kagyu. Ông cũng khuyến khích và khơi dậy truyền thống tu tập thiền định theo phương pháp của dòng Karma Kagyu. Ông cũng trước tác nhiều tác phẩm giá trị để hướng dẫn người tu học. Các tác phẩm này được truyền lại trong ba tuyển tập.

Sau khi nhận được sự truyền thừa toàn bộ giáo pháp truyền thống của dòng Karma Kagyu, ông trở thành thầy dạy chính của đức Karmapa đời thứ mười bốn là Thekchok Dorje. Ông đã truyền lại toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu cho đức Karmapa Thekchok Dorje. Ông cũng có một đệ tử kiệt xuất khác nữa là Jamgon Kongtrul Lodro Thaye. Ông viên tịch vào năm 1853.