Khái niệm trung tâm của vật lý từ xưa đến nay là Vật chất. Trong vật lý cổ điển, Vật chất là những hạt cứng chắc bất hoại. Trong vật lý nguyên tử, người ta thấy nó dường như là một cơ cấu trống rỗng với hạt nhân và những electron tí hon. Robert Oppenheimer (1904-1967), nhà vật lý xuất sắc người Mỹ, từng viết về hạt electron: Khi ta hỏi, liệu electron vẫn giữ nguyên vị trí hay không? ta phải trả lởi là "không"; Khi ta hỏi, liệu vị trí electron có thay đổi theo thời gian không? ta phải trả lời là "không"; Khi ta hỏi liệu electron nằm yên? ta phải trả lời là "không"; Khi ta hỏi liệu nó đang vận động? ta phải trả lời là "không". Oppenheimer nói thế vì mỗi lần con người quan sát electron, ta lại thấy hạt, nhưng không thể biết trước đó nó ở đâu và sau đó nó ở đâu, nên chỉ có thể cho nó một tính chất xác suất. Và trong nền vật lý hạ nguyên tử, người ta thấy Vật chất gồm các hạt hoán chuyển được với nhau và có thể biến thành Năng lượng.
Vật lý hiện đại xem Khối lượng là một dạng của Năng lượng, xem một Vật chất nằm im thật ra là Năng lượng đang hội tụ, xem Vật thể như là một "Hiện tượng", cách nhìn đó rất phù hợp với quan điểm của Duy thức Phật giáo. Vật lý không chấp nhận hình ảnh một “Thượng đế toàn năng”, nhưng với Duy thức, vật lý gặp một khái niệm tương tự, đó là Thức. Thức biến hiện ra mọi thứ, sinh ra thực tại vật lý lẫn toàn bộ tâm lý. Nhưng Thức khác với Thượng đế ở chỗ: nó vô ngã, nó vận hành vô chủ.
Theo Duy thức, Thức thứ 8: A-lại-da thức là nơi tàng trữ tất cả tập khí, kinh nghiệm, khả năng, mong ước, tư duy... trong dạng hạt giống, chủng tử. Những chủng tử khi đủ điều kiện thì sẽ hiện hành, như những hạt mầm đủ hơi ẩm, ánh sáng sẽ đâm chồi nẩy lộc. Đặc biệt, A-lại-da thức không thẩm định mọi chủng tử đó, nó không đánh giá chủng tử là tốt hay xấu, lành hay dữ, gây an vui hay đau khổ cho người mang nó. Thậm chí về sau, khi giác ngộ, Thức này biến thành Trí thì trí này cũng chỉ là "Đại viên cảnh trí", là tấm gương tròn đầy chiếu sáng mọi sự, không phân biệt. Sự thẩm định về tốt xấu, hay dở, thiện ác là nhiệm vụ của Thức thứ 7 (Mạt na thức) và Thức thứ 6 (Ý thức).
Tất cả mọi kinh nghiệm của con người trong cuộc sống được lưu giữ trong A-lại-da thức như những hạt giống và những hạt giống đó sẽ nẩy mầm khi đủ điều kiện. Mỗi hoạt động trong đời sống của chúng ta, đều để lại chủng tử trong A-lại-da thức. Tất cả các biến cố đó dù là: năng lực, tư duy, thói quen, hành động, yêu thương, thù hận, xúc cảm, ức chế vv… cũng thế. Nói chung là toàn bộ đời sống trên ba bình diện: Thân (hành động) - Khẩu (lời nói) – Ý (suy nghĩ) đều để lại dấu vết trong A-lại-da thức. Một khi chúng để lại chủng tử thì cá thể sẽ giải đáp, sẽ "thanh lý" chúng bằng cách sống thực, nếm trải thực, chứng nghiệm những dấu vết đó khi có đủ nhân duyên và do đó chiêu cảm những hoàn cảnh nhất định đến với mình.
Vì thế, kẻ giết người sẽ bị giết lại, kẻ dối trá sẽ bị lừa đảo, kẻ ích kỷ sẽ bị cô đơn, kẻ bủn xỉn sẽ bị nghèo khổ, kẻ ham học sẽ được sáng dạ, kẻ hay giúp sẽ gặp người ơn, kẻ yêu nhau sẽ gặp lại nhau để chung sống, kẻ ghét nhau cũng sẽ gặp lại nhau vì còn nợ nần nhau, kẻ thù nhau cũng gặp lại nhau để báo oán… Những hoàn cảnh đó xuất hiện một cách "tự động", không cần ai xem xét và dàn xếp. Chúng đều là những sự trình hiện của Thức cho từng cá thể và cơ chế cộng nghiệp sẽ đem những cá thể có liên hệ với nhau lại gần nhau, trong đó nhiều thế giới cùng lồng vào nhau không hề ngăn ngại. Trong sự tác động này của Nghiệp, điều bí nhiệm nhất là mối quan hệ giữa cộng nghiệp (nghiệp chung của một nhóm người) và biệt nghiệp (nghiệp riêng của mỗi cá thể). Chúng đan kết vào nhau vô ngại, biến hóa thiên hình vạn trạng và tạo cho ta có cảm tưởng như chỉ có một thế giới duy nhất.
Hãy lấy một thí dụ, thông thường khi chúng ta lái xe đến ngã tư, gặp đèn đỏ thì dừng, gặp đèn xanh thì đi tiếp. Giả định rằng có một người bị mù màu, đối với anh ta, tín hiệu đèn giao thông không phải là màu sắc, mà theo thứ tự trên dưới, đèn phía trên (đỏ) sáng thì dừng, đèn phía dưới (xanh) sáng thì đi. Chúng ta không hề biết anh ấy bị mù màu, không biết anh ấy nhìn đèn giao thông khác chúng ta, bởi anh ấy tuân theo hiệu lệnh đèn giao thông như chúng ta. Thậm chí nói miệng với nhau thì anh ta cũng gọi là "đèn xanh, đèn đỏ" như chúng ta. Nhưng trên thực tế đã có hai cây đèn: cây đèn xanh - đèn đỏ cho chúng ta và cây đèn trên - đèn dưới cho anh ấy. Tương tự như vậy, vũ trụ hiện ra tùy theo nghiệp lực của mỗi người.
Albert Einstein (1879-1955), là người triển khai thuyết Tương đối cách đây đúng một thế kỷ. Vào thời kỳ đó, người ta cho rằng nền vật lý đã phát triển hết mức rồi, và những khám phá sau này chỉ thêm được những con số thập phân nằm sau dấu phẩy mà thôi. Nhưng với thuyết Tương đối và lý thuyết Cơ học lượng tử của Einstein, đã đóng góp rất nhiều cho nền vật lý hiện đại ngày nay. Einstein nhận giải Nobel vật lý năm 1921, ông được coi là nhà khoa học vĩ đại nhất của thế kỷ 20 và là một trí thức lỗi lạc nhất trong lịch sử. Suốt một trăm năm qua, hai nền vật lý Tương đối và Lượng tử đã phát triển cao độ với những lý thuyết mới cũng như các phương pháp thực nghiệm mới. Giúp người ta có thể nghiên cứu từ lĩnh vực vô cùng nhỏ của nguyên tử và hạ nguyên tử đến mức độ vô cùng lớn của các thiên hà cách ta hàng tỉ năm ánh sáng. Trong quá trình khảo sát, nền vật lý lượng tử phát hiện rất nhiều "nghịch lý". Những nghịch lý đó nêu lên những câu hỏi quan trọng về nhận thức luận.
Trong thời điểm hiện nay, theo thuyết Lượng tử, vật chất có một số đặc tính "nghịch lý" điển hình sau đây:
Nghịch lý 1: Các đơn vị vật chất (thí dụ electron) có những đặc tính khác nhau. Khi thì nó xuất hiện như những hạt (dạng hữu hình), khi thì như sóng (dạng vô hình), tùy theo điều kiện xung quanh và tùy theo các phương tiện quan sát và dò tìm chúng (tức là tùy thuộc vào nhân duyên). Đặc tính này được xem là một nghịch lý vì sóng và hạt là hai dạng tồn tại của vật chất hoàn toàn khác nhau, loại bỏ lẫn nhau. Thế nhưng hai dạng tồn tại đó của vật chất được kết quả thực nghiệm thừa nhận một cách thuyết phục, thậm chí thiết lập mối quan hệ về toán học giữa hai bên một cách dễ dàng (phương trình Sóng-Hạt của Schrodinger, Nobel vật lý năm 1933).
Nghịch lý 2: Vì nguyên lý bất định (do Heisenberg khám phá ra, Nobel vật lý năm 1932) nên ta không thể nào biết được một electron có chức năng gì và nó đang ở đâu, một electron có thể có mặt ở nhiều nơi cùng một lúc, cách hiểu này hoàn toàn mới lạ so với vật lý học cổ điển, vốn cho rằng mọi vật đều có tính cách chỉ định.
Trong kinh Hoa Nghiêm có lần Đức Thế Tôn có mặt một lần ở cả ba cõi: Ngài đến thăm cõi trời Dạ Ma, đồng thời cũng có mặt ở cõi Ta Bà và cõi trời Đao Lợi nữa. Trong thời hiện đại ngày nay thì có nữ thiền sư Dipa Ma (1921-1989) người Ấn Độ có thể cùng một lúc phân thân ra ở hai nơi. Cuộc đời bà được ghi lại trong sách "Knee Deep In Grace" (một sưu khảo của Amy Schmidt, bản dịch Việt ngữ là "Ngập Sâu Trong Ân Sủng" ). Sau đây là một trích đoạn trong sách:
"Đôi khi Dipa Ma và em bà là Hema đi đến trình pháp với thiền sư Munindra (người thầy của bà) bằng cách bất thần hiện hình lên trong phòng ông, và Dipa Ma cũng có lúc bước ra khỏi phòng xuyên qua cánh cửa khép chặt. Cũng tựa như trò đùa, bà đứng lên khỏi ghế, bước tới vách gần đó và đi ngang qua tường.
"Nếu bà đi bộ một mình trong đêm tối, bà phân thân ra, thành có thêm một bạn đồng hành đi bên cạnh, để khỏi bị ai khuấy phá.
"Khả năng của Dipa Ma về địa hạt nầy đã được trắc nghiệm lại và được một nhóm khoa học gia khác xác nhận. Thiền sư Munindra có quen biết với một giáo sư về Cổ sử Ấn độ tại trường Đại học Magadh, ông ấy đã tỏ ra rất nghi ngờ về các năng lực thần thông. Munindra mới đưa đề nghị chứng minh sự có thật của các năng lực thần thông và cả hai ông cùng thiết lập một cuộc thử nghiệm. Vị giáo sư liền nhờ một người sinh viên tín cẩn ngồi canh chừng trong căn phòng Dipa Ma đang ngồi thiền, để chắc chắn rằng bà chẳng hề rời khỏi chỗ ngồi của bà trong phòng. Đến ngày đã hẹn trước, người sinh viên kiểm nhận là Dipa Ma chẳng hề rời khỏi tư thế ngồi thiền, và cùng lúc ấy, bà lại hiện lên trong văn phòng của vị giáo sư cách đó mười dặm và trò chuyện cùng ông...
Nghịch lý 3: Trong một số trường hợp, hai đơn vị vật chất trước đó thuộc về một chỉnh thể nay đã bị cách ly nhưng vẫn có một mối liên hệ liên thông. Hai đơn vị đó "biết" đến tình trạng của nhau một cách tức thời, dù chúng bị cách ly với khoảng cách xa bất kỳ. Đặc tính thứ ba của vật chất này mới nghe qua không có gì to tát lắm, nhưng thực ra nó dẫn ta tới nghịch lý quan trọng nhất từ xưa tới nay. Đó là, vì tính chất "liên thông" này, đã thật sự phủ định quan niệm: “Có một thế giới khách quan tồn tại độc lập ở bên ngoài ý thức con người”.
Nhưng trước hết ta cần giải thích do đâu mà có đặc tính thứ ba nói trên. Năm 1935, Einstein và cộng sự đề nghị một phép thí nghiệm, thí nghiệm nổi tiếng này được mệnh danh là: Nghịch lý EPR (chữ viết tắt tên của ba tác giả của nó: Albert Einstein, Boris Podolsky, và Nathan Rosen). Ở đây ta chỉ trình bày Nghịch lý EPR một cách hết sức đơn giản. Trong nghịch lý này Einstein cho cách ly hai đơn vị vật chất A và B (thí dụ nguyên tử hay electron), chúng vốn nằm trong một thể thống nhất và do đó chúng có sẵn một mối liên hệ với nhau, thí dụ tổng số spin của chúng bằng không. Nay ta cách ly chúng hàng vạn dặm, không để cho chúng có thể tương tác lẫn nhau. Khi đo một trị số spin của A thì B lập tức có một trị số, để tổng số của chúng bằng không. Điều đó có nghĩa hai hạt A và B có mối liên hệ liên thông dù chúng cách xa hàng vạn dặm, tuy bị tách rời hai hạt này hành xử như là một khối thống nhất. Dường như có một sự tương tác đáng kinh ngạc và sâu sắc ở nơi linh hồn của vật lý.
Người ta ngờ rằng thế giới hiện lên trước mắt chúng ta sở dĩ có tính chất riêng tư của chúng ta là vì hành động đo lường (nhận thức) của chính chúng ta. Thế thì phải chăng thế giới mà chúng ta đang thấy vì chúng ta đo lường nó hay nhận thức nó mà nó "có"? Phải chăng thế giới vật chất với những đặc tính riêng của nó không hề tồn tại độc lập mà chỉ xuất hiện khi ta nhận thức nó? Người ta chỉ biết rằng, cần phải đưa hành động đo lường (tức là Quan sát viên) vào trong một tổng thể: Vật được quan sát và Người quan sát thì mới hiểu được sự vật. Đi xa hơn, nhiều người thấy phải đưa ý thức hay hoạt động của ý thức như là một yếu tố chủ yếu vào tổng thể này, thí dụ Eugene Wigner, nhà vật lý đoạt giải Nobel, ông tin rằng yếu tố nhận thức là cần thiết trong quá trình đo đạc cơ học lượng tử.
Đi xa hơn nữa, người ta phải thấy “ý thức thông thường” của con người là một loại ý thức bị quy định trong tầm nhìn “cổ điển”, bắt nguồn từ thời Hy Lạp cổ đại, không tương thích với tính chất lượng tử của nền vật lý mới. Nhà vật lý Nick Herbert viết như sau: "Nguồn gốc của mọi nghịch lý lượng tử hình như xuất phát từ thực tế là: sự nhận thức mang tính chất cổ điển của con người tạo ra một thế giới gồm những thực thể riêng biệt, trong khi đó thế giới lượng tử thì hoàn toàn không phải như thế".
David Bohm (1917-1992), nhà vật lý lý thuyết, giáo sư tại Đại học London, đã đưa ra một thí nghiệm làm cho tên tuổi của ông trở nên nổi tiếng đó là: Ảnh toàn ký (Holo-Gram). Ảnh toàn ký là hình ảnh ba chiều được hình thành bởi tia sáng laser. Đầu tiên, một vật thể ba chiều được chiếu rọi bằng laser và sau đó cho phản chiếu lên phim. Tấm phim lại được rọi bằng một nguồn laser khác. Hai nguồn laser sẽ giao thoa với nhau trên phim và ảnh giao thoa sẽ được ghi lại trên phim. Ảnh giao thoa chỉ là những nét chi chít đậm nhạt hầu như vô nghĩa. Thế nhưng nếu ta rọi phim đó bằng một nguồn laser khác thì sẽ hiện lên hình ảnh của vật thể ban đầu trong dạng ba chiều.
Điều kỳ lạ là nếu ta cắt tấm phim ra làm hai phần và chỉ rọi một nửa thì toàn bộ hình ảnh ba chiều vẫn tái hiện. Nếu ta cắt nhỏ tấm phim ra thành những đơn vị rất nhỏ, thì hình ảnh toàn phần ba chiều vẫn hiện lên đầy đủ, dĩ nhiên kích thước của nó bị thu nhỏ đi. Điều đó có nghĩa, mỗi phần nhỏ nhất của tấm phim vẫn chứa đầy đủ nội dung toàn phần của vật thể ban đầu.
Theo Bohm, mỗi thực tại, mỗi sự vận động có thứ bậc của nó. Cùng với các phát hiện mới, ngành vật lý dần dần khám phá thứ bậc của sự vận động, với những mức độ từ cạn tới sâu. Sự vận động cơ giới trong lý thuyết của Newton được Bohm gọi là có thứ bậc thấp (thứ bậc không gian Descartes). Trong thứ bậc này, mọi sự vật đều được xem là riêng lẻ, cái này nằm ngoài cái kia và tác động lên nhau bằng lực tương tác giữa vật thể. Với lý thuyết tương đối và cơ học lượng tử, Bohm thấy cả hai đều mang một thứ bậc mới, đó là ta phải xem sự vật là một cái toàn thể không thể phân chia, trong đó sự cách ly các yếu tố của sự vận động không còn được chấp nhận. Thứ bậc này hoàn toàn khác với thứ bậc trong nền vật lý của Galileo và Newton. Thí dụ: không gian, thời gian là một thể thống nhất trong thuyết tương đối, người quan sát và vật được quan sát là một thể thống nhất trong cơ học lượng tử. Ở đây, Bohm cho rằng phải đi sâu thêm một mức độ nữa để thấy một thứ bậc mới của thực tại. Thứ bậc này được Bohm mệnh danh là “thứ bậc nội tại” (implicate order). Nội dung của thứ bậc này là: “cái toàn thể nằm trong từng cái riêng lẻ”. Nói rõ hơn, thực tại là hình ảnh của toàn vũ trụ được ẩn tàng trong từng đơn vị nhỏ nhất của nó.
Từ thí nghiệm Ảnh toàn ký ở trên, Bohm kết luận thế giới vật chất mà ta đang thấy xung quanh mình là dạng hình được khai triển từ một thực tại sâu kín hơn (thứ bậc nội tại). Thực tại sâu kín này là một cái toàn thể bất khả phân, không thể định nghĩa, không thể đo lường. Trong thực tại này, mọi sự đều liên kết chặt chẽ với nhau. Thực tại này không nằm yên mà luôn luôn vận động và nó là nguồn gốc, là cơ sở của mọi dạng xuất hiện của vật chất và tâm thức.
Hãy nêu lên vài ẩn dụ để tới với cách nhìn này: Trong cơ thể sinh vật, mỗi một tế bào nhỏ nhất cũng chứa DNA, thông tin của toàn bộ cơ thể đó. DNA cũng là một hình ảnh dễ hiểu của quan niệm "một trong tất cả, tất cả trong một". Thí dụ giản đơn và có tính cơ giới hơn là một thanh nam châm với hai cực nam bắc. Nếu ta cắt thanh nam châm đó làm hai thì lập tức chỗ cắt sẽ sinh ra hai cực nam bắc. Nếu tiếp tục cắt thì ta sẽ có tiếp những thanh nam châm nhỏ hơn nữa. Do đó ta có thể nói mỗi điểm trong thanh nam châm đã chứa "ẩn tàng" hai cực nam bắc. Có cắt thì hai cực đó mới hiện ra, không cắt thì chúng nằm trong dạng "nội tại".
Theo Bohm, thực tại là một thể thống nhất đang vận động, không thể phân chia, không thể đo lường mà một số dạng xuất hiện của nó hiện ra với ta như hạt, như sóng hay như những đơn vị tách lìa nhau và có tính chất ổn định tương đối. Những đơn vị vật chất thí dụ electron, chỉ là một cái tên tạm đặt cho một khía cạnh xuất hiện của thực tại đó. Vật chất chỉ là một số dạng được “dẫn xuất” từ thực tại đó. Các quy luật vật lý đều là những lý thuyết áp dụng cho một số hiện tượng xuất phát từ sự vận động toàn thể đó. Và toàn thể vận động chính là sự tiếp nối liên tục giữa hai giai đoạn ẩn (nén) - hiện (giải nén).
Trong quá trình ẩn (nén) - hiện (giải nén) nhanh chóng của sự vận động toàn thể đó, có những dạng xuất hiện mà giác quan ta thấy là hạt. Chúng nối tiếp nhau xuất hiện dàn trải, khi thì ta thấy chúng nằm trên đường thẳng, khi thì hình cong trong không gian và tưởng có những lực tương tác chúng với nhau. Thực tế chúng là dạng xuất hiện kế tiếp nhau của một “tập hợp” không mang tính chất không gian. Ngược lại, vì chúng “hiện” ra liên tiếp, cái này sau cái kia mà ta thấy có không gian. Quan niệm này giải thích dễ dàng sự phi liên tục (gián đoạn) trong sự vận động được nêu ra bởi cơ học lượng tử. Ngoài ra, vì dạng hạt chỉ là dạng xuất hiện của sự vận động toàn thể, nên khi những điều kiện thay đổi thì dạng xuất hiện cũng thay đổi, lúc đó nó có dạng sóng. Nghịch lý sóng-hạt không còn tồn tại trong quan niệm về thực tại này nữa.
Thứ bậc nội tại có nhiều chiều. Không gian ba chiều của chúng ta chỉ là một hình chiếu của thứ bậc nội tại. Trước vấn đề của mối liên hệ “liên thông” trong nghịch lý EPR, Bohm dùng ẩn dụ “hồ cá” sau đây để minh họa. Trong một hồ cá chỉ có một con cá duy nhất. Hồ cá được thu hình bằng hai máy quay phim từ hai hướng khác nhau. Hai máy quay phim đó được chiếu hình lên hai màn ảnh khác nhau A và B. Như ta thấy, hình A và B không hề có mối liên hệ hay tương tác gì với nhau cả, chúng chỉ là hai hình của một vật thể (con cá) duy nhất.
Tương tự như thế, hai đơn vị vật chất có mối liên hệ “liên thông” chẳng qua chỉ là hình chiếu của một đơn vị duy nhất của một thực tại nhiều chiều hơn. Thật ra chúng chẳng tương tác gì với nhau cả, chỉ là hai dạng khác nhau của một thực thể. Sự tách biệt của chúng trong không gian chỉ là một ảo tưởng của chúng ta khi đứng trước thứ bậc dàn trải, nơi đó thực thể nọ đã bị “dàn trải” làm hai đơn vị. Theo Bohm, số lượng kích chiều của thứ bậc nội tại là vô tận.
Cuối cùng, Bohm đi một bước dài và cho rằng ý thức và vật chất cùng lưu xuất từ thứ bậc nội tại đó. Vật chất và ý thức có tác dụng hỗ tương lẫn nhau. Hai mặt này bắt nguồn từ một thứ bậc chung, có kích chiều cao hơn. Cả hai: vật chất lẫn ý thức đều là dạng xuất hiện của thực tại nhiều kích chiều đó. Bohm đề nghị một đơn vị cơ bản của sự vận động trong thứ bậc nội tại đó, ông gọi là “chập” (moment). Một chập chứa tất cả những chập khác, có khả năng “bung” ra trên thứ bậc dàn trải để thành không gian và thời gian.
Thuyết “sự vận động toàn thể” với quan niệm then chốt “thứ bậc nội tại” là một bước nhảy vọt của khoa học vật lý trong vũ trụ quan. Xưa nay, người ta thấy thế giới hiện tượng là một thực thể khách quan, nằm ngoài con người và xem nó là đối tượng đích thực của ngành vật lý. Thực tế là, quan niệm “vật ở ngoài nhau” là đặc trưng của ý thức hệ phương Tây, bắt nguồn từ thời Hy Lạp cổ đại. Nay, khi thuyết của Bohm xem thế giới hiện tượng chỉ là thứ bậc dàn trải, là sự trình hiện của một thứ bậc sâu xa hơn - thứ bậc nội tại - khi đó, Bohm đã làm một bước nhảy vọt về nhận thức.
Thuyết của Bohm không thể không làm ta liên tưởng đến triết học Phật giáo. Quan niệm "Tất cả trong một, một trong tất cả" chính là tư tưởng Kinh Hoa Nghiêm. Chủ trương "Thực tại xuất hiện như một cảnh tượng khi bị quan sát" đã được Kinh Lăng Nghiêm nói đến. "Ý thức lẫn vật chất đều lưu xuất từ một thể" chính là quan niệm Duy thức trong Phật giáo.
Kinh Lăng Nghiêm nói về một thể uyên nguyên, được tạm gọi là "Chân tâm". Tính chất của "Chân tâm" là phi hình tướng, phi tính chất, không thể nghĩ bàn. Tạm hình dung Chân tâm như một “biển tinh lực uyên nguyên” hay một “vầng trăng tròn đầy”. Chân tâm có hai "công năng" như sau: lặng lẽ chiếu soi và có khả năng tự chiếu soi mình. "Chiếu soi" có thể được hiểu như "nhận thức" trong ngôn ngữ hiện đại.
Xuất phát từ một Chân tâm thuần túy "lặng lẽ chiếu soi" đó, bỗng một "vọng tâm" nổi lên, đó là lúc Chân tâm quay qua tự nhận thức chính mình và thấy có một thể bị nhận thức và một thể nhận thức. Theo ngôn ngữ hiện đại thì với "vọng tâm", xuất hiện hai thể tính: người quan sát và vật bị quan sát. "Vọng tâm" được so sánh với giấc ngủ. Khi ngủ mê, thì hiện ra giấc mộng, trong đó có người có ta, có cảnh vật, có diễn biến, có không gian và có thời gian. Khi tỉnh dậy thì tất cả cảnh vật trong mơ cũng không còn.
Đối với Phật giáo, thế giới hiện tượng là một sự trình hiện, là một huyễn cảnh như “hoa hiện trong hư không”. Thế giới đó trình hiện cho một chúng sanh nhất định, mỗi chúng sanh có một thế giới. Thế nhưng như ta đã nói ở trên, chúng sanh lẫn thế giới hiện tượng đều là những phần tử của Chân tâm. Cả hai đều lưu xuất từ Chân tâm, bị “vọng hóa” mà thấy có chủ thể và khách thể. "Nếu vọng tâm sinh khởi thì các pháp đều sinh khởi, vọng tâm diệt đi thì các pháp đều diệt".
Từ có sự phân biệt chủ thể và khách thể đó mà chúng sanh sinh khởi thương ghét, yêu thích hay từ chối đối với thế giới hiện tượng được quan sát vì tưởng rằng có thế giới hiện tượng tồn tại độc lập ở bên ngoài nên chấp pháp và đồng thời chúng sanh đó tưởng mình là một chủ thể có thực, có một cái Tôi tồn tại riêng biệt ở bên trong nên chấp ngã.
Xuất phát từ hai thành kiến chấp pháp và chấp ngã, với mọi tâm trạng yêu và ghét diễn biến liên tục, cá thể sinh ra vô số quá trình vọng hóa với nhiều mức độ tâm lý với nhiều tính chất khác nhau, chồng chất bao phủ lên nhau. Đạo Phật chia các quá trình tâm lý đó thành bốn mức độ mà thuật ngữ gọi là: thọ, tưởng, hành, thức. Ngoài bốn quá trình tâm lý đó, đạo Phật còn xem “sắc” là toàn bộ hiện tượng mà ta gọi là vật chất. Do đó: sắc, thọ, tưởng, hành, thức được gọi chung là “Ngũ uẩn”, là toàn bộ tiến trình của vọng tâm được sinh ra và phát triển, khi Chân tâm “dại dột” tự nhận thức chính mình và sa vào chấp pháp, chấp ngã.
Ngũ uẩn bao phủ quanh cá thể với các dạng tâm lý và vật lý. Thế giới đang bao trùm xung quanh chúng ta chỉ là một thế giới đang hiện lên cho mỗi cá thể chúng ta. Thế giới đó gồm sắc, tức là các dạng vật chất, cộng với các hoạt động tâm lý (thọ, tưởng, hành, thức) đang được duy trì và phát triển liên tục.
Mỗi thế giới đó tuy là có giá trị cho mỗi cá thể nhưng chúng hòa vào nhau, tưởng chừng như thể nhiều cá thể, toàn xã hội, toàn loài người... có chung một thế giới. Đó là vì “cộng nghiệp” chung của nhiều cá thể làm cho những cá thể đó thấy chung một thế giới, như thể chỉ có một thế giới duy nhất. Vì sự vật chỉ là sự trình hiện nên không thể nói “có” hay “không có” một cách tuyệt đối được. Khi nói “có” là “có” cho những cá thể nhất định, đối với người này là “có” nhưng đối với người khác là không, cũng như người nằm mơ thấy “có sự vật” nhưng sự vật đó không có cho người khác. Như Lời Phật trong Kinh Lăng Nghiêm: "Này A-nan, như người đau mắt, vì nghiệp riêng của họ, nên "vọng thấy" cái đèn có vầng đỏ hiện ra...Như dân chúng trong một nước, do ác nghiệp chung tạo của họ nên đồng thấy có những điềm không lành hiện ra. Lên một từng nữa là toàn cả chúng sinh trong mười phương thế giới ngày nay đây, đều do "vô minh vọng động từ vô thỉ" nên đồng vọng thấy có thế giới chúng sinh hiện ra vậy".
Điều nói trên còn dẫn đến hai kết luận, đó là "Pháp vô ngã" và "Nhân vô ngã". Pháp vô ngã cho rằng không có sự vật nào tồn tại với tự tính riêng của nó cả, tất cả đều chỉ là sự biến hiện làm cho ta thấy "có" khi đủ điều kiện (nhân duyên sinh) để cho sự vật trình hiện trước mắt ta. Nhân vô ngã cho rằng con người mà ta tưởng là có một cái Tôi đứng đằng sau chỉ là sự vận hành vô chủ của Ngũ uẩn. Các tình trạng của Ngũ uẩn diễn ra, cái này tiếp nối cái kia, nhưng không ai làm chủ chúng cả. Triết lý nhân vô ngã và pháp vô ngã cho thấy mặc dù thế giới hiện tượng và tâm lý vận hành liên tục nhưng đó là sự vận động nội tại của nó, không ai làm chủ cho chúng cả. Sự vận động đó chủ yếu xuất phát từ "Hành", còn được gọi là động cơ tâm lý tạo tác hành động, và qua đó tạo tác thế giới. Toàn bộ những động cơ tâm lý đó được gọi là "Nghiệp" hay "Nghiệp lực". Nghiệp lực của cá thể và của toàn thể là tác nhân làm thế giới vật chất được duy trì, nó làm cho vũ trụ được sinh ra và phát triển.
Ngũ uẩn cũng không phải là năm yếu tố riêng lẻ lẫn nhau mà vì chúng có chung nguồn gốc Chân tâm nên chúng dung thông và chứa đựng lẫn nhau trong tinh thần "Một trong tất cả, tất cả trong một". Một hệ quả của quan niệm này là mọi hoạt động trong tâm lý (thọ, tưởng, hành, thức) đều có dấu vết trong vật lý (sắc) và ngược lại mọi điều chỉnh trong vật lý đều có tác dụng trong tâm lý. Sắc chính là Không, Không chính là sắc (tư tưởng Tâm Kinh). Do đó "trên đầu một cọng cỏ chứa tam thiên thế giới" (tư tưởng Kinh Hoa nghiêm). Như vậy, đối với Phật giáo, vật chất được hình thành và duy trì là dựa trên vọng tưởng của tâm thức. Một đặc tính quan trọng khác là: vật chất không có tự tính riêng biệt, chỉ tồn tại trên cơ sở tương quan đối với người quan sát. Mỗi người quan sát sống trong một thế giới riêng của họ, thế giới tưởng là chung cho tất cả chẳng qua là do cộng nghiệp xây dựng thành.
Cả vật chất lẫn ý thức là những dạng xuất hiện của Chân tâm, chúng chỉ là những dạng hình thứ cấp lưu xuất từ Chân tâm. Do đó quan niệm về một thực tại ẩn tàng chứa cả vật chất, ý thức và có nhiều chiều như Bohm quan niệm là rất gần với tư tưởng Phật giáo. Trong lý thuyết của Bohm, vật chất là những cấu trúc xuất hiện có tính chất tạm thời, tương đối, chúng là hình ảnh xuất hiện từ sự vận động toàn thể. Sự vận động toàn thể của Bohm có thể được xem gần giống như sự lưu chuyển của A-lại-da thức, trong đó thế giới hiện tượng chỉ được xem là những vọng tưởng lưu lại dưới dạng hạt giống khi đủ nhân duyên chín mùi thành vật chất.
Phật giáo quan niệm "Sắc chính là Không", thế giới vật chất chính là Chân tâm. Do đó mỗi nơi mỗi chỗ trong thế giới vật chất đều chứa năng lượng vô tận của Chân tâm. Quan niệm về "chân không lượng tử" hiện nay cho rằng, mỗi đơn vị tí hon trong chân không lượng tử chứa năng lượng vô tận, cũng đi gần với quan niệm về Sắc - Không của Phật giáo. Hơn thế nữa Phật giáo cho rằng mỗi nơi mỗi chỗ trong Sắc cũng chứa toàn bộ thế giới vật chất trong quan niệm "Một trong tất cả, tất cả trong một". Do đó quan niệm của Bohm về Ảnh toàn ký (Holo-Gram) cũng rất tương tự với hình ảnh "trên đầu một cọng cỏ có chứa tam thiên thế giới" được minh hoạ trong Kinh Hoa Nghiêm. Bohm cũng quan niệm thế giới vật lý xuất hiện như một ảo ảnh ba chiều khi mắt tiếp xúc với ánh sáng, đó là điều mà đạo Phật đã nhấn mạnh với từ "hoa hiện trong hư không".
Vì vật chất chỉ là dạng xuất hiện từ Chân tâm, không có tự tính riêng, chỉ tùy nhân duyên mà trình hiện nên Phật giáo không thấy có mâu thuẫn giữa hai dạng sóng - hạt của vật chất. Cả sóng lẫn hạt đều xuất hiện khi đầy đủ nhân duyên hội tụ cho chúng xuất hiện. Trong vật lý hạ nguyên tử, "nhân duyên" chính là cách dò tìm của người quan sát và cách xếp đặt thiết bị đo lường. Sự nghịch lý sóng - hạt chỉ có khi ta cho rằng vật chất phải có một tự tính riêng.
Nghịch lý EPR của những hạt liên thông cũng không tồn tại với thế giới quan của Phật giáo vì rằng mọi hạt vật chất đều lưu xuất từ Chân tâm. Giữa các dạng vật chất đó đều có sự dung thông vì tất cả đều là Chân tâm. Do đó những hạt liên thông có mối quan hệ trên một cấp bực khác, sâu hơn cấp bực của vật chất. Vì vậy mà chúng có trao đổi với nhau, “biết” đến lẫn nhau dù ở cách xa nhau hàng vạn dặm. Trong thế lĩnh vực của thế giới hiện tượng, vì có thời gian và không gian xuất hiện nên mọi vận hành bị giới hạn trong những mức độ đo được. Do đó vận tốc ánh sáng, hằng số Planck...là những số rất lớn/ rất nhỏ nhưng có giới hạn. Còn trong lĩnh vực tâm lý của: thọ, tưởng, hành, thức mọi tín hiệu đều có vận tốc vô tận, tức là có tính chất liên thông mà thuật ngữ Phật giáo gọi là "dung thông".
Quan niệm phải đưa quan sát viên vào quá trình chung với vật được quan sát của thuyết tương đối và cơ học lượng tử là hoàn toàn tương thích với thái độ của Phật giáo. Theo Phật giáo khi không có quan sát viên thì cũng không có vật được quan sát, vật đó chỉ có khi có ai quan sát nó. Nếu không có ai quan sát nó thì cũng không có nó. Đối với Phật giáo, không có vật nào tồn tại độc lập cả mà đều chúng chỉ tồn tại trên cơ sở tương quan với vật khác.
Khuynh hướng chia chẻ thế giới, cảm nhận thế giới thành ra những vật thể riêng lẻ và cảm nhận chính mình là một cá thể độc lập, khuynh hướng đó được xem là một vọng tưởng, xuất phát từ một tâm thức ưa phân biệt, đánh giá. Phật giáo xem khuynh hướng đó là vô minh, đó là một dạng của vọng tâm, cần vượt bỏ. Theo quan niệm Phật giáo, mọi "pháp hữu vi" (thế giới hiện tượng) là "mộng, huyễn, bào, ảnh, như sương sa, như điện chớp" (tư tưởng Kinh Kim Cương), mọi dạng vật chất chỉ tạm thời, không có tự tính, không tồn tại thực sự mà chỉ tồn tại trên cơ sở tương quan với người quan sát. Với quan điểm đó, ta có thể lý giải dễ dàng mọi điểm cơ bản của thuyết tương đối và cơ học lượng tử.
Theo Phật giáo, vật chất được hình thành và duy trì bởi lực tạo tác của cộng nghiệp và biệt nghiệp (nghiệp chung của một nhóm người và nghiệp riêng của mỗi cá thể). Các nghiệp lực đó xuất phát từ sự vận hành của Ngũ uẩn mà Ngũ uẩn là vô ngã, nó vận hành vô chủ theo nhân duyên. Do đó mọi dạng vật chất đều thành hình một cách ngẫu nhiên theo luật nhân-quả, không do chủ ý của ai. "Tất cả các pháp đều xuất hiện một cách ngẫu nhiên, như một áng mây, như một tia chớp, chúng chẳng dừng chân dù trong một khoảnh khắc..." (Kinh Duy Ma Cật). Trên cơ sở đó ta có thể lý giải tính chất "thống kê" trong cơ học lượng tử một cách dễ dàng.
Cuộc sống là một dòng tâm thức không đầu không đuôi. Nếu hôm nay ta nhức đầu thì có lẽ tại hôm qua ta uống rượu quá nhiều chứ không do một lẽ bất công nào cả. Và ngay hôm nay ta có thể chấm dứt uống rượu để ngày mai ta khỏi nhức đầu, đó là sự tự do mà mỗi cá thể đều có và có ngay bây giờ. Trong thế giới Phật giáo, không có một “Thượng đế toàn năng nào”, mà chỉ có một sự vận hành tự nhiên và tất nhiên theo luật nhân-quả của Thức, với một cơ chế mà thực ra tư duy của chúng ta chỉ có thể hiểu được một phần. Bởi thế, quan niệm về Nghiệp của đạo Phật không phải dễ hiểu và dễ được chấp nhận.
Đơn giản hóa, nếu quy một đời người về một ngày và giả định giấc ngủ là cái chết, thì ngày hôm trước cách ngày hôm sau đúng một giấc ngủ. Nếu hôm nay tôi uống nhiều rượu, ngày mai tôi bị nhức đầu, hôm nay tôi nóng giận, ngày mai trong người tôi vẫn còn vương bực dọc... Sự tiếp nối đó rất dễ hiểu, nhưng vì người ta nửa tin nửa ngờ nên Nghiệp trở nên huyền bí. Đời này của chúng ta như là ngày hôm nay. Trước đó đã có vô số ngày và sau đó cũng còn vô số ngày. Vô số những ngày trước đó đã tạo ra một tâm thức có tính cá thể mà ta gọi là “Tôi”. Tính cá thể đó được cụ thể bằng vô số những chủng tử nằm trong A-lại-da thức.
Mỗi chúng ta chính là tác giả của những chủng tử đó. Chúng ta đã tự tay gieo trồng những chủng tử, đã mong chờ, đã thiết tha được chứng nghiệm chúng. Khi đủ nhân duyên thì những hạt giống ấy trong A-lại-da thức lại đâm chồi nẩy lộc. Chúng ta là kẻ đã xây dựng nên môi trường, gia đình và bè bạn mà chúng ta đang sống. Tất cả những cảnh tượng đó do ta bày ra. Họ đều là những nhân vật trên một sân khấu mà chính ta là đạo diễn. Chính ta là kẻ viết kịch bản, bày ra các biến cố và đồng thời cũng đóng luôn vai chính. Đến khi vào cuộc, sống đời sống thường ngày, chúng ta lại nhập vai quá say sưa và quên rằng đây chính là vở kịch do mình bày ra. Chúng ta vui, chúng ta buồn, mừng vui và thất vọng theo những tuồng tích của chính mình và tất cả mọi kinh nghiệm buồn vui đó lại được chứa chấp vào trong A-lại-da thức của ta để một vở kịch mới sẽ được ra đời.
Có thể trong vài thập niên tới đây người ta sẽ phát hiện được một cách chính xác rằng, những điều mà hiện nay ta không gọi là vật chất - cũng có những thực tại của chúng, cũng có những dạng hình thấy được bằng thiết bị, cũng có năng lượng đo được, thậm chí trong một mức độ nhất định, người ta sẽ thấy mối liên hệ rất cụ thể giữa tâm thức và vật chất. Hãy thay đổi bản thân, thế giới sẽ thay đổi theo. Đời thay đổi khi tâm chúng ta thay đổi. Đó là khẳng định của tư tưởng Phật giáo. Mặc dù quan niệm này không dễ thuyết phục và cũng không dễ thực hiện, thế nhưng đó là kết luận nhất quán của đạo Phật. Phật giáo và Khoa học giờ đây có thể ngồi lại với nhau với hy vọng góp sức vào việc mang lại hạnh phúc cho nhân loại.