Đại sư Yeshe Dorje sinh năm Hỏa Thìn (1676) ở vùng Mayshư thuộc miền đông Tây Tạng, trong một gia đình Phật tử thuần thành. Từ khi còn rất nhỏ, đứa bé đã thường kể cho cha mẹ nghe về những giấc mơ kỳ lạ của em. Ban đầu, mọi người rất thích thú với những câu chuyện do em kể lại, nhưng dần dần họ nhận ra là có những ý nghĩa rất sâu xa và mầu nhiệm trong hiện tượng lạ thường này.

Khi tin đồn về một em bé với những giấc mơ kỳ lạ được lan ra, các vị Shamar Yeshe Nyingpo và Gyaltsab Norbu Sangpo đã gửi những người đại diện của họ đến tìm hiểu và xác nhận được nhiều chi tiết quan trọng. Tiếp theo đó, căn cứ vào những chỉ dẫn được để lại trong di thư của đức Karmapa đời thứ mười, Shamar Yeshe Nyingpo và Gyaltsab Norbu Sangpo nhận biết được em bé này chính là hóa thân tái sinh của đức Karmapa.

Yeshe Dorje được đón tiếp long trọng tại chùa Dechen Yangbachen, do Shamar Rinpoche làm trụ trì. Sau đó, em được đưa đến Tsurphu ở miền trung Tây Tạng và chính thức trở thành vị Karmapa đời thứ mười một sau một nghi lễ đăng quang được tổ chức tại tu viện Tsurphu, dưới sự chủ trì của Shamar Yeshe Nyingpo.

Yeshe Dorje thọ Ngũ giới với sự truyền thụ của Shamar Rinpoche. Sau đó, ngài bắt đầu việc học tập giáo pháp dưới sự chỉ dạy của các vị Shamar Rinpoche, Gyaltshap Rinpoche và Karma Thinleypa.

Yeshe Dorje nhận sự truyền thừa Đại thủ ấn (mahamudra) và các giáo pháp khác từ vị Shamar. Ngài cũng được học về các giáo pháp bí truyền (Terma), là những phần giáo pháp của ngài Liên Hoa Sinh (Padmasambhava) nhưng từ lâu giấu kín và chỉ được khám phá gần đây do một số bậc thầy đủ cơ duyên. Ngài học các giáo pháp này với Yong-ge Mingur Dorje và Taksham Nden Dorje. Điều này tương ứng với lời dự báo của ngài Liên Hoa Sinh trước đây rằng vị Karmapa đời thứ mười một sẽ nắm giữ được một phần giáo pháp bí truyền.

Sau khi Shamar Yeshe Niyingpo viên tịch, Karmapa Yeshe Dorje đến học với Yong-ge Mingur Dorje và Taksham Nden Dorje. Chính trong thời gian này ngài được tiếp thu trọn vẹn những phần giáo lý bí truyền do 2 vị này nắm giữ.

Vào năm Thủy Tuất (1682), đức Đạt-lai Lạt-ma đời thứ năm viên tịch. Trong khi chờ đợi hậu thân tái sinh của ngài, vị nhiếp chính là Desi Sangye Gyalsho tạm thời nắm giữ mọi quyền hạn. Vị này vẫn tiếp tục chính sách hòa giải giữa các tông phái. Một trong những đệ tử của Karmapa Yeshe Dorje là Karma Tendzin Thargye cũng là người phụng sự cho đức Đạt-lai Lạt-ma.

Karmapa Yeshe Dorje là một bậc đại đạo sư có khả năng thực hiện nhiều phép thần thông mầu nhiệm. Ngài đã nhận biết và xác nhận hóa thân lần thứ tám của vị Shamarpa là Palchen Chưkyi Dhondrup, được sinh ra gần ngọn núi Jomo Gangkar tại Nepal. Mặc dù đây là một địa điểm rất xa xôi, nhưng qua những linh ảnh nhìn thấy trong khi nhập định, ngài đã có thể đưa ra những chỉ dẫn chi tiết để phái đoàn tìm kiếm do ngài cử đến có thể dễ dàng tìm ra em bé hóa thân này. Em bé được đưa về Tsurphu và được chính đức Karmapa tổ chức nghi lễ công nhận em là người kế thừa dòng Shamarpa, với một vương miện màu đỏ được đội lên để tượng trưng cho vai trò đứng đầu phái này. Sau đó, Palchen Chưkyi Dhondrup trở thành đệ tử lớn của đức Karmapa và được giao trách nhiệm kế thừa dẫn dắt tông phái.

Karmapa Yeshe Dorje cũng nhận biết và công nhận hậu thân tái sinh của Siyu là Tenpi Nyingche và hậu thân tái sinh của Pawo Rinpoche là Chokyi Dondrup.

Đức Karmapa đời thứ mười một là vị có đời sống ngắn ngủi nhất trong số các vị Karmapa. Mặc dù vậy, trong quãng đời ngắn ngủi của mình, ngài đã hợp nhất được cả hai phần giáo pháp của dòng Karma Kagyu và dòng Nyingma (Ninh-mã). Sự giáo hóa của ngài được thực hiện một cách siêu việt và hoàn hảo. Một lần, khi trong các đệ tử có một số người hoài nghi về giáo pháp hóa thân, ngài lập tức hóa hiện ra cùng lúc nhiều thân khác nhau, mỗi thân chỉ dạy cho một người đệ tử. Với sự hiển bày này, mọi sự nghi ngờ về khả năng hóa thân của chư Phật và Bồ Tát đều được xóa sạch.

Ngài viên tịch vào năm 1702, sau khi đã để lại cho Shamar Palchen Chưkyi Dưndrup một di thư nói rõ chi tiết về lần tái sinh kế tiếp. Vào hôm ngài viên tịch, rất nhiều đệ tử nhìn thấy ngài hiện ra trong một mặt trời chói sáng cùng với hai vị đạo sư khác. Sau lễ hỏa táng, các đệ tử thu thập xá-lợi của ngài rồi nhập tháp thờ phụng tại Tsurphu.

Người kế thừa đức Karmapa trong thời gian chờ đợi hóa thân của ngài là Palchen Chưkyi Dhondrup. Vị này sinh năm 1695 trong một gia đình người Nepal, tại Yolmo (Helambu) thuộc lãnh thổ Nepal. Đức Karmapa Yeshe Dorje đã nhận biết được sự sinh ra của ông nhờ vào những linh ảnh được thấy trong thiền định, và đã cử đến một phái đoàn tìm kiếm với những chỉ dẫn chính xác để họ có thể dễ dàng tìm được ông. Ông được cha mẹ cho phép rời Nepal để đến Tây Tạng vào năm lên 7 tuổi, và được đức Karmapa công nhận là hóa thân đời thứ tám của vị Shamar.

Sau đó, Palchen Chưkyi Dhondrup nhận được sự truyền thừa toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu từ đức Karmapa, và cũng được học tập với vị Treho thứ ba là Tendzin Dhargye, với Goshir Dhưnyư Nyingpo và nhiều vị thầy khác nữa. Ông đã thực hiện những chuyến đi du hóa đến Trung Hoa và Nepal để truyền bá rộng rãi những giáo pháp mà ông đã học được cũng như làm lợi ích cho nhiều người. Ông viên tịch vào năm Thủy Tý (1732), khi được 37 tuổi. Ông là người đã truyền lại toàn bộ giáo pháp dòng Karma Kagyu cho đức Karmapa đời thứ mười hai: Changchup Dorje.

Trong số các đệ tử của đức Karmapa đời thứ mười một còn có các vị nổi tiếng khác như Tewo Rinpoche, Karma Tendzin Thargye...