Phật giáo muốn tuyên truyền phải có giáo đường, ở giai đoạn đầu có thể chỉ là những am miếu thờ Phật. Đầu thế kỷ III, Khương Tăng Hội gọi những kiến trúc Phật giáo ở ta là “Miếu đường” hoặc “Tông miếu”, gợi lên những điện thờ tổ tiên theo tín ngưỡng nguyên thủy mà người Việt rất mực coi trọng; cho đến thế kỷ V, VI, thư tịch cho biết trên đất Giao Châu đã có tới hai mươi Chùa Tháp. Từ cuối thế kỷ VI, với sự phát triển của dòng Tì Ni Đà Lưu Chi, Phật giáo do dung hợp các tín ngưỡng dân gian để đi sâu vào quần chúng, và do đó Chùa Tháp phải được xây dựng khá nhiều. Nhưng cũng do nó hội nhập đủ thứ thần linh bản địa, mà cho đến hết thời Bắc thuộc, Chùa Tháp vẫn chưa có được một mẫu hình chuẩn, còn tự phát tùy theo tập tục địa phương. Những ngôi Chùa dựng trong suốt thời Bắc thuộc, cho đến nay không để lại dấu vết gì ngoài những ghi chép vắn tắt của thư tịch.

Trải qua giai đoạn đầu của thời kỳ tự chủ ở thế kỷ X, trong bước quá độ xây dựng đất nước, các sư Tăng đã là những trí thức tiêu biểu, phục vụ đắc lực cho chính quyền trung ương tập quyền, đặc biệt đã chuẩn bị tích cực cho việc thành lập nhà Lý. Và nhà Lý đã tạo mọi thuận lợi cho Phật giáo trở thành quốc giáo.

Nhưng Phật giáo đời Lý với ba dòng Thiền là Quán Bích, Tì Ni Đa Lưu Chi và Thảo Đường có khuynh hướng tu hành và đối tượng phát triển khác nhau, cũng tất yếu dẫn đến các hình thức điện thờ Phật khác nhau. Theo sử gia Lê Văn Hưu, trong nước “chỗ nào cũng có Chùa”, hay như Nho thần Lê Quát ở bia Chùa Thiệu Phúc thì “chỗ nào có người ở tất có Chùa thờ Phật”. Và cụ thể hơn như bia Chùa Linh Xứng: “Hễ có cảnh đẹp núi non thì không nơi nào không xây dựng Chùa chiền”. Xây dựng ở nơi thắng cảnh nên Chùa Tháp thời Lý phần lớn là những danh Lam. Nhà Lý dựa vào số tự điền và canh phu, chia các Chùa đẹp ra làm ba loại là đại danh Lam, trung danh Lam và tiểu danh Lam.

Trong kiến trúc Chùa Tháp thì càng ngược về nguồn, Tháp càng đóng vai trò chính, là cái đền Phật giáo. Từ khi Phật giáo mới vào ta, nơi hành đạo của các sư Tăng chính là Tháp. Thời Lý xây rất nhiều Tháp, chỉ kể những Tháp được ghi lại cũng đã gần được 20, trong một số để lại phế tích đều là Tháp lớn. Phật tích, Tường Long, Chương Sơn, Long Đội … khảo cổ học đã đào được nền lõi Tháp Tường Long cạnh 8m và nền Tháp Chương Sơn cạnh hơn 19m, tất cả đều bình diện vuông. Gạch xây Tháp Phật tích có in hình những cây Tháp giống nhau đều chín tầng, có chiều cao gấp 5 cạnh chân. Các Tháp thời Trần còn lại có chiều cao gấp 4 cạnh chân. Nếu Tháp thời Lý có cùng tỉ lệ trên thì phải cao khoảng 30, 40m (Tháp Phật tích, Tháp Tường Long) đến 70, 80m (Tháp Bảo Thiên, Tháp Chương Sơn) biểu hiện khí thế vươn lên của cả dân tộc, phù hợp với hình tượng trong thơ văn và số liệu trong sử sách. Những cây Tháp thời Lý thường xây trên lưng chừng hoặc những đỉnh núi không cao mấy đột khởi giữa đồng bằng là thắng cảnh tự nhiên, lấy núi vững chãi làm nền để tôn vẻ bề thế nguy nga của mình.

Những cây Tháp ấy là kiến trúc chính của toàn cảnh Chùa và chính thức là điện thờ Phật, trong lòng Tháp có đặt tượng Phật. Các Phật tử tiến hành nghi lễ quanh tượng Phật, có thể ở ngay trong lòng Tháp hoặc chung quanh Tháp. Riêng Tháp Chùa Bảo Thiên với tên Đại Thắng Tư Thiên thì cơ bản là đài chiến thắng, tuy ở Chùa và 4 cửa Tháp có 4 đôi tượng Kim Cương, nhưng trong tượng đền Tháp lại có tượng người tiên, chim muông, giường ghế, chén bát bằng đá.

Tháp Lý với bình diện vuông được bắt nguồn từ các Tu viện Phật giáo Ấn Độ vốn là kiến trúc trải rộng được biến thành kiến trúc cao tầng bình diện vuông hình Tháp, trong có tượng Phật, là nơi thờ. Bình diện vuông của Tháp, theo tư duy Việt cổ quan niệm trái đất vuông, được bốn phương neo giữ. Những cây Tháp cao ấy không trơ trụi, lại hòa với hành lang, giải vũ ở hai bên, với những tòa nhà ở phía sau, và cây cối …tạo thành một cảnh quan tổng thể có cả chiều cao và bề rộng, vừa thiêng liêng vừa ấm cúng.

Phong phú hơn Tháp cả về số lượng và kiến thức phải là Chùa. Dựa vào thực địa và thư tịch có thể chia Chùa thời Lý thành 4 loại có bố cục khác nhau. Trước hết là kiểu Chùa đựng trên một cây cột, phát triển theo kiến trúc Tháp, tiêu biểu là Chùa Một Cột, tuy của hoàng gia nhưng đã đi lên từ kiến truyền thống mà gần đây còn thấy trong dân gian là cây hương đặt trên đầu cọc, hay trên trụ gạch, toàn thể là bông sen nghệ thuật khổng lồ.

Loại thứ hai là những loại Chùa vừa cầu Phật để cầu trúc hoàng gia vừa là hành cung để vua nghỉ ngơi khi du ngoạn quanh vùng. Loại Chùa này thường được vua đến thăm và để di bút, có quy mô lớn, ngoài Tháp còn có nhiều kiến trúc Phật bề thế.

Loại Chùa thứ ba không có Tháp, cũng không phải là hành cung, quy mô có kém một chút nhưng còn rất lớn, phát triển theo chiều sâu và nâng cao dần, hai bên cân đối, khu điện thờ bố cục gần giống mặt bằng của Tháp. Ngoài ra, còn những Chùa nhỏ lẫn trong thôn xóm, lúc đầu chỉ có thể là cái am, là nơi tu dưỡng của nhà Sư, sau đó được mở mang nhưng cơ bản là đẹp trong khuôn khổ gọn nhỏ. Nhìn chung các Chùa thời Lý có quy mô lớn, nhưng Phật điện nhỏ, tượng thờ còn ít, thường chỉ có một pho tượng Phật ứng với một chiếc bệ chỉ đủ chỗ cho một pho tượng, trong cách thờ có sự tương đồng với cả khu vực Đông Nam Á.

Từ thời Trần, Phật giáo còn để lại một số Phật điện và Tháp khá nguyên vẹn. Ở giai đoạn đầu, các Thiền gia nổi tiếng tập trung ở các tầng lớp trên, nên Chùa Tháp thường được xây dựng dưới sự chỉ đạo trực tiếp của Nhà nước, như Chùa Phổ Minh.

Đến cuối đời Trần, do sự phân hóa xã hội mạnh, Chùa làng phát triển còn để lại một số điện thờ và nhiều bệ thờ bằng đá. Do quan niệm “vô chấp” nên Chùa là nơi đàm đạo Phật pháp của chư Tăng và Phật tử, có khi thờ Phật mà không cần đến pho tượng nào. Chùa không gắn với hình Phật mà không cần đến cả tượng Phật nên ngày nay chưa tìm được pho tượng Phật nào. Chùa không gắn với hành cung nữa mà thuần túy là nơi tu hành. Một số Chùa có Tháp, nhưng Tháp không còn là kiến trúc trung tâm nữa, xây ở ngay sân trước, vẫn nhiều tầng, cao khoảng trên dưới 15m, lòng hẹp không đủ sức làm một Phật điện, nên phải có một điện thờ Phật ở phía sau.

Các Chùa làng như Chùa Thái Lạc và Chùa Bối Khê còn giữ được điện Phật xây trên nền cao, mỗi cạnh trên dưới 10m tạo một nền đế gần vuông, bên trên dựng một kiến trúc một gian hai chái, trên mái với các đao cong như bông hoa. Bộ chung gỗ chủ yếu gồm hai vì kết cấu theo lối chồng giường ở hai bên giá chiêng đặc tạo ra nhiều điện để trang trí. Do điện Phật ở trên nền cao, không có tường vách, bên trong thoáng sáng, nên các hình chạm trang trí trau chuốt và ở trên cao vẫn rõ ràng.

Ở một số Chùa làng, trong điện Phật còn giữ được điện thờ bằng đá dài suốt chiều rộng gian giữa Chùa 3m và cao rộng hơn 1m, được người xưa gọi là “Phật bàn” hay “Phật thạch bàn” tức bàn đá thờ Phật như một nhang án, không có dấu vết tượng đặt trên, và cũng chưa phát hiện được pho tượng Phật nào. Có thể dân gian đã thờ tranh Phật hay chữ “Phật” chăng?

Sang thời Lê sơ, Phật giáo bị Nhà nước hạn chế, Chùa mới không được xây, Chùa cũ hỏng bỏ hoặc phải dồn nhiều Chùa làm một. Ở một vài làng quê đã tìm được bia đá liên quan đến việc trùng tu Chùa. Tuy nhiên số lượng rất ít và dấu tích vật chất của kiến trúc cũng không có gì chắc chắn.

Qua sự khủng hoảng của Nho giáo ở đầu thế kỷ XVI, triều Mạc ra đời đã nhanh chóng ổn định xã hội, phát triển kinh tế cả nông nghiệp, tiểu thủ công và thương nghiệp. Sự cởi mở về tư tưởng kết hợp với sự ổn định về kinh tế đã làm cho Phật giáo được phục hồi. Cùng với sự bảo trợ của lớp quý tộc mới, nhân dân các làng xã đã sửa chữa và dựng mới nhiều Chùa. Các Chùa làng thời Mạc về cơ bản vẫn theo hình mẫu Chùa làng cuối thời Trần nhất là về kiến trúc. Tuy nhiên, nếu như các Chùa từ thế kỷ XV trở về trước, trên điện Phật rất ít tượng, thì từ thời Mạc do cách thờ Phật theo lối “Thế gian trụ trì Phật pháp” đòi hỏi phải có hình ảnh cụ thể về thế giới nhà Phật, nên điện Phật đã khá đông đúc cả về số lượng và chủng loại mà tùy từng Chùa đã tìm thấy bộ ba tượng Tam Thế, một số tượng Quan Âm Nam Hải, có cả tượng Thích Ca sơ sinh, thậm chí cả các thần Mây, Mưa, Sấm, Chớp thành bộ Tứ pháp cũng được Phật hóa… nhưng nói chung vẫn là những nhân vật Phật thoại và thần thoại. Do đó, điện Phật vẫn là tòa Tam Bảo nhưng được mở rộng hơn về hai bên để rõ hình chữ nhật. Điện Phật đông vui thì đồng thời cũng bình dân hơn, và Chùa làng thực sự là trung tâm văn hóa của làng xã.

Vào thế kỷ XVII, do chiến tranh Trịnh Nguyễn kéo dài, nhân dân bị động viên cả người và của không đủ sức dựng Chùa riêng cho làng nữa, tầng lớp quý tộc không tin ở thực tại nữa tìm đến cầu cứu cửa Phật, và đã xuất tiền của cho việc mở mang cảnh Chùa. Đồng thời Phật giáo Trung Hoa với phái Lâm Tế và Tào Động cũng thừa cơ du nhập vào ta. Trong Chùa ngoài các loại tượng như ở thời Mạc, giờ đây có thêm bộ ba tượng Di Đà, tam tôn Văn Thù Bồ Tát, Phổ Hiền Bồ Tát, Tuyết Sơn …thuộc thế giới Phật thoái, và cả tượng các cao Tăng đã trụ trì tại Chùa, các vị Phật tử góp nhiều tiền của cho Chùa … tức những người thực đã có những việc thực tiễn ích cho Chùa. Ngoài ra, một số cao Tăng có công khai sáng Chùa, được truyền thuyết với nhiều phép nhiệm mầu, giờ đây được trở thành “Đức Thánh” linh thiêng được dành nơi thâm nghiêm và trang trọng nhất của Chùa để thờ. Do Phật điện đông đúc, điện Phật một nếp nhà chữ nhật không đủ sức chứa nữa, lại càng không có chỗ hành lễ, nên khu vục thờ của Chùa ngoài điện Phật chuyển sang chữ “Công”, còn có thêm nhà Tổ nữa, và đặc biệt một số Chùa có cả điện Thánh, ngoài ra còn có hành lang giải vũ ở hai bên để chuẩn bị cho các dịp hội Chùa hàng năm. Thế là mặt bằng kiến trúc Chùa kiểu “Nội công ngoại quốc” ra đời, có nghĩa là vừa phát triển ngang, phát triển dọc lại bao quanh nữa, lại còn ở rải rác vườn Chùa có các Tháp mộ Sư nữa.

Chuyển qua thế kỷ XVIII, các kiểu Chùa của thế kỷ XVII vẫn duy trì, có thêm một số tượng nữa như Kim Cương và đặc biệt nhiều Chùa tô vẽ bộ phù điêu Thập Địa Diêm Vương để răn đe kẻ ác.

Đến thời Tây Sơn, với sự phát triển của phong trào chính trị từ Nam ra Bắc, và được sự ủng hộ của cả một số trí thức tiên tiến yêu nước, Phật giáo có bước phát triển mới, nghệ sĩ tìm hiểu các thế thứ Sư tổ của Phật giáo Đại thừa để biểu hiện tình cảm, ca ngợi và phê phán xã hội, đã dẫn tới việc làm mới một số Chùa mà nổi trội lên là Chùa Tây Phương ở đỉnh một núi đất không cao mấy. Chùa chính gồm 3 nếp nhà song song kiểu chữ “Tam” giản cách bởi hai sân hẹp để thông thoáng và lấy ánh sáng, từng nếp nhà lại theo kiểu chồng giường 2 tầng 8 mái, nâng chiều cao không gian trong Chùa thích hợp với nhịp điệu các tượng đứng ngồi xen kẽ nhau. Bao quanh chữ “Tam” là vòng tường hồi tưởng lại chữ “Công”.

Thế kỷ XIX tiếp tục xây thêm nhiều Chùa, nhất là khu vực Huế, có sự bảo trợ của triều đình, còn ở ngoài Bắc chủ yếu là Chùa làng do dân đóng góp xây dựng, nhưng ở những Chùa lớn được sự “công đức” của thương nhân hy vọng buôn may bán đắt, nên tượng ngày càng nhiều và phức tạp, bên cạnh bộ tượng “Thập Bát La Hán” bày kín hai hành lang, trong khu điện Phật còn cả tượng Quan Âm Thị Kính, Lão Đam, Ngọc Hoàng, Nam Tào Bắc Đẩu, Kim Đồng, Ngọc Nữ, Thập Điện Diêm Vương… lại còn thêm cả điện mẫu để con hương đệ tử hầu đồng bóng, tất cả tạo nên một sự pha tạp hỗn độn.

Chùa Tháp là kiến trúc Phật giáo, song Phật giáo ngay từ khi du nhập vào ta trong hoàn cảnh đất nước bị ngoại xâm đô hộ, đã gắn liền với làng xóm, nên Chùa cũng mang tính dân gian của người lao động. Ngay trong giai đoạn thịnh hành nhất ở thời Lý, bên cạnh đại danh Lam diễu hành cung đã không ngăn cấm người bình dân, đã có những tiểu danh Lam, những am và Chùa làng. Chùa làng từ cuối thời Trần ngày càng phát triển, là một cụm trong tổng thể xóm làng, của dân làng, và cả khi có sự bảo trợ của quí tộc vẫn là trung tâm văn hóa của địa phương.

Nhìn chung kiến trúc Chùa Tháp là sự tổng hòa của kiến trúc vật nơi môi trường, có các loại nhà cửa quan hệ hữu cơ với hồ ao, sân, vườn đủ loại cây cao thấp, tất cả được quây lại bằng hàng rào hoặc tường xây để giữ nguyên tắc khép kín. Nguyên tắc này còn được đặc biệt coi trọng ở nhiều Chùa có “điện Thánh” thâm nghiêm kín đáo. Thậm chí cả khi “điện Phật” từ thời Mạc về sau dù hình đồ chữ “Công” hay “nội công ngoại quốc”, và cả “nội tam ngoại công” thì cũng biệt lập với bên ngoài, tạo ra một thế giới Tôn giáo, một “đất Phật” để ai cũng thấy được thăm cảnh riêng. Nhưng ngay trong sự khép kín lại có nguyên lý mở, trước hết là sự hòa quyện của nhà cửa với vườn cây và ao hồ, thực và hư, huyễn ảo, nhân quy mô lên. Từng kiến trúc cụ thể có kết cấu riêng, song không ngăn tách ra bằng tường xây, không tạo ranh giới dứt khoát, mọi dòng chảy của du khách, cả của ánh sáng đều không bị ngắt quãng, vào trong nhà rồi vẫn thấy ngoài trời, lúc nào cũng gần gũi thiên nhiên.

Cái tổng thể và cả cái kết cấu bộ khung gỗ của Chùa cũng hoàn toàn cùng quan niệm với ở nhà dân, nếu không phải là kiến trúc dân gian (rõ nhất là các đại danh Lam thời Lý ), thì cũng là những kiến trúc mang tính dân gian.