一、 前言
牟宗三先生是二十世紀最偉大的中國哲學家，他的創造力無人能比，他固然是當代新儒家哲學家，但是他對道佛兩家的研究亦深入骨髓，雖然筆者認為他的道佛詮釋充滿偏見，但他思路之精密，論理之詳盡，卻絕對是哲學思辨的典範，且牟先生即同時以道佛詮釋而反證儒學之優異，因此其道佛詮釋亦是其儒學建構的重要環節，欲理解其儒學體系，必須通過他的道佛詮釋。
牟先生作為當代新儒家，已經完成了他自己一生的使命，成為二十世紀中國哲學的最高峰，但也絕非中國哲學的最終真理系統，只是，自有牟先生之後，未來的中國哲學不能不從他的肩膀上走過，否則絕不足以接續中國哲學的創造發展。筆者有意全面檢討二十世紀中國哲學的成敗得失，以為中國哲學走出新路，這就首先必須要全面整理牟宗三哲學創造的成敗功過。筆者對於牟先生的創作，都視為發展中國哲學的資糧，有贊同也有反對，贊同者吸收而用之，反對者為文批評以揚棄之。筆者對牟先生著作的討論，特別針對他的中國哲學儒釋道三家的重要作品，採取了地毯式全面研究的方式，從《心體與性體》的儒學系統開始，做逐章的討論，又從《才性與玄理》到《智的直覺與中國哲學》《現象與物自身》《中國哲學十九講》等書來討論他的道家詮釋意見。對牟先生的佛學意見，則先從《智的直覺與中國哲學》和《現象與物自身》兩書討論起，接下來企圖對《佛性與般若》做逐章的討論。
牟先生著書的風格，在談每一個主題的同時，都會不厭其煩地重述前此所有相關的討論意見，以成立眼前的主題之宗旨。他的《智的直覺與中國哲學》和《現象與物自身》兩書與《佛性與般若》之著書時期十分接近，可以說就是同時寫作的，該兩書的討論方式比較是直接創造性地跳躍表述，而《佛性與般若》則是依經依論逐段對談而衍伸，但三書之間的意旨是完全一致的，因此，牟先生每一組觀念都是無限延伸地可以與他的其它觀念進行串聯扣合，這當然也正是顯示了他是在思辨中進行的創作，卻也正是因此，討論牟先生的作品，實在難以細分而切割為若干片段的意旨命題，而是應該從他全套的中西比較、三教辯證、及各家詮釋史觀中才能說清楚他的觀點，切割了會見樹不見林，但不切割的結果又是樹林太龐大，而不知從何說起。於是，筆者遂不以自己另訂綱領架構的方式重說牟先生的思路，而就是就著他的章節，說其中的要旨，且提出筆者的批評反思意見，以此方式來討論牟先生的哲學。此即本文表述形式所以如此的原因。
牟先生以為，般若學光說實相，亦即抽象的本體論意見，而對於現象世界的存在完全不涉及，也就是說沒有宇宙論，因此沒有系統相，般若經論中所出現的系統相都是等待被隨說隨掃的對象而已。牟先生此說，筆者有批評意見。既然般若經論亦有系統相，則此系統相即是其預設的知識立場，只是般若學的問題意識不在建構系統，不在說現象宛然的一切類項範疇，甚至不在說工夫理論的一切次第，而是直說本體空義，即緣起故性空之宗旨，亦即建構本體論的命題，但應是預設著前此之佛教經論之一切宇宙論及工夫論的命題。
牟先生說般若學不涉及存有論的問題，亦即沒有談到現象世界之如何發生的問題，所說雖是大乘佛教共法，但意旨不深不全亦不圓。筆者卻認為，般若學為說價值意識的本體論之空性智慧，並立即轉出本體工夫的命題，重點不在說現象世界之如何而有，亦不在說成佛之必然保證，而是說成佛運動的修養工夫之活動蘄向，宗旨清楚，不需要以它並未討論到的問題去說它的意旨的缺點，事實上，般若學所需要的存有論問題之理論系統，都已經預設在其前及其後之所有佛教經論的思想中了。它自身雖無系統相，但絕對是整個佛教哲學中的一個必要的環節，且與其它環節緊密扣連。筆者之意即是，佛教經論中的般若學、唯識學、佛性論、法界觀等等諸說，其實都是佛教哲學的問題發展與理論解決的思想發展項目，後面的理論預設著前面的基礎，藉由所面對的新問題，創造新說以解決之。牟先生特別關切圓不圓的問題，且又有特定標準及特定要求於此圓不圓之宗旨中，因此對各家皆有批評，而這正是筆者認為不必要的事，各家知其理論目標，究其如何解決，以定宗旨功能，這即是哲學研究的目標。牟先生自是要做哲學家，要提創造性理論，但若是逾越了正確理解、準確詮釋的文本解讀工作，自然是要被反對的。
筆者以為，大乘階段的般若學，當然是以原始佛教的理論為基礎，只對其中的終極意義及價值意識問題，有所申論，故說性空般若之旨。般若學說本體，亦提供本體工夫，但現象世界並未交代，因而有唯識學說出，交代現象世界的出現緣由，但因眾生是苦，故而以染法妄心說此現象之所以有生老病死之苦的出現緣由。但是問題又來了，生命因妄執而有，則成佛的可能性便不能談了，於是由妄心到真心，立如來藏觀念，無論是阿摩羅識或是起信論系統之真如心，就是在既能說現象生滅的基礎上，又有真如之不生不滅的作用在，從而為成佛可能性的問題提供了保證。但是，事情還沒結束，既然有漏皆苦，又眾生必可成佛，那麼究竟這輪轉因緣、此起彼滅的現象世界及生命種種是為何要有？方東美先生回答了這個問題，那就是世間的一切根本都是佛身演化，一切都是佛意，眾生都是佛，生滅歷程就是成佛運動，佛身演化、眾生成佛就是現象世界一切存在的終極意義，因此以佛眼觀之，所有世界一切法界都是互助成佛的存在系統，彼此在種種善惡因緣中交涉互融而齊入佛境的佛法因緣，這樣就算是說完了佛教哲學的各種基本問題。
然而，牟先生卻有對般若學的空理之批評，以其不涉及存有論問題，不能接觸法的存在的問題；又有對唯識學和如來藏思想的批評，以其不能保證成佛和但是空理說之。就唯識學言，牟先生定位有前後期唯識學，前期注意到成佛可能性問題而往如來藏真心系統發展，後期走回印度唯識學的堅持妄心緣起的系統。此中還有種種環節，但重點在，妄心唯識學不能交代成佛保證問題，故而清淨心系統尚高一籌。但是，如來藏清淨識真常心系統雖然能交代成佛可能性問題，卻對整體存在界的存在性不能給予保證。因為它的如來藏真如心只是隨著生滅因緣而適予清淨而已，因此生起現象世界的仍是阿賴耶識的染法因緣，而使修行者修證成佛的保證卻在真常心如來藏識，於是清淨的如來藏識真常心跟現象世界脫了勾，牟先生以為它是一個但中之理，亦即只是一無關實際現象存在的理體。
以上，筆者以為，般若學就其功能認識之即可，現象存在的問題它都預設在前後的系統中了，因此不缺討論存在的立場。唯識學亦是本身問題意識鎖定在生命是苦的現象生成之說明上，因此重於妄法緣起，其實只是原始佛教十二因緣之無明緣起的更細節發展而已，亦是接續前說，向前一步，至於它所遺漏的問題，確實有後起的系統來更建新說以補充之，如來藏系統即因此而生，便是解決了問題，如來藏係依真心而有現象世界，且因真心而終能去染還淨，故而現象世界仍是根本依於清淨之真如，而主體成佛即獲得必然性的保證了。至於此一真心如來藏本來即是阿賴耶識，由起信論以一心二門統合之，既能因無明生滅現象，又能因真如而使主體清淨成佛。因此牟先生所批評的但中之理之說，不能成立。這和他把般若學說成了只是般若智之實相學的批評是一樣的，般若智若只為理而不即存在之法，則如來藏識之心真如亦被如此定位了，於是現象之興起還是在無明妄心處，其起而不得保證，其證佛又捨棄現象，真是兩不掛搭的理論。實則不然。關鍵還在，無論是虛妄唯識或真常唯心系統，只有阿賴耶識或如來藏識是真，是必然，是永恆，是佛種，是佛身，是法身，是法界，一切現象世界十法界三千世界都只是暫時存在，是生命歷程的共業現象，本身不是目的所在，亦無定法可說。但是，牟先生討論佛學，必欲使此現象世界有一存在之保證，於是在般若唯識起信華嚴天台各家中苦心尋覓，終以為天台可得，其實天台亦不可得，若真可得，即超越儒家矣，然雖不可得，卻因表述的詭譎而有高明於其它各家之處，此其圓教不圓教的問題，於是牟先生的佛學宏論即此佈局完成。
牟先生說華嚴的定位是從真常心系統說起的，亦是說得起信論的定位，華嚴宗哲學正是在這樣的定位基礎上再發展的，華嚴宗說法界，本指向整體存在界，然依牟先生的詮釋，一如起信論的心真如之定位，亦是不落凡間，而只是佛自身的圓滿，是佛之自我套套邏輯的稱性而起之展現，本身不是即在現象世界的真實經驗，於是，對於現象世界之如何同登佛境的問題不能交代，對於現象世界整體存在之如何保證的問題不能交代，故而尚不真圓，一切必待天台宗才能澈竟佛法。
牟先生這樣的思路，始終有對於一切法的根源存在之保證的問題要解決，其實這正是儒家的問題，且是針對經驗現象世界而說的，但佛教理論的世界觀早就跳過經驗現象世界，而到了成住壞空、此起彼滅、重重緣起的宇宙中討論之，因此說保住存在已經不是佛法的要旨，牟先生卻緊抓這一條鐵律，來要求、比對、評價教佛教各宗派哲學的高下優劣。除此之外，牟先生又認死了佛教是性空之教，不能有說實有的立場，即便說最高存有範疇亦不能是遍現象世界而為實有的型態，是故在詮釋上都將其拉出現象世界之外，說其為一但理，說其與現象生滅世界是異體而非同體，即有一真常之但理，以及一生滅之現象，它們成了兩個世界。這是如來藏真如心的型態，也是華嚴宗的法身法界的型態，因此理論上未達真正圓教的境界，圓教境界必須不捨一法同登佛土。於是既是性空，又能說及存在，還能提出成佛工夫理論的格式，以及必然成佛的保證的系統，就剩天台，牟先生說它是同體的型態，即真如與生滅是同體，無明即法性，法性即無明。佛學至此臻至最盛而圓滿。然而，即便是天臺，亦只能保住現象世界亦同登佛境，且化跡為本詭譎圓融，卻仍不能有永恆地創生這個世界而有實體論的立場，因其畢竟是緣起性空的路子，這就又是從儒佛之辯來講的詮釋立場了。
牟先生這樣的討論，可謂盡詮了中國佛教史上的各家重要核心理論，也可以說是依據他自己的問題意識而詮釋了這許多家的重要理論意義，但是，各家是否正如其說？筆者不以為然。牟先生一在中西哲學比較上高中哲低西哲，二在三教辯證上高儒家低道佛，三在佛教內部上高天臺低華嚴，許多理論模型都有互引套用的操作。筆者必須說，牟先生有相當嚴重的問題意識的錯置，亦即並非在各家原有的問題意識脈絡上解釋其說，而只是在牟先生自己關切的問題中說明其旨。以上說真如法界是但中之理的思路，不正是他說宋儒程朱系統之理是只存有不活動的幾乎同義詞嗎？所以一切都是牟宗三問題意識及牟宗三哲學創作而已。
依筆者之見，前此說妄心唯識系統的理論，就是為說現象世界之所以有生老病死之苦的緣由而說的，生命主體依妄執而進入歷程。此論說明了有漏皆苦的原因，卻不利於眾生皆可成佛的理想。於是有如來藏識系統出現，提出了主體自身內部可以成佛的動力因緣，起信論之系統更進一步，不只有主體內因，尚有已超三界外的菩薩以上存有者的心真如之外緣作用，故成佛有必然性之保證。牟先生以為妄心唯識系統有對一切法做根源說明的功能，但是缺乏成佛保證，故而不澈底，此說筆者同意。但說如來藏真常心系及起信論之真如心系是但中之理，不生起世界，此一詮釋，筆者反對。關鍵在於，如來藏識為救阿賴耶識不足而說，主要為處理修行者眾生之成佛必然保證性問題而設，但沒有取消阿賴耶識的所有功能。起信論說主體修行之內因外緣之必然成佛意旨，由心真如與生滅二門所說者，主要說的是主體個別自我的生命歷程，它也沒有丟掉生滅門的意旨及功能。實際上涉及整體存在界問題的討論，其實主要是法界觀的功能，這是天台及華嚴這些後期宗派才會討論的重要議題。天臺說十法界，重點在展示整體存在界的範域，華嚴說佛法身義之法界，重點在說整體存在界的發生起源，牟先生說其不負緣起之責，其實它正是負責說緣起的理論。
牟先生說其但空不及存在之思路的依據，是因佛教畢竟是依緣起性空的宗旨，他認為如來藏進路之唯識學及起信論之真如心仍是隨無明妄心緣起而隨起的系統，其起因無明之偶然性而起，故無必然性，其成佛雖有真如真常之作用而能保證，但只有作用上之保證，卻無存在上之保證。華嚴宗的闢盧遮那佛之法界緣起只是成佛者之佛身之自我示現，卻不是整體存在界的現象世界之整體活動。說到底，如來藏及佛法身都是性空之但理，而非緣起之基柱。牟先生此說當然也是有原典文本的依據，但這就是善讀不善讀的問題了，亦即是否正確理解、準確詮釋的問題了。
筆者不同意牟先生的詮釋意見，但是，本文之作，重點並不在和牟宗三先生辯論，而是要展示他的思路的脈絡，呈現一家哲學思維的歷程，這個歷程，是最有哲學學習及思辨訓練的功效，更是當代中國哲學創造的實際演練。本文之作，即是筆者為牟先生推演他的思路而做，目標在清晰說明牟先生思維的理論脈絡，脈絡澄清，則接受不接受、批判或贊成的話就好說了。
牟先生的理論，實際上是不好理解的，無論儒釋道三家，他所建立的系統，都不是表面上幾個命題就算了的事情，每一個命題都是他千錘百煉的思辨結晶，學習這一套思辨的過程本身就是最好的哲學訓練，因此，理解他的思維過程之後，就可以走出自己的哲學思路，此時，牟先生的三教詮釋，便有許多都是可以揚棄的了。
本文寫作方式為依據牟先生論述的次序，撿其具有重要哲學立場發言的段落，做一一對應的對話討論。可以說是地毯式的研究方式。當然，《佛性與般若》卷佚浩瀚，逐一對談絕不可能，也只能是跳躍地討論重點而已。
本文依寫作計畫，將針對《佛性與般若》第一部第四章＜大涅槃經之佛性義＞，及第二部＜前後期唯識學以及起信論與華嚴宗＞中的前後期唯識學部分做討論，即本部之第一至四章。第一部前三章談般若學思想部分已撰文並發表於其它會議中。第二部第五章以後亦另代它文。
二、牟先生論大涅般經之佛性義
在《佛性與般若∙第一部》書中，主要是就《大般若經》及與其相關之論典而談般若學思想，以及就《大涅槃經》談佛性思想的。《大涅槃經》自是講佛性概念的，佛性則主要是就成佛者境界說的，牟先生在談佛性概念的時候，差不多還是把本體論、宇宙論、工夫論、境界論混在一起談了。而且，仍是認為「般若」論實相，不涉存在，而「佛性」才是論存在的根源，及保住的問題。因此，在這個問題的界定上，他是花費了一些工夫的。參見其言：
般若經與空宗是就般若妙用說諸法實相，而涅槃經則是就涅槃法身說佛性。………般若經中是否已有如來藏恆沙佛法佛性一觀念，不能明確決定。一般以為此觀念是後期大乘真常經之所說。可是若依五時判教，則般若部是在第四時說，當然已知之。一是歷史問題，一是義理問題。五時判教是就義理說。若依一切法趣常樂我淨之語觀之，則般若經縱在歷史上早期出現，似乎已知法身常住之說，而常樂我淨正亦是大涅槃經所言者。今依義理說，般若經之性格重在盪相遣執，涅槃經則重在言佛性。歷史事實問題不是這裡所注意的。
以上就是牟先生在約定般若與佛性兩概念因所涉問題不同而有不同的理論功能而說的，文中提到般若經論中是否涉及或已知及佛性思想的問題，牟先生這樣的問法，好像般若是一獨立的佛教宗派，因此需要追究它的思想的形態及義理的邊界到哪裡，筆者以為，這是不需要的。從般若到唯識到佛性，是印度佛教經論開發的歷程，也是佛學理論發展的歷程。至於在中國，這些經論基本上是不分先後地都翻譯為中文漢藏經典了，譯完之後，對其分類或結合，以強構整個佛教哲學體系則可，若是對其分類之後，為了要較勁高下，因而有所棄取，則筆者甚不以為然。佛學史上系統間的爭執就算是事實，後人也不必尋其爭執而續其衝突而設陣營更分裂之，而應是分別定位一一問題，分判角色功能，從而分類整編，而結構為一。筆者以為，般若學即佛教本體論，佛性思想即佛教境界哲學，境界以實踐本體工夫而達致，故佛性中需般若思想以為實踐之本體蘄向，然而佛教經歷兩千年的傳播發展，佛教思想也迭經變化，但仍可找出一以貫之的脈絡。可以說原始佛教重解脫，本體論定在苦觀上，早期大乘佛教是要為苦集滅道四聖諦找到更為合理的形上學依據，此時以般若、唯識為重，般若說本體論，唯識說宇宙論，都是為原始佛教基本立場深化意旨而設。後期大乘佛教則更強調救渡精神，可以說佛教本體思想由苦解脫論的苦上升至空，再由空深化至悲，以為救渡之原理，在此階段，論於主體者，便由原始佛教言於苦、空、無我而轉化為《大涅槃經》的常、樂、我、淨，《大涅槃經》的命題是就主體成佛境說的，原始佛教的命題是就主體在迷的位階而說的。在迷求解脫而自渡，在悟重悲智而渡眾，迷悟之別在空性的體證與否，因此，上文中，牟先生談般若思想階段對佛性概念知不知道的問題，其實是不需要討論的問題，重點是在，佛性問題的理論廣度就必須是包含般若思想在內以為其本體論命題的，後文談三因佛性時即可見出。以下正式討論牟先生談佛性概念。其言：
佛性觀念之提出是在說明兩問題：一是成佛之所以可能之問題，一是成佛依何型態而成佛方是究竟之問題。若如中論所說，光只破除自性執之佛性，而只以因緣說明成佛之可能，此則太空泛而又無力。故必須就因緣義進而內在地說成佛之所以可能之佛性，此則不可以自性執視。又，既因但自度不度他為小乘，則大乘必須度他，成佛必須以一切眾生得度為條件（為內容）。此則有待於悲願一觀念。悲願大，始能不捨眾生。又，若悲願雖大，而只限於界內，不能窮法之源，而透至於界外，則悲願之大，亦未能充其極。是以若充悲願之極，必須透至如來藏恆沙佛法佛性始可。是則成佛不只是籠統地不捨眾生，而且必須即九法界（六道眾生加聲聞緣覺菩薩為九界）而成佛。即，成佛必須依圓滿之型態而成佛。圓滿型態的佛是以具備著九法界法而決定，則是十界互具為圓滿型態（九法界加佛法界為十法界）。此圓滿型態即決定如來藏恆沙佛法佛性一觀念。法身佛性是具備著恆河沙數的佛法而為法身佛性。此恆河沙數就是無量數。此無量數不是一個邏輯的籠統的無量，而是一個存有論的無量。此即示法身必須遍滿：遍於存有論的一切處，滿備著存有論的一切法。此一切處一切法，由於對於一切法有一根源的說明，是存有論地圓滿地決定了的一切法，不只是如諸法實相那樣，諸法之諸（法之存在）是停在不決定的狀態中。法身佛性既是這樣的遍滿，即因此遍滿而說常。此常不只是（真）如性常，不只是真如理常，而且是遍滿常，此即是十法界之一體平鋪之常，是法住法位，世間相常住，此即常無常相，不是如上帝梵我那樣的常。依此遍滿常而說我，此我亦無我相。是以說我畢竟不可得亦可。此是大解脫，一切解脫，依此說樂說淨亦可。而樂無樂相，淨無淨相，說樂淨畢竟不可得亦可。此就是涅槃經說涅槃常樂我淨之實義。依此，涅槃法身是一個永恆無限遍滿的生命，現實的釋迦自然只是一種示現。涅槃不涅槃（入滅不入滅）亦只是一種示現。
這段文字的討論有幾個重點，第一，佛性概念所涉及的問題。第二，成佛者的境界實況問題。就後者言，本段文字開始，就是牟先生由佛性概念的約定而最終說出天台高於華嚴的理論依據，即是成佛者境界的存有實況的問題。首先，牟先生說佛性觀念在於說明成佛之可能以及依何型態而成佛兩問題，這就是涉及佛性概念是在討論甚麼的問題。然而，此段文字所說尚不清楚。後文有更直接且清楚的討論。這段文字所說的重點在成佛之型態，依筆者的轉譯，就是成佛者的境界實況的問題。牟先生說依大乘佛教的觀念，成佛者必須渡他，而不只自渡，且渡他須以一切眾生得渡為前提，此語有歧義。「眾生得渡」是眾生基本離苦還是眾生亦皆成佛？若是眾生亦皆成佛，則只要有一眾生尚未成佛則世無成佛者，因此只能取眾生基本離苦得渡且知所以自渡之道（即知佛法）即可。雖是如此，牟先生接下來的討論的話語還是不清楚，他說佛必須即九法界而成佛，終至十界互具才是圓滿，此圓滿且為一存有論的圓滿，因而能對一切法的存在有一根源的說明。此時之佛，是法身佛性，是一永恆無限遍滿的生命，因而亦可說為常樂我淨。牟先生此處之所說，對於成佛者之法身佛性是一永恆遍滿的生命之旨，筆者完全同意。但是所謂就九法界而成佛且使一切法的存在有一根源的說明之事，筆者不同意。牟先生之意是，成佛需就所有存在世界的眾生都對其有悲願，且都對其行救渡之實，因而使其存在獲根源的說明。此中「都有悲願」及「都行救渡」兩事筆者也是同意的。但說因法身遍於諸法界之一切處，使一切法有一根源的說明，此義筆者不贊成。牟先生關心存在世界的存在保證的問題，這實在不是佛教世界觀所需要的立場，佛教世界觀此起彼滅、成住壞空，眾生生命輪迴流轉，則任一當前世界的保住是世界觀上不可能，也是修行論上不必要的事情。牟先生此處說能予一切法有一存在的根源的說明，此事亦非成佛者行救渡活動時的目標，救渡並非使其存在，更非保住其存在界的國土，救渡只是使主體自覺開悟而行般若智菩薩行，至於主體的國土本來就是虛妄的，以及主體的存在所積聚的五蘊都是一虛妄，則何須保住？何須予以根源的說明？根源是就眾生無明積聚共業而有之國土與在迷之身命而論者，成佛救渡之就是使其脫離此境，實非對此境給予一根源的說明，更非為保住，保住者儒家的立場。就因為牟先生有以法身佛性遍滿而保住萬法之說，故使佛教之存有論有天台之保萬法與華嚴之唯佛境界之別異。更因為佛教只能保住之而不能創生之，亦因此得出儒佛別異之分辨原理。總之，牟先生這段討論是他整個佛教哲學立場形成過程中的重要思考歷程，觀念意見的表述充滿強勢的構想規模，從此逐步接上天台、華嚴的比較立場。又見其言：
因為佛性須具備著恆沙佛法，法身需遍滿常，這樣才是圓實佛，所以對於恆沙佛法須有一根源的說明。這樣的說明亦曰存有論的說明，即對於流轉還滅的恆沙佛法須有一存有論的圓滿決定。由於這種決定底緣故，所以才有教乘方面的系統多端，以及圓不圓底問題。原則地言之，若依分解之路前進，便是可諍法，因而是權教，非圓實教。而分解復有經驗的分解與超越的分解兩路，故權教中亦有兩態，此即阿賴耶系統與如來藏真心系統。若依詭譎的即具之路前進，則是無諍法，因而系統無系統相，故為圓實教。故這存有論的決定必待至相應法華開權顯實發跡顯本而開出的天台圓教始真達致圓滿的決定。而達至此存有論的圓滿決定始真證成了那恆沙佛法佛性以及法身之遍滿常。此即是說，詭譎的即具之路是由開決了那分解之路而成者，故不與分解之路為同一層次，因此，圓實教只有一，無二無三。
以上這段話是依據前一段討論而來的結論式的表述，談不上有詳細的討論意見，討論的過程是出現在其前其後的各處中，意旨的重點在說明成佛問題與存有論問題的結合中有不同形態，有分解的兩型即阿賴耶與如來藏真心，與不分解的一型，即天台詭譎相即型。這段話其實也是牟先生《佛性與般若》全書的結論。要獲得這樣的結論，是需要很多的理論建構才能達至的。此處先不展開，僅述重點，牟先生以華嚴談佛法界是遺漏了下九界，故而不圓滿，而天臺的即十法界互具之說，則既是存有論的圓滿，又是表述上的圓滿。筆者則以為，牟先生在這裡發生了太多的誤讀與錯解，才會有這樣的說法。存有論的圓滿是把成佛的觀念與存在的世界的概念綁在一起論述，此兩者，有關係但不是一回事，故不應合論。表述上的圓滿更是一詭譎的意旨，是把說境界的語言和說世界觀形上學的語言放在一起對比，這更是一套路數不對的對比。不過，這些討論在《大涅槃經》這一章中並不是討論的重點，因此牟先生也只是結論式地把話放在這裡，此處筆者也就不再申論，另有其它地方可作細節討論。
《大涅槃經》的重點是在談佛性，牟先生亦深切地討論了，但筆者以為，這些討論，也只是顯示了牟先生在深化佛學學力的研習過程，盡量努力使用他自己的語言以消化之，從而理解之、詮釋之、進而轉化之的過程。參見其言：
依是，佛性有兩義：（一）是佛之體段。一切眾生悉有佛性意即悉有成佛之體段之可能，不過為煩惱所覆，不顯而已。依此，一切眾生是一潛在的佛。從此潛在的佛說佛性，即曰如來藏。如來藏之藏有兩義：一是藏庫，一是潛藏。前者表示不空，如來法身是無量無漏功德聚。後者表示此不空之法身為煩惱所覆，隱而不顯。（二）是所以能顯有此佛之體段之性能，就此能顯之性能而言佛性。此佛性義是所以成為佛之性能或超越根據之義，不是佛之體段之義。涅槃經說佛性首先是佛之體段義，此是正面說的。至于所以成為佛之性能之佛性義，則不甚豁顯。但並非無此線索。引至此第二種佛性之義之線索即是緣因了因。涅槃經以佛之體段義之佛性為正因佛性。但此正因佛性必須有緣因了因以顯之。但涅槃經卻並未把緣因了因視為二種因，乃是視了因即是緣因，即以了因為緣因，或以緣因為了因。
本文中說佛性有體段義及能有此體段之性能義兩種，此說語意不清。從內容來看，說體段就是說眾生皆是潛在的佛，所以談如來藏觀念就是談佛之體段，這是形上學本體宇宙論的進路地說眾生與佛之存在的根源的問題。說性能則是說成為佛之性能，說為緣因了因是清楚的，即是工夫論與境界論，但說「此佛性義是所以成為佛之性能或超越根據之義」，筆者以為，這句話又是很不清楚的話了。談超越根據沒有不是形上學問題的，因此應該是正因佛性的問題，總之，牟先生談中國哲學的基本哲學問題除了在形上學的多種形態做區分以外，並沒有有效地建立工夫論和境界論作為基本問題，因此對文本做解析的時候不免失之籠統含混，尤其是，喜好隨時發明新的專有名詞以應付文本的思路，以上這段文字，看似討論佛性概念的重要發言，卻沒有清楚的實義。下文較為清楚了：
正因佛性即是佛之體段轉為因地，此是客觀地說的佛性。緣了二佛性是就客觀地說的整一的正因佛性而內部地分析出，此是主觀地說的佛性。正因佛性是客觀義的主體，緣了二佛性是主觀義的主體，此是真正的主體之所在，亦是普通所了解的佛性，即所以成佛之性能之佛性之所在。客觀義的佛性可曰法佛性，主觀義的佛性可曰覺佛性。（以了因為主，以緣因為助，從主而言，故曰覺佛性。）
這段文字是就正因、緣因、了因三因佛性概念再做疏解之作，以筆者的詮釋，在四方架構中，正因佛性以般若本體說本體論，但仍配合本體宇宙論的一切眾生皆有佛性之說，於是眾生皆有自性清淨心以為佛性之本體，故而是成佛的超越根據，是客觀說的佛性，是客觀義的主體。緣了二因佛性是主觀義的佛性，是主觀義的主體。以上所說筆者都同意，也認為所說都清楚可解。說佛性是說成佛者境界，成佛者境界主體遍在一切萬法，它是本來的事實，故而說是客觀，亦是主體。因為本來就是就著成佛者說的，所以是主體，因為它是形上學的本體宇宙論的原理，所以說是客觀。至於緣了二佛性就是就著工夫境界論說的，所以說是主觀的，當然更是主體的。但以下說：「此是真正的主體之所在，亦是普通所了解的佛性，即所以成佛之性能之佛性之所在。」這話就須費一翻疏解了。緣了佛性是工夫境界論，故而真正是講主體的，牟先生說是即所以成佛之性能，顯然是在講透過此一工夫實踐才能終究成佛的活動，所以此性能是動態的實踐義，其實說是工夫實踐論即可，無須再說為性能，說性能好像又是在說本體宇宙論的正因佛性。文中又說這緣了二因佛性是普通所了解的佛性，這就是說在論於佛性的境界論義涵時，佛是三十二相八十種好等等佛境界狀態的陳述，故而是一般所謂的佛性本義。最後，牟先生說：「客觀義的佛性可曰法佛性，主觀義的佛性可曰覺佛性。」此語亦精確，說佛性的最核心根本義是說成佛者境界，般若本體是法身概念，主體做工夫就是覺悟的實踐，故說法佛性和覺佛性也可以。關鍵就是，佛性一詞被牟先生用得太氾濫，各種意旨都放進佛性概念上，所以，筆者主張，與其研究概念不如研究問題，不是佛性概念有甚麼理論意旨，而是談佛教思想有那些理論問題，理論都是針對問題的回答而構作的，所以，立足問題，談法身就是談本體宇宙論，談覺悟就是談工夫論，不管是否都使用了佛性一概念。
下文又是牟先生針對佛性概念的討論，由於不能有效運用哲學基本問題的概念，以致說佛性說得難解難分，參見其言：
以中道第一義空為佛性既是就涅槃法身說，則是以佛果為佛性。此佛性是佛之體段義。就眾生說，眾生亦可具此佛之體段。但雖具而未顯，則即將佛果轉為因地而曰佛性，此即正因佛性一詞之所以立。從因地說正因佛性，是就眾生說也。既從因地而說正因佛性，故可云：佛性者即是一切諸佛阿耨多羅三藐三菩提中道種子。一切諸佛亦是由本具此佛之體段而始可獲得無上正等正覺。但如此言正因佛性還是客觀地說的法佛性之佛性。若問如何能把這本具之中道種子顯發出來而得無上正等正覺，則須就著客觀說的正因佛性而內在地凸現出緣了二佛性，此即是主觀說的覺佛性。此則比以中道第一義空為佛性為更具體也。
本文以正因佛性為討論主題，就正因佛性言，文中說中道第一義空是佛性，又說涅槃法身是佛性，又說佛果是佛性，又說客觀地說的法佛性是佛性，又說一切諸佛無上正等正覺是佛性，這就是將許多不相同的問題下的佛學理論都推給了佛性概念來承載，這本是佛學文義的常態，不過在今日學習佛教哲學，就應該把各種問題分開來講，才能求其理論清晰與理解準確。當然，牟先生就是在做這樣的努力工作。文中說若問如何把中道種子顯發為無上正等正覺，就是說如何把在迷眾生提升為成佛者，在迷眾生因形上學命題保證故，必可成佛，具成佛可能性，但是具體的呈現需要靠主體自身的操做實踐，才能讓客觀佛性顯發出來，這個操做就是靠工夫論及實踐的歷程，就是覺佛性。所以，牟先生光談佛性概念，實際上很難將各種問題說清楚。
總之，談《大涅槃經》的佛性論這一章，是牟先生由般若學到佛性論的討論，但是，牟先生花了大力氣在談佛性概念，卻並沒有把問題說清楚，因此佛性概念仍是陷在複雜的糾結裡。其實，牟先生談佛性，是要進入唯識、起信、華嚴、天台的辯論高下中談的，本部此章可以說只是個開場，暫結於此。以下進入第二部，說唯識、起信及華嚴。
三、地論與地論師
牟先生在第一部初步勾勒了般若與佛性概念的理論意旨之後進入了正式討論佛性概念的第二部，牟先生關切法的安置問題，般若思想不涉及此，只有佛性思想能安置此問題，於是從中國唯識學說發展的歷程談此一佛性概念在諸教派間的進展，牟先生此處的討論從地論、至攝論、至成唯識論、至楞伽、至起信論、至華嚴宗，並以華嚴宗為佛性思想順唯識學進路的最高峰。
依本文寫作計畫，以下將討論第二部之第一至四章，即其所言之前後期唯識學部分。
參見其言：
既有「恆沙佛法佛性」一觀念，故需對於修行中一切流轉還滅之法有一根源的說明，而此種說明是開始於唯識學。但中國之吸收唯識是開始於地論師。地論師者，講世親早年作品十地經論之法師也。但此書並不是正式講唯識學者。唯識思想是講此書者帶進來的，因此，遂有地論與地論師之不同，而地論師中亦有不同之見解。………此論只是解釋華嚴經之十地品，並未正面分析八識。論文中只有時提及心意識及阿黎耶識，但並未詳細分疏。
本文談唯識學在理論上的兩大功能，流轉與還滅，並以其即是佛性概念在面對的理論問題。筆者此處先從還滅談起。談佛學即是在談一套實踐哲學，實踐哲學即是要談主體如何實踐以致達到理想完美人格，依原始佛教，實踐以成佛是一解脫的過程，因為生命是苦，解脫此苦即是工夫的目標，解脫以入滅是原始佛教談工夫的話術，因此此處牟先生以還滅說之。說還滅就是在說主體實踐以成佛的理論，此一理論需要可能性的保證，這就是形上學問題，這個問題，還要從流轉說起。流轉可以說就是宇宙發生論，就佛教萬法唯識的立場言，宇宙發生論也等於是主體生命的形成及演化的歷程，於是主體染淨成形並生死輪迴的歷程亦是流轉的議題。這裡，牟先生是把宇宙發生論以及工夫修養論兩種問題都放在佛性一概念中來講了，而宇宙發生論也離不開本體論，工夫論也離不開境界論，所以可以說本體宇宙論與工夫境界論都放在佛性一概念中來講了，這樣其實會造成牟先生在文本解讀上的困難。
就宇宙本體工夫境界論的問題來講，早期大乘佛教談般若就是在談本體論的問題，而唯識學談五蘊八識就是在談宇宙論的問題，牟先生說流轉還滅始於唯識學，雖無不可，但不算清楚也不夠精準。在本書第二部中，牟先生即大致上是以中國大乘佛教的學派發展歷程來說明對於這個流轉與還滅問題的理論解決。於是，首先是地論師的努力。《華嚴經》有《十地品》，世親菩薩作《十地經論》，地論師發揮《十地經論》的理論，對於流轉還滅的問題，關鍵就在阿黎耶識的概念定位中。而地論師之間，對於此一概念竟有不同的詮釋立場，牟先生言：
但阿黎耶識究竟如何說，本論無有明說，不同之解釋乃依論外之思想而說，所謂地論師分相州南道北道即於此而分也。南道慧光計阿黎耶識為真，北道道寵計阿黎耶識為妄。說者謂地論明阿黎耶識為真如法性，為自性清淨心。若如此，則南道慧光似較合地論本義。
其實，《十地品》及《十地經論》所談的問題範圍甚廣，但牟先生關切的就是流轉、還滅的問題，而且，還是他自己的特殊理解下的流轉、還滅的思路，此先不論。重點是，牟先生在這裡指出了地論師之兩派乃是以阿黎耶識為真為妄之不同而區分的。阿黎耶識當然是主體的實體，但卻有真妄之不同意見，其實，說真說妄是針對不同的問題而說的。就主體在現象世界的生老病死以及種種人生之苦而言，阿黎耶識是妄，聚集種種妄染之因緣以成一在迷之生命。但是，唯識也好，般若也好，佛性也好，主體成佛的工夫論必須要談，主體可以成佛的可能性必須要談，談這兩個問題，就必須設計清淨的動力根源在主體之內，以備還滅之需，這就主阿賴耶識是淨。而根源的問題，也是形上學的問題，故而與流轉有關。因此，以阿黎耶識為淨體之說，當是著眼於此一問題。然而，在一般學術研究的作法中，有時有些學者在研究哲學史的發展時，並不就哲學問題的發掘以了解哲學理論的建構目的及問題之解決，反而是自己有了一套理論就要在這裡面肆應一切問題，其結果，體質不符，解釋不了哲學史的新理論，於是就顢頇以對。以下，牟先生就要說明這妄淨兩路的理論功能，及哲學史發展的實況，以及所造成的能解決不能解決的問題關鍵。其言：
以阿黎耶識為真淨不合通常之習慣。如世親作此地論時，其老兄無著之「攝大乘論」已成，則不應不知。而攝論中之阿黎耶識並非真淨。解深密經中之阿陀那識亦非真淨。世親亦不應不知。地論為世親早期作品。其後來之作品皆不以阿黎耶識為真淨。然則（一）地論為不成熟之作；（二）對於阿黎耶識無明確之解釋；（三）南道派似乎有近地論本義處，然亦無必然，（四）以阿黎耶識為真淨不合一般之習慣。地論師於此分兩派，顯因地論本身對於阿黎耶識無明確表示故。
言阿黎耶識主要是在唯識學系統中說出來的，原本唯識在說在迷眾生的現象成因，故而是虛妄開始、雜染積聚的狀態，說妄是通常的作法。但唯識學至中土，已在印度佛性論經典發展完成之後，故而除非捨棄唯識名相系統，否則既要承續其名相，又要面對佛性論在面對的問題，則唯識之淨體意旨便須發展出來。然而，此意並非早期唯識之思路，唯識由無著、世親兄弟建立，無著建《攝大乘論》，世親建《十地經論》，原初走得是虛妄唯識之路，目的在說明迷染世界之虛妄及其成因。故地論師中走清淨真如心之路以解阿黎耶識者，被視為不合通常習慣，但此路恐是符合《華嚴經十地品》本來的思路，因為《華嚴經十地品》畢竟是更晚期的大乘經典，只其對阿黎耶識沒有直接談論其淨妄問題而已。故而世親作論時亦不能免於說清淨阿黎耶識的立場。只此義非其本人後來的主流思想而已。
於是談《十地經論》的地論師分成兩個立場，有淨有妄，這也可以說於是牽引出地論師之後的中國大乘學派的思路與立場。牟先生言：
世親後來不但不以阿黎耶識為真淨，且根本不言如來藏自性清淨心。其佛性論亦言如來藏，但偏於理言，不偏於心言。故玄奘承之而成為後期之唯識學，所謂正宗之唯識，與地論師之道寵系（北道派），攝論師之真諦，以及起信論，（此綜而為一，可曰早期唯識學），皆異也。………如果預設一切眾生皆有自性清淨心，眾生在迷，雖以業力生，而業力亦必憑依自性清淨心而生，則即成起信論之說法，由自性清淨心轉陷而為阿黎耶。此即後來華嚴宗「性起」說之所本。地論師、攝論師、起信論，皆「性起」之說也。奘傳唯識乃「阿賴耶緣起」，非「性起」也。而天臺宗則言「性具」。如是，乃成「性起」與「性具」之爭，圓不圓亦由此判。依天臺宗，性具為圓教，性起乃別教也。
先說歷史，世親是印度唯識學，走虛妄唯識之路，面對在迷眾生的現象世界之起源的問題而說明之。但在中國之地論師，是在中國最早開始講唯識學觀念者，卻走向清淨心系統，而與如來藏系統合流，發展出《起信論》的系統，是為牟先生定義的中國的早期唯識學。之後，由玄奘赴印度研習印度唯識學，回到妄心系統，是為牟先生定義的中國的晚期唯識學。
再說理論，首先，就妄心系統言，牟先生說到世親的阿黎耶識為妄，系統內的佛性或曰如來藏是偏於理言，不偏於心，這是印度唯識學，也是玄奘所發揚的中國的晚期唯識學的立場。此處，佛性或如來藏只是理而非心之說法，就是在面對還滅的問題，主還滅依一外在之理而非內在之心。還滅之發生，依妄識阿黎耶系統，為阿黎耶之由雜染無明而為之緣起帶出的，此時還滅的工夫固然憑依一如來藏清淨佛性，但畢竟非主體心的內在本質，只是一在外之理，意即，並不把如來藏清淨佛性亦內化為主體的本質而為主體生起的更根本之動力。這一套討論模式，是牟先生十分重要的一種模式，其於論宋明儒學時即已使用，即析心與理為二之說，真鬼斧神工也。此一模式，還將會在他討論起信論及華嚴宗哲學時再度以變形而出現。
其次，就真心系統言，阿黎耶識為清淨本質，為生命發生的更根源的原因，至於在迷的生命當然還是因妄識無明而有的，不過，根本還是淨體，只因陷落而為無明所罩，此說，則還滅的通路十分清楚，復反之即佛性顯焉。此處，牟先生又提到華嚴亦是此路而為「性起」系統，以有別於阿黎耶系統，而天台則另是「性具」系統。筆者以為，對佛教哲學發展史說，說有十二因緣緣起，說有阿賴耶識緣起，說有如來藏識緣起，說有法界緣起，則都是就現象世界的緣起說的理論，由小到大，由單一問題到複雜問題。由個體生命問題而說的十二因緣緣起，由個體生命以及他的山河大地國土問題而說的阿賴耶識緣起，由主體生命之發生及其修行成佛的問題而說的如來藏緣起，由整體世界一切眾生的發生因緣以及眾生皆可成佛的哲學立場的問題而說的法界緣起，都是說現象世界宇宙論的形上學理論。但是，牟先又立性具、性起系統，這是依後期天台與後期華嚴的爭執而有的系統，此說筆者已論於它處，此暫不論。
究竟真心、妄心系統對理論的影響為何呢？這是牟先生最擅長發揮的部分，其言：
如果阿黎耶識為真淨，則阿黎耶識是自性清淨心，依起信論，自性清淨心即真如心，心真如。在纏之真如心、心真如，不但受熏亦能熏。但依世親晚年之思想，只阿黎耶識受熏持種，不言自性清淨心，而真如只是理，真如與淨心或淨識或智心並不同一，故不能言真如心，心真如，而真如理既不能熏，亦不受熏，故內學院依奘傳之唯識學即批評起信論之「真如熏習」為不通。但如阿黎耶識為真淨，則起信論之思想為對。問題是在世親寫此地論時，究是否視此阿黎耶識為真淨。如是真淨，則受熏亦能熏。如不是真淨，則只受熏，而不能熏，此即同於其後來之所想。究如何，在此地論中很難斷定也。………故世親地論之思想，無論如南道派之所說，或如北道派之所說，其最後歸宿當向起信論走，因地論中明言「自性清淨心」故。南北道之爭只在是否阿黎耶識為真淨，不在有無清淨心也。若如此，就世親本人言，地論為其早期不成熟之作。其晚年成熟之思想乃正是奘傳之唯識。然此不成熟之思想，及其發展成熟引發而為另一系統，如起信論之所表現者，反高於其晚年成熟之思想，而在印度經論中亦有據也。此所以華嚴宗視起信論為高於唯識宗，而判之為終教也。
牟先生在這段文字中還是多在歷史問題上敘述，即世親走妄心而由玄奘繼承之路，而淨心之路則是起信論所走之路。至於理論問題，此段文字倒頗有重點。若是真心，則受熏亦能熏，若是妄心，則妄心只受熏，而妄心系統中的佛性及真如，便只是但理而已而不是心，既不是心，即不受熏亦不能熏。依牟先生的立場，自是認為走阿黎耶識是真心之路是較符合理論需求的，但牟先生也知道，世親走的是阿黎耶識是妄心的路。這些都還是歷史問題，筆者要談的是理論問題。有兩個重點，第一，熏習的問題是工夫論的問題，其與形上學不同；第二，「但理」的理論設計是不成熟的模式。
首先，講熏習，就是主體的受熏及能熏，這與形上學問題說整體存在界之流轉問題不是同一個問題，能熏、受熏是工夫論問題，是就主體說的，說阿賴耶識為清淨心真如，這樣便能說主體的還滅成佛了。而前此說心真如生起的性起系統之語言，則是在說形上學本體宇宙論的問題的語言。因此，問題不是阿黎耶識是淨是妄，而是阿黎耶識究竟要回答甚麼問題，若是實踐成佛，則必須有淨心在主體內，也必須有清淨如來藏為世界之生因。若不是在談主體成佛問題，而只是在談現象世界的虛妄雜染的原因，則一切因妄心阿黎耶識而有的說法是成立的。因此也可以說，妄心阿黎耶識所面對的問題是較早期的大乘佛學在面對的問題，只為說明現象世界之如何而有，而淨心的如來藏佛性概念，則是在面對主體實踐成佛，以及世界存在的意義的問題，可以說是一更後期的理論發展，而系統內亦已包攝了早期印度唯識學的妄心系統於其內。
其次，牟先生說有「但理」之真如在妄心系統中，既不受熏亦不能熏，則妄心不能談工夫是確定的了。牟先生的討論尚未結束，此處只是一個開始，接下來討論他對《攝論》的意見。
四、攝論與攝論師
《攝論》是印度唯識學宗師無著之著作，即《攝大乘論》，真諦譯為中文論典，發揮真心派的思路，偏離了無著的原意，但正是如此，反映了中國大乘佛學面對理論問題的哲學創造，牟先生反而正視及肯定真諦之譯作方向，參見牟先生言：
地論師而後，復有真諦三藏譯釋攝大乘論，此稱為攝論師，或攝論宗。攝論是攝大乘論之簡稱。此論是無著造，是正宗唯識宗（所謂虛妄唯識）之基本論典。………真諦雖弘揚攝大乘論，然其翻譯不必忠實，多有增益。其所增益者即是參雜之以另一套思想。後來玄奘重譯，力復原來之舊，此則一般稱為唯識宗，亦曰新法相宗，吾人則名之曰後期唯識學，亦即近時所稱為虛妄唯識或正宗唯識宗者。至於真諦之譯釋，在當時稱為攝論宗者，吾人則連其前時之地論師統名之曰前期唯識學。此前後期唯識學之差異，主要言之，大體是在前期唯識學是向真心走，所謂真心系，後期唯識學則決定是妄心系，此亦是無著世親造論所表現的系統的唯識學之舊義也。
本文主要是歷史脈絡的界定，印度無著世親走妄心系，是唯識學古義，到中國，早期討論唯識學相關經論的學派，反而多重視真心阿黎耶識，地論師的南道派，譯作《攝大乘論》的真諦的思想，都是此路。中國僧人中後起之玄奘，則力返無著、世親的思路，重新約定阿黎耶識在妄心的義理規模。就哲學之討論言，僅以說真說妄說早期說晚期是很簡單的定義，究竟說真說妄背後是在談甚麼問題以及提出甚麼主張？這是有待牟先生的疏解來發揮的。以真諦譯《攝大乘論》為對象，真諦究竟面對了甚麼問題及提出甚麼主張？參見牟先生言：
真諦順攝論固須以阿賴耶充當「無始時來界」語中之「界」字，但他對于阿賴耶卻有不同的解釋。他視阿賴耶不但為「流轉」之因，且亦為「還滅」之因。他說阿賴耶是「以解為性」（此即所謂「解性賴耶」）。如是，則不是以迷染為性。其迷染而為「流轉」之因，只是其在纏而不覺。但其本身卻是清淨的，有覺解性的。是則其為「流轉」之因只是流轉雜染法之憑依因，而不是其生因。其為「還滅」之因倒是無漏清淨法之直接的生因。此則便成另一系統。
本文中牟先生特有的思路開始出現了，關鍵在解性賴耶的形上學定位問題。這裡說了流轉因及還滅因，流轉因說主體及其現象生命之發生歷程，還滅說主體做工夫以致成佛的問題。牟先生說真諦釋攝論時，以阿賴耶為解性賴耶，亦即以阿賴耶能有還滅之功能。現在，賴耶具解性，因此，還滅之因在解性賴耶，但是，現象生滅之流轉因，卻未明。亦即，解性賴耶並非生滅現象之生因，而是染性賴耶為其生因，解性賴耶只是其憑依因，亦即，淨法不生起現象，這就是說，主體有一解姓賴耶，只負還滅之責，其與流轉無直接關係，只是被憑依，而染性賴耶才是流轉的直接生因。一個主體分裂為二，解性與迷染賴耶，就主體在迷的生命歷程言，一個直接生起，一個只為憑依。不過，就主體要進行還滅的時候，解性賴耶就是還滅的直接生因。牟先生這裡的討論，十分疏漏。他將宇宙發生論與主體生命歷程合而為一，而在迷雜染與清淨解脫也都說的是同一主體，固然無誤，但應述清。牟先生因為沒有非常突出主體的存有論角色，所以講流轉與講還滅的理論意義總難說清楚，主體因無明亦即染性賴耶而有生命在迷的流轉歷程，因此在迷的歷程之生因為無明是可說的，至於主體若有解性賴耶，亦即清淨心，清淨心與在迷歷程的關係是憑依因而非生起因，這樣的話也是可說的，這已經幾乎就是起信論真如與生滅二門的功能與作用了，但起信論明講一心二門，亦即解性染性皆同一個眾生心，故眾生心即成佛主體，只其有一主體忽而不覺而入無明的生滅歷程而已，但其真如將成為其必然還滅的生因。在此處，生命現象的本體宇宙論歷程也說清楚了，主體的還滅解脫成佛的工夫實踐理論也說清楚了，卻不需分裂為兩個主體。
總之，真諦在說現象是雜染妄心的阿賴耶系統中作注解，他的思路是真心派的，亦即他同時關心到主體實踐成佛的工夫論問題，因此不免多出解性賴耶的思路，這就不免要在《攝大乘論》的形上學設計上有所更改了，而這個修改近乎《起信論》的結構，這就是牟先生本文的重點，且這也是他自己的意見：
………此當是世親釋之原文。據此釋文，………此即示阿賴耶識只間接而曲折地為「涅槃證得」之所依也。清淨法之依止於阿賴耶與雜染法之依止於阿賴耶其方式不同。此亦顯示阿賴耶本是迷染為性（無覆無記式的迷染），並非「以解為性」。若如真諦之加釋，以「如來藏自性清淨心」視阿賴耶，則「一切法等依」當有不同之說法，此如起信論之所說。真諦將如來藏系統與阿賴耶系統粘合為一，非是。
蓋真諦本是把作為「無始時來界」的阿賴耶識視為「以解為性」的，他是以勝鬘夫人經的「如來藏自性清淨心」說此「界」。此與攝論不合。這無形中把攝論系統改轉為起信論系統。
說無始時來界，等於在說宇宙發生論的根源始有，將阿賴耶識視為以解為性，這當然是為了說明主體實踐成佛的保證，但是，主體有解性阿賴耶就同時表示主體在生成時就已經是根本有解性了，也就是說主體的清淨心是先天地有的，而不能是任何種類的後天地有的，以如來藏自性清淨心的概念加之於此，即是走先天地有的路。這個問題，便成為牟先生關注《攝大乘論》及真諦譯註的理論發展重點。筆者再次強調，說現象之染污是早期唯識學發展理論的目標，說主體實踐成佛是佛性論階段的佛學理論所關注的問題，這就是阿賴耶識概念提升為如來藏識概念的內在思路之關鍵，真諦顯然是一直在關注這樣的問題，而這也是牟先生追究真諦譯注《攝大乘論》的重點問題，但是，在唯識學系統內，對於主體成佛的問題並不是沒有處理，只是它們的處理不如佛性論階段來得透澈而已。牟先生基本上就是對此頗有批評，牟先生討論《攝大乘論》在還滅問題的理論設計上以淨心種子的方式說之，而淨心種子來自聖教，且是清淨法界，主體聽聞而後得之，因此牟先生定位它是漸教修行之路，參見下文：
它的自性既是淨法之種子性，經過熏起而成為淨法（現行的出世淨心），它即能對治那阿賴耶。這種對治是依數數正聞熏習而成的由淺至深由低至高的正聞熏習底連續增長擴大之方式而對治之，也就是說，依漸修之方式而對治之。
攝論原意中之還滅理論，是淨種由外而入，由薰習而漸熟，對此，而為漸修系統，漸修無有不對，也不能說它達不到最高成佛境界，牟先生的問題的關鍵是在有無必然性保證？淨心種子既不為阿賴耶識本有，固能藉由另一超越根源而來，然而是否能有必聞之、且修之、而成之的保證呢？牟先生言：
真心派之真心「不染而染」（勝鬘經語）及依真起妄，這並無困難，見下起信論章。妄心派以妄心為主體，有漏法的產生固容易說明，即淨種寄於賴耶中，如攝論之所說，亦無困難，而從虛妄轉清淨之轉依，若安於漸教，這轉依本身亦無什麼困難。困難是在：這樣下去，究竟是否能得最後的轉依，轉依是否有必然性？轉依是否不終于是一無限的歷程而不能達？轉依是否不終于是一偶然而無必然？這些問題都集中在淨種（亦曰無漏種）之新熏一問題上。
淨種只是經過新熏而有，並非本有，這是攝論的主張。依此主張，轉依終于是一無限歷程而永不能達，亦無必然，即成佛是一無限歷程而永不能達，即或有能達，亦只是偶然，而並無必然，亦無眾生皆可成佛之必然。何以故？因並無成佛之超越的根據故。這是一個純理論的問題（教義問題）。唯識宗內部似乎已意識到這個問題，故有關于新熏與本有的討論。
如果依據《起信論》的設計，成佛的可能性的問題已經解決，因為不論是內因外緣都在心真如一路上已保住了，也就是說，正聞熏習的淨心種子就是心真如的本身，只是如此一來，以迷染為性的阿賴耶識概念勢必被改變。不過，這是走如來藏真心系統的路，若依原來走染污阿賴耶識之路，則是設計淨心種子以為後天所開發的成佛動力依據，它既不依染污阿賴耶識而有，因此有理論上是否必能受熏而做工夫的問題，這就是以上兩文中牟先生所質疑之處。筆者以為，理論的發展是一步一步的，唯識學本為說明現象如何而有而建立的系統，首先自然是說因無明染污而有，但又為說明成佛的過程，故有淨心種子的設計，但因前此已將阿賴耶識說為染污，難以更改，不得已只好將淨心種子的來源說為依外在聖教之聽聞而由清淨法界直接流出而得，如此，是否必然成佛的保證便來自於聖教所言之清淨法界是否必然熏習主體，而這正是《起信論》理論設計所面對的問題，起信論即直接將之收攝於內，故一心二門。所以，理論是逐步發展的，攝論並非不解決問題，而是受限系統不好更張太過，若澈底走清淨解性的如來藏之路者，便能解決此一問題，如起信論，就是將聖教的清淨法界直接設計在主體一心之中。然而，此事卻在當代中國佛教界引起爭執，支那內學院對於《楞伽經》與《起信論》如此設想如來藏識的意旨以轉變阿賴耶識的原初設計之作法提出反對意見，而牟先生則是支持如來藏概念的發展之路，但是，非常詭譎地，牟先生還是設想了一套奇怪的詮釋策略來說此事，其實目的仍在壓制如來藏思想的理論圓滿性，參見：
是故，雖依勝鬘經說五藏，而所說的卻是指「如來藏自性清淨理」而言，並非指「如來藏自性清淨心」而言。真心派並非不言如理，但如理與真心為一，故成以「如來藏自性清淨心」為主體之另一系統。世親如此言如來藏並非是錯，乃是因適應賴耶緣起而始如此言。如此言之，即成立一系統下之如來藏。若取分解之路，言如來藏要當以勝鬘經之「如來藏自性清淨心」為準。起信論即相應此「自性清淨心」而建立者。真諦亦向此路而趨。惟其以此解攝論則不諦。近時南京支那內學院歐陽竟無門下因宗奘傳之唯識，故力反起信論。呂秋逸又力言楞伽經之「如來藏藏識」為「如來藏名藏識」，阿賴耶藏識即如來藏，一識兩名，非有兩層。此則又將如來藏托降於阿賴耶識矣。此要非講如來藏之正宗。楞伽經亦未必是此意。楞伽經言「如來藏藏識為善不善因」，並未詳細分疏。然即就此語而言，「如來藏藏識」亦未必即是阿賴耶。蓋阿賴耶只是不善因，並非是善因。（善因起於正聞熏習，而正聞熏習是客）。然則把「如來藏藏識」解為生滅與不生滅和合之阿賴耶，如起信論之所說，豈定不通？而何況楞伽經亦言「如來藏識本性清淨」？縱使楞伽經詞語其義是呂逸秋之所解，而勝鬘經與起信論又何獨是邪說？只是兩個系統而已。而若就分解之路說，依理真心派實高於妄心派也。而無論真心派或妄心派，依天台宗之判教，皆屬別教，理未至圓。
本文重要的觀點就是在說如來藏識真如心的設計在理論上技高一籌，反對呂澂先生要回歸染性阿賴耶識的詮釋及批判進路。不過，文中提到「如來藏自性清淨理」及「如來藏自性清淨心」兩概念的區分，說清淨心指得是實踐的動力因在主體心內，能使心如理，就像宋儒心即理命題的意旨般，另清淨理的設計就是阿賴耶識之外的法界清淨本性，不內在阿賴耶識裏，是一超越但外在之理，如牟先生所詮釋的宋儒性即理的意旨，後者正配合漸教說。筆者以為，牟先生差不多就是要將宋儒程朱、陸王的分判架構照搬到佛教阿賴耶識系統和如來藏識系統裡來了。至於說真心妄心皆為分解說，故依天台為別而不圓之旨，這又是另外一大複雜，以後另外為文討論。
伍、真諦與阿摩羅識
牟先生對真諦譯《攝大乘論》中出現了第九識的阿摩羅識概念提出討論，以為這是清淨如來藏的系統，並認為此說有道理，但這並非唯識宗無著、世親兩人的原來立場，牟先生對此進行分析，筆者以為，討論牟先生意見的重點不在他的肯定或否定立場，而是他分析這個問題所建立的理論模型，這極似他在宋明儒學中討論程朱、陸王的模型，這樣的思路是否成立，筆者有意討論。首先，就真諦提出阿摩羅識的問題，牟先生的立場是肯定之但說其非唯識原意，參見其言：
真諦順攝論之以阿賴耶識為「界」而以如來藏自性清淨心說之，如是，遂說阿賴耶「以解為性」。此自不合攝論原義。于他處，凡到言「轉依」時，真諦則把此「轉依」拆為滅阿賴耶識證阿摩羅識，如是遂轉八識為九識。此於翻譯上亦是一種增益的譯解。于攝論，此種增益的譯解則見之于其譯世親之釋文。此兩種增益表面詞語雖不同，然可合流。此示真諦思路之一貫而始終與以阿賴耶為中心者有不同也。
依真諦，轉依為滅阿賴耶證阿摩羅，轉第八識為第九識，說第九識阿摩羅識就是以解為性的如來藏清淨心之呈顯，牟先生的意思就是這與唯識宗學派的立場不同，此事，筆者以為是理論的進步，並不一定要去說原來的唯識學理論有多麼地不足，不過，牟先生卻是建立了一套模型來說明這個差異使其成為兩套極不相同的系統，首先，牟先生深入討論了轉依還滅的生因就是阿摩羅識的觀點，這是因為，還滅的生因的問題是牟先生極為關切的理論重點，因為生因決定了還滅的有無必然性，參見其言：
讀者可將此譯文與真諦譯文對看。當然玄奘譯文其語法較為清晰而嚴整。此段譯文，如依真諦譯，問題只在：既譯「轉依」為阿摩羅識，則于阿摩羅識如何又能說其只「作聖道依因，不作生因」？阿摩羅識大體雖由還滅工夫所證顯者而言，然若此第九識不是始起，而是本有（若非本有則不得是常），又若此第九識即「是自性清淨心，但為客塵所汙，故名不淨」（見下十八空論），則它不但是聖道之依因（建立因或憑依因），而且亦即是其生因，一如虛妄阿賴耶不但是一切雜染法之所依，而且亦即是其因種。蓋既是自性清淨心，雖為客塵所染，亦自有一種能生聖道之力量。通過工夫而去客塵，此工夫只是助緣。塵染一去，其自身即是聖道之直接生因。而且即此去客塵之工夫，雖有賴于外緣之引起，而其本質的內因還是在此「自性清淨心」本身。若內部全無一種發自真常心之推動力，則全靠外力必是扶得東來西又倒，終不得大覺。若以「阿摩羅識—自性清淨心」為主體，以虛妄熏習為客塵，則明是真心派。既是真心派，不得復言此真心只「作聖道依因，不作生因」。攝抉擇分如此簡別，乃是因為以阿賴耶識為主體，以正聞熏習為自外來之客位之故。攝大乘論及成唯識論皆是此規模。玄奘譯為「轉依」，就此而言「但是聖道之建立因性，非生因性」，應知這乃是以妄心派為背景的。在妄心派，正聞熏習既是客，從「最清淨法界之等流」而生，則此虛述語之「轉依」字不是正聞熏習所類屬之聖道之「生因」。聖道從正聞「最清淨法界之等流（聖教）」而生，依世親之佛性論，即是從「依我法二空之真如空理而起加行」而生，（見上章），而此真如空理之自身並不生。故聖道亦不是由真如空理而生起。聖道但只憑依真如空理而生，並非以之為生因。此亦可說真如空理但是聖道之憑依因或建立因，而非其生因。但依真諦，阿摩羅識既是自性清淨心，真常心，它就是真如心，心真如，境智無差別：心與理一，智與如一。真如空理既與真心為一，而又從主名之曰心（真實心），則它即是聖道（無為功德法）之生因，非但「憑依因」而已也。（若「轉依」在妄心派背景下只為憑依因，非生因，則轉依中之聖道是否能成為無為無漏道亦成問題。）
以上就是牟先生討論成佛的生因問題，此處有兩個需要討論的問題，其一為成佛動力因的內在外在問題。其二為心與理之為一為二問題。首先，真諦既立第九識，則第九識自是主體，則應是本有，則其不應只是成聖道之憑依因，而應是成聖道之生因。說為憑依因，則似仍是以阿賴耶識為主體，憑依一外在真如空理，則阿賴耶主體之成佛主動性恐怕有所不足，因為它不是由內而發的自動勢力，只靠外力就會東來西倒，則成佛無必然性。真如之理必須是內在的，所以阿摩羅識必須即是主體，雖有染污阿賴耶識性在其中，但更有根本清淨如來藏理在領導，雖經客塵所染，但有內在的清淨動力生因，故經修行而最終成佛之事即有其必然性保證。其次，牟先生說依據原來的阿賴耶識系統的話，心與理為二，此心即指阿賴耶識，此理指聖教之正聞熏習，指我法二空之真如空理，則成聖道的結構成為「以染污為本質的阿賴耶識主體心」以「外在的真如空理」為憑依，經漸修歷程而成佛。但因清淨的真如空理畢竟在外，故成佛無內在的必然性。此心理為二之結構。至於以阿摩羅識為主體的結構中，則是心理為一。主體即心，阿摩羅識即是清淨真如，則心理為一。
以上，牟先生立成佛動力在內在外？及心理為一為二？的架構以分別第八識及第九識的功能之討論，十分有創意。但是，牟先生的話術還可以改進。主體是心，心是染污本質的，這是阿賴耶識系統，但另有聖教正聞熏習之清淨真如理在，能作為主體實踐工夫之所依，此時是憑依外在真如之理，故牟先生批為漸教不究竟。筆者以為，聖教清淨真如理絕不能只是空理，它必有作用，只是以誰為作用之主體？但是，假如它不被設想為在人存有者主體之內為其自性，則牟先生之批評有理，確實心理為二，因此唯識學之理論設計有所不足，而且說一切眾生皆有佛性這個理想就達不到了。至於心理為一者，以阿摩羅識為真心，清淨真如理內在於心，它自己即可作用，故成佛有必然保證，成佛之時，心理為一。未成佛前，心中有理但為客塵所染而不得其呈顯，故心理為一是境界論命題，心與理為二是存有論命題。
牟先生接著又以阿賴耶識系統再申論一次，並加入法化報三身的概念以說之：
又轉依是轉阿賴耶依而為法身依。「轉依」這個虛述語可只作聖道之建立因（憑依因），然其所轉到之「法身」卻是實體字。依攝論，正聞熏習種子，熏成後，雖亦存於阿賴耶識中，然其本性卻是法身（或解脫身）所攝屬，亦是法身之種子。所以到轉依後，由它所生的一切清淨法亦當攝屬于法身而且依止于法身。此實體字之法身能不能作為聖道法之生因？按理說，當該能。但在妄心系統中，這是不好說的。因為法身是所證顯而修至者，它是一個複合詞，它有真如理以支持之，卻並無真如心以支持之。真如理是本來如此，可說本有。但在妄心系統中，卻並無本有之真如心。因此，依真如空理而加行以至于證得法身，這開始由正聞熏習而來之加行以及數數加行中之一切清淨法不能說是由所證得之法身而生起，以法身為其生因，因為這樣變成循環論證。而且在加行中法身並未出現，何由得為加行中清淨法之生因？由法身而至報身化身，這是佛法身底如如作用（亦說受用），當然可說這些作用以法身為生因。但在行者，由正聞熏習而加行這一套卻不能說是以法身為生因。在此，似亦只可說佛法身是其憑依因，而非其生因。即，憑依佛法身可建立聖道法，而非以法身為生因，由之而生起聖道法。此亦如憑依真如空理而應得加行，但真如空理並不生起加行。又在妄心系統中，真如空理可說本有，但法身並不能說是本有。所以宗奘傳唯識者堅主「自性寂」，並不主「自性覺」。法身既證顯後，當然恒常不變。但「常」有是本有者，有不是本有者。普通說者常謂如非本有，而是始有，則成無常。其實這不必然。此中有詞語之歧義。眾生可不本有此法身，然不碍法身自身是常。眾生可不本有，而始有，這種無常是得不得之無常，而非法身自身因此而為無常。故唯識宗可主法身是常，而不碍亦主眾生非本有。非本有者正因本無真如心（真常心，自性覺）也。故不能說法身為聖道之生因。此雖不圓滿，然並非不可說。唯如此說，應有一定之後果。
依牟先生之意，成佛證法身固然是最終修行目標，但因阿賴耶識是妄心系統，故而法身之常就無所掛搭，法身非眾生本有，故而法身亦非聖道之正因，此因主體只是一妄心，非有真心，法身之真如理便缺一真如心內在地支持之。故而主體成聖這件事情並不是以法身為因而生起者。牟先生這樣的解讀甚為詭譎，但這樣的詭譎不能說不是唯識宗學派本身必須面對的質疑，這樣的解讀就真的是把真如理說成了空理，而與主體有所乖離，至於做工夫而成聖的過程，也因此全依外緣而無內在必然性的保證。這也顯示為了說明現象之有而建立的染污系統，在說明成聖問題上，確實有形上學系統的乖離問題，而走妄心派唯識學路線的印度唯識學及中國唯識宗學派以及當代支那內學院的唯識學者，似乎都仍一點不透，務必堅守舊說而不能翻新，但是，如來藏系華嚴經系佛性論者之諸經論，都在沒有犧牲阿賴耶識概念的觀念基礎上提出新說以解決新問題，這應該是佛學理論發展上的正確道路。
牟先生就對這一條路的理論結構又做了深入的說明：
若依真諦，此法身即是如來藏自性清淨心。在纏名如來藏，出纏名法身。它既是自性清淨心，它自本具無量無漏功德，因而亦自能為功德法之生因。通過加行工夫，只把它連同其本具之功德法顯現出來而已。此亦可說即工夫即本體。而同時即此加行亦以此自性清淨心之解性（亦就是本覺性）為內在的主要動力，並非完全自聞熏習決定或引起也。此亦可說即本體即工夫。如此，則法身不但是常，而且亦是本有，它自可為一切聖道之生因。是以真諦譯世親之釋攝論云：「由本識功能漸減，聞熏習等次第漸增，捨凡夫依，作聖人依。聖人依者，聞熏習與解性和合。以此為依，一切聖道皆依此生。」（見上章第二節）。「凡夫依」者，即阿賴耶。「聖人依」者即法身。「聞熏習與解性和合」即與「自性清淨心—出纏之賴耶覺性」和合，和合而顯法身，而且即此解性即是法身。聞熏習與之和合即融聞熏習于解性，即工夫便是本體，而同時亦即本體便是工夫。故云「以此為依，一切聖道皆依此生」。既「皆依此生」，如何不為聖道之生因？真諦譯瑜伽系之論典，而又依真心派之思路，益之以真心系之義理，故顯出刺謬也。
牟先生在撰寫《佛性與般若》之前已經完成了《心體與性體》，後者在牟先生的研究下一套說「即本體即工夫」、「即工夫即本體」的思維結構已經形成，此時對走向真如心的如來藏識系統在成佛的可能性及動力性的問題的討論，完全是他說宋明儒學的同一套說法。筆者並不反對這樣的說法。雖然《攝論》譯作早於宋明儒學遠甚，但筆者亦不主張宋儒抄襲佛學，只能說本體工夫的理論模式是此心同此理同而已，因為這也是與孟子性善論的擴而充之同一路的本體工夫。至於大乘佛教的真心系統走上此路，可以說是理論上百轉千迴而走出的道路，不必談誰學誰的問題。
本文中，牟先生還是在強調真諦之譯是走真心系統，但《攝論》本是妄心類型，故所提出之第九識之說法，難與《攝論》文旨相符。所以牟先生說：
故言阿摩羅識不如言「自性清淨心」也。言阿摩羅識，立九識義，是到起信論之過渡，一時之方便之言。
確實如此，以如來藏識含阿賴耶識的功能，即可解決成佛的可能性及動力因的重大問題，故而還是八識而無須為第九識。此一系統的出現，終於讓牟先生放心地比較於儒學的義理，許多在《心體與性體》的專有術語都出現了。參見：
案此唯一阿摩羅識是「境智無差別」，「非心非境」，（無所得），亦可曰「非智非境」。「非智」者無智相。智而無智相，始可曰真智，此名「如如智」。「非境」者無境相。境而無境相，始可曰實性境，此名「如如境」。「無差別」者，非境之境即是智，非智之智即是境，混而為一，只是一真常心朗現也。此心無心相，故名真如心，心真如，此即是真實性，亦名法身。從唯亂識起，到唯真心止，空如之理始終從主體說也。此與妄心派之境智分能所而作差別說者異矣。要者是在妄心派以阿賴耶為主，而以正聞熏習為客，真如境始終是在正聞熏習所成之出世淨心之仰企中，亦在其所緣中，因此，始終是在對列之局中（一如朱子），而未能以真心為提綱，融真如理于真心中，而為一實踐存有論之真心系統也。流轉還滅兩來往即函一佛家式的實踐的存有論。而此存有論之完成是在唯真心之縱貫系統下始完成，雖不是終極的圓實的完成。（依天台判教，此是別教。至天台部詳明。）心理為一即是縱貫系統。心理為一的真如有內熏力，能生無漏功德法，所謂「性起」，即是縱貫系統。（在生死流轉方面只是緣起）。此與妄心派言真如理不生起，既不能熏，亦不受熏，賢守所謂「凝然真如」者，異矣。真諦是向此而趨，但又依附瑜伽系論典而寄意，故處處雖顯特色，亦顯刺謬也。此前期唯識學，真諦所傳者，當然使無著世親之唯識學面目不清，故有玄奘之發憤西遊也。
本文開始講一些非智非境的話，這就只能是在境界論狀態中說的。講真如心名法身，是把主體的本性與主體的境界混為一說了。講空如之理從主體，是要說主體心能收理而如理。這就是真心系統，因此是一套佛家式的存有論，是縱貫系統。至於妄心系統，則有主客分立，心理不能融合為一。文中有說性起及緣起兩概念，緣起說生死流轉，則性起是能說還滅的。前者是本體宇宙論，後者是工夫境界論。文中說此真心系統尚不是圓教而是別教，這又是另一議題，這一部分筆者不甚同意。其餘部分筆者都能同意牟先生之說。這就是牟先生藉儒學討論的架構在處理佛學詮釋的問題，但畢竟，牟先生還是儒家派，始終是要批判否定佛教的，就在批判否定的過程中，不免有曲解之時，因此不能免於曲折詭譎之詮釋，圓不圓的問題即是他的曲折詭譎之一，此待它文再深入。
牟先生支持真心系統，也支持真諦譯作之路，因此對於當代中國佛教支那內學院重返印度唯識立場並批評真諦路線的意見便不能接受。其言：
案此亦如華嚴經所說「心佛與眾生是三無差別」。但此一籠統地說的如來藏我，清淨法界，在無著心目中不必能凸出以「如來藏自性清淨心」為中心的真心系統，故到其自造攝論仍明確地歸于妄心系統。即彌勒本人說此等偈亦不必真能自覺地成一真心系統，故于述求品第十二之一及二仍是說阿黎耶自界以及三性之唯識學之規模。但此規模若以「如來藏自性清淨心」為主綱，依真諦之思路去理解，則便成真心系統。阿黎耶以及三性並非不可講，唯須套于「真心為主虛妄是客」之系統去說。但依無著之思路去理解，則成妄心系統。在此系統中，如來藏我，清淨法界亦非不可講，但卻套于「妄心是主正聞是客」之系統中說之。但在彌勒頌中明說「自性清淨心」，明說「一切無別故(眾生諸佛等無差別)，得如清淨故(得清淨如以為自性)，故說諸眾生名為如來藏」。既如此，而「自性清淨心」卻不得成為主體，豈得為的當乎？豈是此「清淨如」只是一理佛性，而不是一覺佛性乎？豈是于諸眾生只可說「自性寂」，而不可說「自性覺」乎？豈是自性清淨心，既是清淨心而不可說「本覺」義乎？若無本覺義，說諸眾生同一「佛體」，是如來藏，有何義用乎？說「自性清淨故寂靜，客塵煩惱故不寂靜」，有何意義乎？是故依此等名言，向真心系統走，乃名正言順者。後來無著世親歸于妄心系統不得不謂之歧出。彼等作論釋彌勒頌，乃只是順語作解，自性清淨心實未能進入于心中以為領導原則也。故如來藏我，清淨法界，乃成籠統之詞語，人皆可說，而可左右講者。實則如來藏自性清淨心不染而染，乃本于勝鬘經，本有其明確的規模（空如來藏不空如來藏，既為生死依，復為涅槃依），焉可作左右講？又焉可作簡擇，偏取某一義，如世親佛性論之所說？是則彌勒開端，無著世親不得謂之為善紹（至少亦不是唯一的紹述），真諦之紹述亦不得謂其為無根也。
上文中牟先生的立場表現得更為明白了，以彌勒頌為源頭，無著世親只是一個路向，是妄心系；真諦譯作及《楞伽經》、《起信論》是另一個路向，是真心系。牟先生甚至認為真心系更是善紹彌勒頌的發展，唯識妄心系並非善解。
在這一段文字中，真心系可以講心佛眾生三無差別，可以講如來藏自性清淨心，可以講本覺，可以講自性覺，其實就是《起信論》走的路。
六、攝論與成唯識論
牟先生於唯識學部分的最後一章討論的是《成唯識論》，首先再度定位了他自己的立場，主張彌勒頌雖有自性清淨心概念，卻尚未能建立整套的理論系統：
吾人既已由真諦所傳的唯識學見到可開出真心為主與妄心為主的兩系。彌勒的辯中邊頌及大乘莊嚴經頌雖都有「自性清淨心」義，然未能自覺地明確地建立以「如來藏自性清淨心」為主的真心系統。無著世親繼之而前進，卻自覺地明確地建立成以阿賴耶為主的妄心系統。真諦是向真心系統走，其以真心系統解辯中邊頌及論尚可相應，但以之解攝論則不想應。此皆如前所說。此既釐清，現在再進而略論妄心派的「賴耶緣起」之大體規模。
牟先生對《成唯識論》的系統作了許多的分析，最後關於整個唯識學系統又提出了一些總結的看法。參見其言：
攝論的一種七現與成唯識論的八識現行所成的這一「妄心為主正聞熏習是客」的賴耶緣起系統，從其以妄心（虛妄的異熟識）為主這一方面說，它積極地展示了「生死流轉」這一面；從其以正聞熏習為客這一方面說，它消極地說明了「涅槃還滅」這一面之經驗的可能。從其展示「生死流轉」一面說，依其中的遍計執性與染依他，它可含有一現象界的存有論，即執的存有論。此一存有論，我們處於今日可依康德的對於知性作的超越的分解來補充之或積極完成之。所謂補充之，是說原有的賴耶緣起是不向這方面用心的，雖然它有可以引至這方面的因素，如「計執」這一普遍的底子以及「不相應行法」這一些獨特的概念便是。所謂積極完成之，是說只有依著康德的思路，我們始可把這「執的存有論」充分地作出來。假定賴耶緣起是一深度心理的分析，我們可在此深度心理分析的底據上凸出康德式的「知性之超越的分解」，以此來完成執的存有論，即對於經驗現象底存在性作一認識論的先驗決定。
首先，說《成唯識論》的八識現行之賴耶緣起系統，說其積極展示了生死流轉的一面，依筆者的術語系統，這就是說第八識之現行便是展現了現象世界，而這也正是本體宇宙論的功能。至於涅槃還滅的部分阿賴耶識只是消極地展現，這是說牟先生認為這個系統在這個問題的處理不夠徹底，依筆者的話術就是，工夫境界論的功能不能究竟其事。
此處，還有一對理論模型被提出來，即現象界的存有論。其實，既是生死流轉就是宇宙論就是說現象的，牟先生的概念約定是很準確的。但這裡還有存有論之執的存有論及無執的存有論之別異，而阿賴耶識系統的存有論是執的存有論，這就是對經驗現象作分析的理論。所以說現象的有阿賴耶識的《成唯識論》系統有一執的存有論的建立，此說依據牟先生自己的術語約定意旨，則筆者是完全同意的。
以上說的本體宇宙論問題的解決，至於工夫境界論的問題，牟先生言：
可是在「涅槃還滅」方面，因為這一系統主張正聞熏習是客，即，是經驗的，這便使「涅槃還滅」無必然可能底超越根據。成佛底可能是靠著正聞熏習所熏得的種性（或種姓）；而得什麼種姓，這全無定準的，即使可得一成佛的種姓，亦是偶然的，不能保其必然，亦不能保一切眾生皆可得，因此，此一系統必主「三乘究竟」。這還是就經驗地可向「還滅」這一方向走而籠統地概略地如此說。若「還滅」只依靠於經驗的熏習，則是否能終於走向「還滅」一路亦成問題。因為正聞熏習是靠「聞他言音」而成，而聞到聞不到，這是全無定準的。就此而言，連三乘究竟亦不可得而必。
在涅槃還滅中可有清淨依他底呈現，此即函有一「無執的存有論」。但因為成佛無必然可能底超越根據，故此無執的存有論亦不能積極被建立。因為此無執的存有論是靠一無限心之呈現才是可能的。而此一系統，因為「正聞熏習是客」故，正不能有真常的無限心之呈現，因為，無執的存有論不能徹底地被完成，亦不能超越地被證成。
說還滅就是要證入涅槃，這也就是工夫境界論的議題。牟先生以為光靠後天經驗的熏習是沒有必然性的保證的，此外，談工夫境界論時，必須有清淨心的作用與完成，如此即得有一無執的存有論之出現，但因沒有必然的超越根據，所以無執的存有論也不能被成功地建立。就大綱領而言，筆者並不反對牟先生的意見。唯其中的概念義涵，仍可再為釐清。所謂無執的存有論，其實是牟先生將工夫境界論與本體宇宙論混在一起講的結果。所謂存有論就是談本體宇宙論的問題即可。說談現象界的宇宙論是「執的存有論」，因為它緊抓現象而為解析，這樣的定義筆者亦無需反對。但是以涅槃還滅說「無執的存有論」則絕對就是在談主體的境界的問題，境界中有對現象、對價值的智的直覺的掌握，但不受經驗現象的束縛，故曰無執，因此，這不是存有論的問題，而是工夫境界論的問題，這是牟先生過於氾濫地使用存有論一詞所致。但這並不妨礙牟先生可以以之對系統型態同異作優劣的判斷，只是，說《成唯識論》系統不能證成及完成無執的存有論，不如說成唯識論系統不能證成及完成工夫境界論。雖然依後天經驗漸修而上亦有成佛的可能，但是經驗不必然，故而成佛不必然。這是需要建立真常心才能確定的。此義又見：
無限心，就佛家說，就是如來藏自性清淨心──真常心。此一概念是就「如來藏恒沙佛法佛性」而說的。依天台宗，達到「如來藏恒沙佛法佛性」，始可進入「無量四諦」，即無量法門也。而無量法門是靠無限心來提挈來保證的。如無無限心，便不能積極地肯定無量法門。既是「恒沙佛法佛性」，則佛性必具有無量法門，而佛性即無限心也。有了作為佛性的無限心，成佛始有必然的根據，始可說「一乘究竟」，而同時亦保證了「無執的存有論」之可能。無量四諦，不但是無量滅諦，無量道諦，而且苦集諦亦是無量苦，無量集。成佛必就無量數的苦集滅道而成佛。以阿賴耶識為中心，執持「正聞熏習是客」者，不但不能證成無量滅、道，且亦不能證成無量苦、集。因為於阿賴耶識，我們只能說其無始以來就有，而不能積極地肯定它究是無限，抑是有限。我們不想肯定它有限，（因為佛不能有限故），但是卻想肯定它無限。只有「如來藏恒沙佛法佛性」始能保住它的無限。如來藏自性清淨心，無論在迷在悟，俱有無量法門。而無量法門，無論在染在淨，在執與無執，俱是「恒沙佛法佛性」之所具；在染，成立執的存有論，現象界的存有論；在淨，成立無執的存有論，本體界（智思界）的存有論。執的存有論所涉及的現象究是有限抑是無限，阿賴耶識自身不能決定，因此，執的存有論自身亦不能決定。這是靠恒沙佛法佛性才能決定的。
建立真常心始能就無量數的苦集滅道而成佛，這是牟先生對成佛的一個特別的思路，即無限量的成佛經歷一概念者。這個概念將會是後來被牟先生用來說華嚴天臺別異的一個重要關鍵，即成佛之究竟性問題，以牟先生的話語系統，即是無執的存有論之是否究竟的問題。總之，賴耶緣起的唯識系統，必須轉化至如來藏緣起的《起信論》系統。
七、結論
本文之作是筆者討論牟宗三先生談佛學的系列之一，重點在對唯識學部的討論意見之反思。大體而言，筆者認同牟先生對唯識學理論的批評意見，只有對他的一些術語使用認為仍有待釐清，總之，阿賴耶遺留的工夫境界論問題勢必要由真常心的《起信論》之後的系統來完成。此則另待它文討論。