Đại sư Wangchuk Dorje sinh năm 1555, tại vùng Tre-shư thuộc miền đông Tây Tạng, đúng như lời dự báo của đức Karmapa đời thứ tám trước khi viên tịch. Trong khi mang thai, người mẹ nghe có tiếng tụng kinh, trì chú vang ra từ trong bụng. Sau khi sinh ra, đứa bé ngồi ở tư thế kết già trong suốt 3 ngày liền. Và không bao lâu sau đó, đứa bé tuyên bố với mọi người: “Ta là Karmapa.”

Những chi tiết kỳ lạ về đứa bé được mọi người kể cho nhau nghe và truyền đi nhanh chóng đến tai ngài Tai Situpa Chưkyi Gocha, vì ngài đang ở cách nơi ấy không xa. Căn cứ vào những chi tiết được ghi trong di thư của đức Karmapa đời thứ tám, ngài nhanh chóng xác định đứa bé chính là hóa thân tái sinh của đức Karmapa. Sự việc sau đó một năm được xác nhận lần nữa bởi Sharmapa Konchok Yenlak.

Khi Wangchuk Dorje được 6 tuổi, Shamarpa Konchok Yenlak tổ chức một nghi lễ chính thức để công nhận ngài chính là hóa thân tái sinh của vị Karmapa. Kể từ đó, Wangchuk Dorje được truyền dạy đầy đủ các phần giáo pháp căn bản và chuyên sâu của tông phái.

Ngài thọ giới sa-di với Pawo Rinpoche và Shamar Rinpoche trong một nghi lễ long trọng. Sau đó, ngài bắt đầu học về giáo pháp Đại thủ ấn và Sáu pháp Naropa.

Sau khi hoàn tất việc học tập toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu, ngài Wangchuk Dorje bắt đầu công cuộc hoằng hóa với việc truyền dạy giáo pháp khắp đất nước Tây Tạng. Buổi giảng pháp đầu tiên của ngài có sự tham dự của 1.800 vị tăng và nhiều quan chức chính quyền miền trung Tây Tạng. Cũng nên biết một điều là vào thời ấy, những mối quan hệ giữa tôn giáo và chính trị tại Tây Tạng đã được thiết lập chặt chẽ đến mức không một tông phái nào thoát khỏi được các ảnh hưởng chính trị. Chính các quan chức ở miền trung Tây Tạng cũng có tham gia trong việc công nhận trường hợp tái sinh của vị Karmapa.

Ngài chính thức thọ giới tỳ-kheo với Shamar Rinpoche vào năm 1580. Từ đó, ngài dành thời gian để nghiên cứu Luật tạng và giáo pháp của các vị Karmapa đời trước. Ba năm sau đó (1583), vị đạo sư Shamar Rinpoche viên tịch. Ngài tổ chức tang lễ và thu thập xá-lợi của thầy để nhập tháp thờ phụng tại chùa Yangbachen. Những vật sở hữu của vị đạo sư để lại được chia đều cho tăng chúng.

Phần lớn thời gian trong cuộc đời hoằng pháp của ngài được dành cho những chuyến đi du hóa khắp mọi nơi. Ngài thăm viếng rất nhiều tu viện ở miền nam và khuyến khích tăng sĩ phải chú tâm nhiều hơn đến việc thực hành thiền định. Ngài không viếng thăm Trung Hoa, nhưng có thực hiện những chuyến đi quan trọng đến Mông Cổ và Bhutan. Ngài giảng dạy giáo pháp và khơi dậy tinh thần tu tập ở các trung tâm tu học, tự viện trên đường ngài đi qua.

Đức Karmapa đời thứ chín cũng nhận được lời thỉnh cầu đến viếng Sikkim. Mặc dù không thể trực tiếp đi, nhưng ngài đã cho một vị đệ tử lớn thay ngài đến đó và theo đúng sự hướng dẫn của ngài để thành lập 3 tu viện lớn là Rumtek, Phodong và Ralang. Đức Karmapa tổ chức nghi thức cầu nguyện và ban phép lành cho các tu viện này từ Tây Tạng. Về sau, Rumtek trở thành trụ sở của các vị Karmapa ở Ấn Độ vào những năm đầu thập niên 1960.

Đức Karmapa đời thứ chín Wangchuk Dorje không dành nhiều thời gian cho việc biên soạn, trước tác. Mặc dù vậy, trong số các tác phẩm để lại của ngài có nhiều bản luận giải kinh điển và Tan-tra quan trọng. Trong số đó có 3 tập luận giải về Đại thủ ấn là Đại hải quyết định nghĩa, Triệt phá vô minh và Hiển bày Pháp thân. Các tác phẩm này đã giữ một vai trò quan trọng trong việc giảng dạy và truyền thừa giáo pháp Đại thủ ấn tại Tây Tạng.

Vào lúc bấy giờ, sự phân chia tông phái ở Tây Tạng ngày càng đi theo chiều hướng sai lệch, rối rắm hơn. Những khác biệt giữa các tông phái dần dần chuyển thành cách biệt rồi mâu thuẫn, công kích nhau. Đức Karmapa đời thứ chín đã giữ một vai trò tích cực trong việc hòa giải và xóa đi những cách biệt giữa các tông phái. Ngài và ba vị Karmapa tiếp theo sau đó (đời thứ 10, 11 và 12) được lịch sử Tây Tạng ghi nhận là đã có những đóng góp tích cực trong việc duy trì sự ổn định và hòa bình cho đất nước.

Nhằm mục đích khơi dậy truyền thống tốt đẹp của Phật giáo Tây Tạng từ thời những vị vua sùng tín, ngài tổ chức trùng tu các ngôi cổ tự được xây dựng từ những thời kỳ này như Srongtsen Gampo và Trisong Detsun.

Đức Karmapa đời thứ chín đặc biệt quan tâm đến việc giáo hóa những người dân thường. Khi đến vùng Nagakphu, ngài tổ chức lễ xuất gia cho rất nhiều người dân địa phương. Sự thuyết giảng của ngài khơi dậy nhận thức từ bi và tôn trọng sự sống. Ngài khuyên mọi người nên từ bỏ các nghề nghiệp như săn bắn và đánh cá, cũng như biết tôn trọng sự sống của súc vật. Ngài cũng vận động xây dựng và sửa sang rất nhiều cầu cống, đường giao thông.

Đức Karmapa đời thứ chín viên tịch vào năm 1603, khi được 48 tuổi. Ngài để lại một di thư nói rõ về sự tái sinh trong đời kế tiếp và giáo quyền dẫn dắt tông phái cho vị Shamarpa đời thứ sáu là Chưkyi Wangchuk. Sau lễ hỏa táng, xá-lợi của ngài được thu thập và thờ phụng ở Tsurphu.

Chưkyi Wangchuk là một trong các vị đệ tử lớn của đức Karmapa đời thứ chín. Ông sinh năm 1584 tại vùng Drikhung thuộc miền trung Tây Tạng. Đức Karmapa đời thứ chín đã xác nhận ông là Shamar tái sinh đời thứ sáu.

Từ nhỏ ông đã được theo học với đức Karmapa đời thứ chín và nhận được sự truyền thừa toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu. Ông trở thành một trong các vị học giả nổi tiếng nhất của Tây Tạng vào thời bấy giờ, với sự tinh thông và uyên bác về kinh điển. Ông đã biên soạn rất nhiều bản luận giải quan trọng.

Ông là đạo sư của Desi Tsangpa, người cai trị miền trung Tây Tạng vào thời đó. Ông đã có công xây dựng lại tu viện ở Kampo Neynang. Khi du hóa ở tỉnh Kham thuộc miền đông Tây Tạng, chính ông đã phát hiện và rồi trở thành thầy dạy chính của đức Karmapa đời thứ mười. Ông là người đã truyền lại toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu cho đức Karmapa đời thứ mười: Chưying Dorje.

Ông cũng đã có những chuyến đi du hóa rất lâu dài gian khổ đến tận Trung Hoa và Nepal. Là một học giả uyên bác, ông giảng dạy giáo pháp cho đức vua Laxman Naran Singh và những Phật tử thuần thành ở Nepal bằng tiếng Sanskrit nguyên thủy. Ông viên tịch trên dãy núi Helambu tại Nepal vào năm 1629.

Đức Karmapa đời thứ chín còn có rất nhiều vị đệ tử nổi tiếng khác. Trong số đó có Lotsawa Taranatha, người đã có công biên soạn một quyển lịch sử Phật giáo Ấn Độ, và các vị như Situ Chokyi Gyaltsen, Pawo Tsuglak Gyaltsho, Drigung Karma Kagyupa Chokyi Rinchen Namgyal, Taglung Karma Kagyupa Chokyi Kunga Tashi... Họ đều là những người nối tiếp sự nghiệp hoằng hóa của ngài, truyền dạy giáo pháp của dòng Karma Kagyu ra khắp mọi nơi.