首先我們要先了解，病苦有許多種成因，略分為兩大類，一類是四大不調（身體退化，天氣變化，所造成的），第二類是業障所致。
而業障所致又有很多種，或是鬼神外靈干擾，或是業主菩薩障礙（俗稱冤親債主），或是魔邪障礙，等等。
藥師法門不提倡迷信，所以有病需要先看醫生，好好吃藥調養，如果能夠再配合念[藥師琉璃光佛]聖號雙管其下就更好了。
而重大疾病業障所致，醫藥無效，那就必需靠藥師佛大威神力的幫助，尤其極重惡業，鬼神魔邪的障礙，不是一般法門，所能解決的。
而藥師佛的大威神力，能轉重業為輕報，甚至滅除惡業（端看行者心行），而對於魔邪，鬼神，外靈，業主（冤親），的干擾，藥師佛轉化魔邪，鬼神，業主，之幽冥心為琉璃佛心，（藥師佛開化這些眾生明曉,自身亦有琉璃佛心，佛性，大光明藏。）化解他們仇恨，障礙，怨恨，令雙方慈心相向，互利互惠。
藥師法門幫助病苦的方法
使用任何方法前，必需先與對方之業主（冤親），或那些無形菩薩們，做溝通，邀請他們來皈依藥師琉璃光佛，開發琉璃佛心，佛性，俱生菩薩正行，同作藥師佛菩薩眷屬，
方法一 ：
藥師咒與藥師咒水，每天持誦藥師咒108遍（視情況而定，越嚴重則需增加），
先準備茶水1杯，或礦泉水1瓶，然後持咒，持完後3稱[藥師琉璃光佛]，再喝就可以了，
修持需要素食，或佛像嗎?藥師佛無所不在時時刻刻就在加持眾生，所以有無佛像皆可，不論素食不素食，只要至誠心，藥師佛必定護念加持，
當然如果能備妥佛像或素食那就更好了，
方法二 ：
直接持念，憶念：藥師琉璃光佛]聖號（如果真的無法出聲，可以用憶念，或用聽的亦有效果，但效果各有不同）
PS：憶念與聽佛號適用於喉嚨痛，或其他無法出聲之情形，一般正常人請儘可能念出聲音來，小聲唸也可以喔！
念[藥師琉璃光佛]所在之處皆得大安穩吉祥，無諸障礙！
**念佛時要肯定自身念佛，當下便是琉璃的佛心，佛性，的開發展現**
藥師佛有12神將各領無量護法神眷屬，輔助藥師佛救渡眾生離諸苦難，得大安穩，對於一些頑強不服佛慈悲教化之邪魔，惡鬼神，稱念[藥師琉璃光佛]名號，12神將自然也會幫助行者，調服這些障礙。
而12神將也是佛門安制太歲神的方法，所以如果修持藥師法門不用花錢安太歲，這12神將，自然會護念幫助行者。
以上兩種方法皆需作回向（千萬不要忘記喔）
回向文參考
自身修持用：
願以000此殊勝威神功德力，回向現前妙緣業主菩薩，
普願同悟琉璃佛心、佛性，靈妙智用俱生菩薩正行。
幫助他人用：
願以此修持[琉璃淨妙甘露法]，一切殊勝功德悉皆回向弟子000
現前業主菩薩，普願化解[結纏業]同為[藥師琉璃光佛]大菩提眷屬。
PS：請用真正[尊敬心]回向[業主菩薩]