在阿底峽尊者所說的菩提道次第上師傳承中，有廣行和深觀兩派承傳。而廣行派傳承中，又分說出廣行承傳，與偉大行兩派傳承。此中的偉大行派傳承諸師的歷史，將在後面下文中述說。此間述說「深觀」派傳承諸師的歷史如下：
由正等正覺釋迦佛世尊傳至尊妙吉祥（梵語「文殊」的美稱），次傳聖龍樹等次第傳出的師承，說名為深觀派傳承。這在讚頌中說：「無比導師釋迦等。」所讚的導師釋迦牟尼的歷史，已在上文說畢。
讚頌次句說：「佛智普集妙吉祥。」
這樣讚說至尊妙吉祥（藏語蔣悲揚，梵語文殊，義為妙吉祥或妙音）的身語意功德，是不可思議讚說不完的。只以身功德一種來說，十方一切諸佛以無礙語音，不斷地經無邊劫來讚說也讚說不完；遍虛空界一切有情任作若干讚說，更不能讚說其少分功德。又如宗喀巴大師所作頌中說：「無邊福資因所生，殊勝尊身妙莊嚴，盡虛空界無邊剎，諸眾生中如幻現。此剎生已他剎中，復現證悟菩提身，如是妙身虛空剎，眾生成佛亦難讚。」雖是這般難說難讚，但是為了便利於修行菩提道次第的人們，在向至尊妙吉祥作祈禱時，思念其功德而生敬信起見，在這裡略說少分如下：
至尊妙吉祥於往昔生中發心的情況，是於過去無數百千恒河沙劫前，善生世界中雷音王佛出現之時，至尊妙吉祥生為彼世界中的轉輪王名虛空，同其王妃、太子、親眷等以無他業染、本來清淨的心，承事供養雷音王佛，及其聲聞眾、菩薩眷屬等，直至八萬四千年之久。正在想以此善根迴向成為帝釋、或梵天、或聲緣等何種為佳時，聽得空中有很多天神齊聲唱言：「大王，請勿發如是心！請發無上圓滿菩提心吧！」
經這般勸請發心後，於是虛空王率同圍繞他的一百萬零八十俱胝那由他數的生靈來到雷音王佛前，啟問如來往昔成佛因緣道：「世尊先發如何心，圓滿菩提始生起，從何得證彼智慧，此義啟請明示我，我亦願如佛世尊，發起如佛殊勝心。」
雷音王佛答道：「一切諸法如其因，要在發願之根本，由彼所發何種願，如其所願得成果。大王我亦於往昔，曾發圓滿菩提心，為利一切有情故，我發正願願成佛。如我所發如是願，我已證得如是果，圓滿菩提我證得，以此圓滿我心願。大王汝應心堅決，此心不變發菩提，若能行彼菩提行，汝亦當成正等覺。」
經這樣的勸請發心時，於是轉輪王虛空祈請十方一切諸佛作證，於雷音王佛前，以極猛利的心力，作這樣的發心和宏願道：
「輪迴無盡中，何時有終始，彼時為利眾，當行無量行。
今於世尊前，我發菩提心，眾生是親客，當解其貧乏。
從今至以後，我若生貪心，則欺十方中，所住諸如來。
從今至以後，直至證菩提，瞋心及害意，嫉慳決不作。
梵行我當行，惡念盡捨棄，嚴持戒律儀，隨學佛世尊。
菩提我勤行，一心願成佛，至終一有情，未度我當度。
無量不思議，佛剎當淨習，十方諸剎中，皆得聞我名。
自我作記別，成佛定無疑，我之增上心，所攝諸士夫。
身語諸業因，我皆為淨治，並為淨意業，不作不善行。」
薄伽梵作證！我所發願：
「我從千萬億俱胝那由他無數大劫以來，所有一切諸佛世尊以清淨無礙眼觀察，何時不見我於十方無量無邊世界中，正入菩提，莊嚴菩提心，以及正行布施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧等波羅蜜，及由我勸導，由我宣化時，彼時我絕不現證無上正等正覺圓滿菩提。我願以清淨無礙佛眼觀察十方中，何時不見有一有情不是如你如來這樣時（言眾生都已成佛），我始現證無上正等正覺圓滿菩提。」
他作了這樣發心和宏願。於是至尊文殊復令無數生靈在雷音王佛前，發心願修行布施等六度以成熟身心，直至成佛後，轉正法輪。除一佛住世外，其餘諸佛皆入涅槃。所謂一佛，是說從此世界下方四萬四千由旬經過所有恒河沙數世界，有一世界名「地界」，其中有如來現仍住世，名「地尊」。
又至尊文殊菩薩廣說正法，成為法幢時，令我們的釋迦佛世尊等賢劫千佛，皆發菩提心。他曾作諸佛的善知識，這在《入中論本釋》中有這樣的解釋說：「做師長的特別事業者：是說至尊文殊成菩薩時，令如來釋迦牟尼，及其他一切諸佛如來，都於最初開始發菩提心。」又至尊文殊以最大善巧方便，令他者發菩提心、成佛、轉法輪的佛，是難以數計，只說其名，經劫也說不完的。被至尊文殊引入菩提而成佛的諸佛，為表示對文殊菩薩報恩，所供獻的傘蓋等，可以遍滿三千大千世界。
又有一次，文殊菩薩變化的家主，在釋迦佛世尊前，以食盛滿缽中供佛時，至尊文殊啟白道：「世尊受用這樣食品供養，是曾經做過而未得酬的了。」以此佛前其他侍眾正想文殊在何處對佛世尊做過饒益時，佛缽忽然向下方飛去，越過七十二所有恒河沙數世界，佛命舍利弗、目犍連等弟子去尋缽，尋遍十二萬世界中，不得佛缽。佛命文殊尋缽，文殊於座中，伸出其手，捧缽而供。說到至尊文殊對釋迦世尊曾做饒益的事實：是往昔無能勝幢如來出現於世時，至尊文殊是比丘名智王。他正捧持著盛滿飲食品的缽，我們的釋迦世尊那時是童子名無垢臂，來乞缽中食，比丘智王賜食後，領他到無能勝幢如來前，令其皈依，發菩提心。以此對佛世尊曾做饒益。
又未生怨王殺其父影勝王（或稱瓶沙王）、嗾象害佛、斷男女僧眾的生活、威逼女阿羅漢劫毗羅賢女作他的妃子等極惡大罪。他生起追悔後，求釋迦佛世尊，解除他的罪惡和悲傷。
佛世尊對他說：「除文殊菩薩外，他者誰也不能消除你的悲傷和疑慮。」因此，未生怨王想迎請文殊菩薩及迦葉尊者到王舍城中。
他問舍利弗道：「聖文殊有多少侍從？」
答說：「有五百人。」於是他請聖文殊明日赴午宴，文殊允如所請。聖文殊於當天黃昏時分，前往東方宣德如來前，接引來八萬二千菩薩大眾來到贍洲中，黃昏、中夜、黎明三段時間中，文殊都為菩薩侍眾說法。
到中午文殊領菩薩侍眾八萬二千人，迦葉尊者領侍眾五百人來到王舍城的時候，由於大大超過了未生怨王所預備的千份宴饌，以此未生怨王大生畏縮。
藥叉鳩毗羅立即現身指示他說：「大王，勿焦！聖文殊有善巧方便，以此一份食也可滿足一切來者受用。」這樣說後他才心安下去。到午宴時，不見前來的侍眾持有食缽，問宴饌盛在哪裡？
文殊說：「我的這些侍眾，到進餐時，食缽自然會從各自的剎土飛來。」
剛一說完，所有侍眾的手中，都已有了食缽；進食畢，食缽復向空中飛去。未生怨王所預辦的飲食，一點也不嫌少。因此，大眾都嘆為稀有！於是聖文殊對未生怨王開示說：「你觀察一下罪惡和悲傷的自性，是如何而有的吧！」
說了這樣種種勝義法門，由此未生怨王消除了他的悲傷和疑慮。他為酬功德供獻文殊一件寶衣時，不見文殊，大生焦憂！頓聞空中有聲傳言：「有誰在就供誰吧！」他於是以衣供迦葉等人，而迦葉復不見；最後，連他自己也不見了。以此他斷離了我想的分別，而住入空性三摩地中，從空性定中起後，方真實看見聖文殊等眾。
又有五位往昔曾做無間罪業，還有一些餘業存在的當中，緣念觀行的菩薩。至尊文殊菩薩為使他們斷離所緣起見，聖文殊用他右手所持的劍，指示他們說：「薄伽梵就在那裡，跑去吧！薄伽梵對我緣是已殺滅了的。」以此緣念觀行的五菩薩也殺滅我緣，而證悟無我，通達一切法如幻。他們稱讚聖文殊是最善巧方便大菩薩等語已，而騰身虛空說道：「諸法如幻，全由分別而生起，決無實有，一切法皆是空。」
又聖文殊從空性義出發而說：「心亦不在內，亦不在外，亦不在中。以此彼無任何解脫，亦無所得，亦無現證。」
有很多比丘聽得這樣法語，也就獲得解脫；也有一部分比丘對於這種教義，不起敬信，而認為「如果無任何解脫」的話，那麼我們修行正法，有何意義呢？都說：「走吧！」不悅而去了。
這樣一來，聖文殊為了調伏他們，於是變化出一位比丘而出發，在路途中和那些比丘相遇。比丘們問他道：「比丘你往何處去？」變化的比丘答說：「我對文殊所說的法，不起信解而走開了。」諸比丘說：「我們也是對文殊所說法，不起信解而走的。」
變化比丘說：「你們對文殊所說何種法語，不起信呢？」答道：「對所說『亦無解脫，亦無所得』不起信解。」變化比丘說：「那麼，你們的通達與解脫，是方的、圓的、長方的……形式呢？還是白色等色彩呢？還是在內或在外等處呢？你們觀察吧！」諸比丘尋覓立名義不可得。因此，變化比丘說：「這樣思惟後，看來文殊所說『亦無解脫，亦無所得，亦無現證』是對的了！」以此諸比丘心得解脫，而復返回聖文殊前，作圓滿的承事供養。如此等類，文殊菩薩由善巧方便之門，做出了利益無量眾生的事業。
又有一次聖文殊在勝光王（即波斯匿王）王妃山林叢中修夏，可是他來到了祇園中。以此比丘迦葉心中不悅，為了驅逐文殊，他擊起犍槌的時候，看見十方一切剎中，都遍滿了文殊。
佛世尊對迦葉說道：「在這無數的文殊中，你想逐哪一文殊呢？」因此，迦葉心生慚愧，想丟下犍槌，但是放不下來，槌聲仍不斷地發出。他只好在文殊前求寬恕，才放下了犍槌。
又有一次聖富樓那（義為滿慈子）見裸形外道說實話仙人等，他認為堪為見諦器，而向他們說法，可是人家不願聽，無法調伏，只好放下時，傳說後來由聖文殊變化分出五百文殊，才將這些外道調伏下去。
那麼，現在聖文殊仍是菩薩，或早已成佛呢？這位聖尊他於往昔龍種尊勝如來時成佛的。有一些經中說他是在龍種明燈佛時成佛的。又聖文殊向須菩提說：「我雖然是正等正覺圓滿佛陀，但非作流已斷。」等原因。
在《妙吉祥剎土莊嚴經》中說：「此是如來已圓滿十力；此是菩薩已圓滿十地；此是佛位已證圓滿。」等語，是說有很多的示現。就這樣他雖是早已成佛，在「無塵淨積」剎土中示現成佛事業，號「普照如來」。這一剎土，出現於南方，這剎土能容納入整個贍部洲於其中，面積相等於多數的恒河沙數剎土那樣寬廣，高齊有頂天界，地基為諸寶所成。這一剎土中，全無無暇，及苦、不善、過失等名聲，出生的各種聲音，都是法音。
所有其他佛剎器世間所有功德，這剎土無不全備。這剎土的當中，有一菩提樹面積寬廣等於十倍三千大千世界，樹根處有八大獅子所托寶座，上有普照如來身如紫磨金色，結跏趺坐，右手作施救印，左手作等持印，身量八萬四千由旬。
在這剎土中的所有化眾，想見佛時，坐在座上的佛，也就能立即現在自己的面前。他們不必求法，所有法義，都能領會，而已成為善巧。這一剎土中，無聲聞、緣覺、婦女等眾；非從胎生；無瞋恨、兇頑、罪惡覆藏等，全是梵行表態，虛空中跏趺而坐。都是化生，身量四萬二千由旬；全是菩提薩埵，具足五種神通。
想受用飲食時，右手中自然而來食缽，滿盛有妙味飲食；並且不是由自取而供於他，而是由想念以神通變化出來，供於十方諸佛及其侍眷等，同時使貧乏受苦眾生，及餓鬼諸眾，皆得飽滿，皆來到自剎中，而做受用。其他衣服等受用，也都如前做法一樣。
以此，念誦聖文殊的名稱的功德，比較念誦其他一切諸佛名稱的功德為大，念誦普照如來名稱的功德，更是大得多了。《剎土莊嚴經》中說：「諸善男子，誰能多念文殊童子名稱，所生功德，比較念誦千百萬俱胝那由他數一切諸佛名稱的福德大得多。那麼，念誦薄伽梵普照如來名稱的福德之大，更不必說了。
為什麼這樣說呢？因為文殊童子一一劫中，所作饒益一切眾生的事業，千百萬俱胝那由他「數一切諸佛都沒有做到。」那麼極樂世界與普照佛剎，二者中以何為超勝呢？極樂世界的功德，好比是以髮端從大海中取出的一滴水，而普照佛剎的功德，則如盡大海所有的水量。這樣說來能如普照佛剎的其他佛剎，有沒有呢？具足宏願，顯現聖超的普照如來佛剎與常具普光功德海王佛的佛剎，二者的功德是沒有差別的。此外如普照佛剎那樣佛土，還有光髻菩薩，及慧師菩薩、諸根寂靜菩薩、智願菩薩等菩薩成佛的佛剎。
因此，八萬四千菩薩也都發願成就如聖文殊那樣的佛剎。此諸菩薩中，已有十六位菩薩成就如聖文殊那樣的佛剎，其餘諸菩薩雖未成就如聖文殊那樣的佛剎，但都成就了如極樂世界那樣的佛剎。那麼，極樂世界的應化有情，和普照佛剎的應化諸眾，有怎樣的差別呢？是有差別的。極樂世界中有聲聞眾，而普照佛剎中盡是修積清淨圓滿度化事業的大菩薩眾以圍繞，而無聲聞眾。極樂世界中應化有情的數量，如果以普照佛剎中的應化諸眾數量比較來說，極樂世界中的數量只等於一倉芝麻中的一粒芝麻，而普照佛剎中，化眾的數量，則是全倉芝麻總共有的數量了。
發願往生普照佛剎中，也就算是發願往生一切報身及化身剎土中，而且以文殊菩薩及普照佛作為本尊，以此也就算是以一切顯密聖眾作為本尊了。往生這一佛剎的主因，則是心中常思這一剎土的功德，及發菩提心，學修所有六度中明示的一切分別，念誦文殊菩薩及普照佛的名稱，和明咒、建造文殊菩薩及普照佛像，誦問文殊菩薩及普照佛的經教等。
以此意樂修行菩提道次第的人們，應當思念至尊文殊的身語意諸功德，生起極大敬信來虔誠祈禱為最要！總說起來，對於菩提道次第當意樂求知，及對於生起特殊的定解來說，是必須增長辨諸法性智的；特別是對於獲得甚深中觀見來說，更必須有極明顯銳利的妙觀察智。要生起這一智慧，那就必須在上師與本尊文殊菩薩無二無別之前，長久時間中，做猛利祈禱，令心中得到加持。這是至尊怙主文殊對宗喀巴大師親授的教授。以此我們應當至誠向至尊文殊祈禱求加持，勤奮修行菩提道次第。