Theo Duy thức, cái Biết có nhận thức có đối tượng. Ở đây, nhận thức là đối tượng hóa nhận thức, và đối tượng là nhận thức hóa đối tượng. Nhận thức được đối tượng hóa trở thành "Tôi", chủ thể nhận thức. Cái "Tôi" này cũng là một tác dụng, tại vì nó biểu hiện cái Biết. Tác dụng hàm ý Chuyển động, và Chuyển động, Chiều hướng. Chiều hướng hàm ý Không gian. Do đó, khái niệm Thời gian hiểu theo nghĩa thông thường phát hiện từ Chuyển động trong Không gian, vì chỉ do đo lường Chuyển động trong Không gian thời mới nhận biết được Thời gian. Bởi vậy Thời gian là một hàm số của Chuyển động trong Không gian. Đó là phương cách tâm thức nắm bắt Thời gian. Thường Thời gian được quan niệm lưu chuyển theo tuyến, từ một khái niệm về vị lai trải qua một hiện tại chỉ có trên phương diện lý thuyết đến một khái niệm về quá khứ. Theo cách nói thông thường, Thời gian trôi qua, thời các hiện tượng có thể gọi là Biến cố tiếp nối xảy ra. Như thế, ta có thể bảo rằng Biến cố là hàm số của Thời gian. Chỗ nào có Thời gian thời chỗ ấy có Biến cố. Chỗ nào không có Thời gian, thời không thể có hiện tượng.

Thế nào là hiện tại? Trong thực tế, ta hay dùng chữ "bây giờ" (now) để nói đến hiện tại. Nhưng nếu phân tích đem chia chẻ "bây giờ" ra nhỏ dần thời cuối cùng trên phương diện lý thuyết nó tiêu biến mất. Điều này cho thấy "bây giờ" hiện hữu là bằng vào quá khứ và vị lai. Tuy nhiên, quá khứ và vị lai, cả hai đều không thật, quá khứ chỉ là ức niệm và vị lai chỉ là dự phóng. Vậy khi quá khứ và vị lai bị phủ định thời cái còn lại là cái mà ta gọi là "hiện tại". Hiện tại như vậy không có quan hệ nào khác ngoài quan hệ với cái Biết tức thức chuyển. Chú trọng đến bản tính của thức chuyển, ngài An Huệ giải thích thức chuyển là tổng hợp hai chuyển biến nhân quả đồng thời và nghịch chiều, kāraṇa <==> kārya. Hiện tại chính là sát na triển chuyển: hiện tượng <==> chủng tử, nhân chuyển (huân tập: hiện tượng ==> chủng tử), và quả chuyển (hiện hành: chủng tử ==> hiện tượng) nghịch chiều và xảy ra đồng thời.

Vì tính sát na là tương tục, nên hiện tại vận hành bất tuyệt, bởi vậy quá khứ là hiện tại, vị lai cũng là hiện tại. Không có Thời gian liên tục như kinh nghiệm thông thường nhận biết, mà chỉ có Hiện tại miên viễn, cái hiện tại ngàn đời không ngớt gây bao cảm hứng nơi thi sĩ và triết gia. Các nhà vật lý học hiện nay cũng đã đi đến kết luận như vậy: thời gian chỉ hiện hữu ở chỗ nào có tâm thức nhận biết được huyễn tướng của nó.

Đạo Nguyên ví sự hiểu biết thông thường về thời gian như một người sống trong một thung lũng, băng sông, trèo núi để đi đến một cung điện ở trên đỉnh. Khi mục tiêu đã đạt, tự nhiên có khuynh hướng dep bỏ núi và sông vào quá khứ xem như không chút liên hệ với cuộc sống trong hiện tại. Ông viết: "Mặc dầu núi và sông quả thật bây giờ còn tại đây, tôi [tôi ở đây là quan điểm nhận thức thông thường] nghĩ rằng tôi đã bỏ chúng đằng sau xa và hiện tại tôi đang sống huy hoàng trong một cung điện hồng ngọc. Tôi cảm thấy giữa tôi và núi và sông có một sự cách biệt rộng lớn như giữa trời và đất. Nhưng sự thật không phải chỉ như thế. Thời gian tôi đang leo núi và đang băng sông, tôi hiện hữu tại đấy (trong thời gian), vậy thời gian phải ở trong tôi. Chừng nào tôi đang là tôi ở đó thời không thể nào thời gian trôi qua được." [Chánh pháp nhãn tạng, Hữu-thời (Uji)]

Ý ông muốn nói là không tìm thời gian ở đâu ra trong sự di động từ thung lũng (t1) đến sông (t2) đến núi (t3) và cuối cùng đến đỉnh (t4). Thời gian chính là hữu thể hiện sinh của ta và hữu thể hiện sinh của ta chính là thời gian. Không những trôi qua và bất tương ly với hữu thể của ta, thời gian đồng thời an trú ngay đây trong ta tại mỗi và mọi giây phút hiện tại. Đó là những điểm hiện tại của “hữu-thời” của ta. Mỗi điểm hiện tại hữu-thời của ta luôn luôn là một điểm trong dòng thời gian trôi qua và luôn luôn bao gồm tất cả mọi điểm quá khứ và vị lai khác.

Quan niệm hữu-thời của Đạo Nguyên bắt nguồn từ những kinh nghiệm tâm linh cá nhân sống động và thực thụ về tánh vô thường của vạn hữu. Nhất là cái chết của song thân lúc ông còn thơ ấu, mất cha năm lên hai và mất mẹ năm lên bảy. Bản Kiến tê ký (Kenzeiki) ghi tiểu sử của Đạo Nguyên thuật lại rằng vô cùng xúc động trước các làn khói tỏa bay từ những nén hương tang lễ của mẹ, ông nhận chân tánh cách đoản tạm của đời người, sự luân chuyển không ngừng của quá trình sinh tử làm tiêu hao mọi sự vật, và bản chất duyên sinh của mọi kinh nghiệm ưu, bi, khổ, não. Ông viết trong bản tự thuật Tùy vấn ký (Zuimonki): "Sự chứng ngộ tánh vô thường của thế giới này lay động chuyển hướng tâm tôi tìm đường giải thoát." Ông thường lặp đi lặp lại rằng đời người ngắn ngủi như giọt sương, cái chết không chừa ai, từ vua chúa cho đến kẻ bần cùng, và không có thời giờ để phí phạm vào những chuyện vô bổ làm chướng ngại sự chứng đạo. Theo ông, thấu triệt ý nghĩa của quá trình sinh tử là vấn đề tối quan trọng đối với mọi con Phật.

Có bốn điểm đáng lưu ý khi tìm hiểu quan niệm của Đạo Nguyên về vấn đề sinh tử. Điểm thứ nhất, theo Đạo Nguyên cũng như theo Phật giáo nói chung, sống và chết hay sinh và tử không phải là hai thực thể riêng biệt. Trong Phẩm Sinh tử (Shòji), Đạo Nguyên nhấn mạnh “Thật là sai lầm nếu hiểu sinh chuyển biến thành tử.” Nhận thức cuộc sống trải qua từ sinh đến tử là nhận thức của một kẻ bàng quan đứng ngoài mà vọng tưởng nhìn vào cuộc sống của mình. Giống như một hành khách nhảy ra khỏi đoàn tàu đang di chuyển rồi nhìn vào và mô tả sự di chuyển của đoàn tàu ấy tưởng như có mình đang ngồi trong đó. Theo Đạo Nguyên, an trụ trong tam muội (zazen; Tọa Thiền) mà quán sát quá trình sinh tử thời hành giả thấy sống và chết đồng thời cùng xảy ra một lúc. Không có sống ngoài chết và chết ngoài sống. Đó chỉ là hai cách phát biểu khác nhau về cùng một hình thái hủy diệt siêu thường thường được gọi là biến dịch sinh tử. Nghĩa là sinh khởi và hủy diệt trong từng sát na và cứ như vậy liên tục tiếp nối nhau từ vô thỉ đến vô chung, Hình thái hủy diệt nhỏ nhiệm sâu kín này là bản thể của thực tại, còn được gọi là luân hồi. Như vậy, luân hồi chính nó là Chết theo nghĩa tuyệt đối. Và ngay bây giờ nếu có hành giả nào thực chứng thật tướng của quá trình luân hồi vô thỉ vô chung là thật Chết thời sự chứng ngộ ấy chuyển hóa thành sự thực chứng thật tướng của niết bàn là thật Sống. Bởi thế Đạo Nguyên mới nói: “Các người phải thực nghiệm sinh tử chính trong nó và tự nó là niết bàn. Đạo Phật không bao giờ cách ly niết bàn và sinh tử.” (Biện đạo thoại) Luân hồi là một vấn đề bẩm sinh của hữu thể hiện sinh của con người. Hành giả được giải thoát khỏi luân hồi tức niết bàn, nếu ngay bây giờ thành tựu chứng ngộ ý nghĩa của trạng thái biến dịch sinh tử. Như thế, thực chứng quá trình sinh tử vô thỉ vô chung tức là được giải thoát khỏi luân hồi, nghĩa là vấn đề luân hồi được giải quyết.

Diễn tả lại ý nghĩa của phần vừa trình bày về vấn đề sinh tử, ta có thể nói thường tình mạng sống con người được nhận thức như cái gì phải chết, cho nên bị hạn định bởi một khởi điểm và một chung điểm. Không quan tâm đến điểm khởi đầu hay điểm chấm dứt mạng sống con người, Phật giáo xem sinh mệnh hiện tại là mạng sống đang nhẫn thọ sinh tử trong một quá trình sinh diệt vô hạn, vô thỉ và vô chung, chung cho hết thảy hữu tình chứ không riêng gì cho loài người. Chính trong chiều kích sinh diệt hữu tình mà khái niệm luân hồi và giải thoát khỏi luân hồi tức niết bàn được thi thiết. Đạo Nguyên còn đi xa hơn nữa. Ông đặt chiều kích sinh diệt của hữu tình vào trong chiều kích vô thường khởi diệt hay có không chung cho toàn thể vạn vật trong vũ trụ. Trong chiều kích vô thường, sự luân chuyển bất tuyệt trong các nẻo luân hồi tương ưng với thực trạng biến dịch sinh tử. Theo ông, khi nào vượt thoát ra khỏi mà đồng thời trở lại chiều kích vô thường có không của Hiện tướng, thấy được tất cả mọi hiện tượng chẳng qua cũng chỉ là những biểu tượng khác nhau của Chân như mà thôi, thời chỉ khi ấy mới giác ngộ trực nhận thực tại như thật, đồng thời thực chứng “vô thường tức thị Phật tánh” và “Phật tánh tức thị vô thường”.

Điểm thứ hai, khi nói “Thật là sai lầm nếu hiểu sinh chuyển biến thành tử”, Đạo Nguyên cũng muốn nhấn mạnh sống (sinh) là tuyệt đối sống và chết (tử) là tuyệt đối chết. Đoạn kế tiếp nói rõ chung cùng không có sự qua lại nào giữa sinh và tử: “Sinh là ‘nhất thời vị’ (hitotoki no kurai; trụ nơi một thời), tự nó là một biểu hiện tròn đầy thời (lúc) này với đầy đủ thời trước và thời sau của nó. Bởi thế, trong pháp Phật, sinh là bất sinh. Tử là ‘nhất thời vị’, tự nó là một biểu hiện tròn đầy thời (lúc) này với đầy đủ thời trước và thời sau của nó. Bởi thế, tử là bất tử. Trong sinh, không có gì ngoài sinh và trong tử, không có gì ngoài tử. Như vậy, khi sinh đến, hãy trực diện và hiện thành sinh, và khi tử đến, hãy trực diện và hiện thành tử. Đừng oán ghét chúng, cũng đừng ao ước chúng.”

Những ý trên cũng được trình bày rất rõ ràng trong Phẩm Hiện thành công án (Genjòkòan): “Một khi củi đã đốt ra tro, tro không thể thành củi trở lại. Tuy thế, chớ cho rằng tro đến sau và củi đến trước. Quý vị phải thông hiểu mặc dầu củi ở pháp vị củi bao hàm đầy đủ vị lai và quá khứ, củi siêu quá vị lai và quá khứ. Tro ở pháp vị tro bao hàm đầy đủ vị lai và quá khứ. Giống như củi không trở lại thành củi một khi đã đốt ra tro, con người không sống trở lại sau khi chết. Vì vậy Phật pháp không nói sinh chuyển biến thành tử mà nói là bất sinh, không nói tử chuyển biến thành sinh mà nói là bất tử. Sinh là nhất thời vị, tử là nhất thời vị, giống như Đông và Xuân. Quý vị chớ có nghĩ rằng Đông trở thành Xuân hay Xuân trở thành Hạ.”

Đối với Đạo Nguyên, trong thực tế không có sự “trở thành” từ củi ra tro, từ Đông sang Xuân, và từ sinh đến tử. Quan niệm “trở thành” phát xuất từ tập tính khái niệm hóa và đối tượng hóa quan hệ giữa hai hiện tượng hay biến cố như củi và tro, Đông và Xuân, sinh và tử. Đó chỉ là phóng ảnh của tâm thức, giả ảo, không thật. Thay vì tư duy theo đối tượng và chịu sự biến dịch theo sự thay đổi của đối tượng nhận thức, Đạo Nguyên khuyên Tọa Thiền để chẳng hề rời tuyệt đối vô sai biệt của Phật tánh mà vẫn có thể chứng kiến mọi sự sai thù, mọi biến động của thế giới nhị nguyên. Đây là nhìn sự vật từ bên trong. Trên phương diện bản thể, củi trụ pháp vị củi, tro trụ pháp vị tro. Củi cũng như tro là y tánh duyên khởi. Sinh tử cũng vậy. Trên phương diện thời gian, sinh bao hàm quá khứ và vị lai của sinh, nhưng siêu quá quá khứ và vị lai, nên sinh là bất sinh. Tử bao hàm quá khứ và vị lai của tử, nhưng siêu quá quá khứ và vị lai, nên tử là bất tử. Chính vì thế Đạo Nguyên mới nói sống (sinh) là nhất thời vị và chết là nhất thời vị. Nhất thời vị có nghĩa là sát na triển chuyển, tức trạng huống phi thời gian, thời gian không thời gian, tự nó là một biểu hiện tròn đầy ngay bây giờ, thời (lúc) này, với đầy đủ quá khứ và vị lai của nó.

Điểm thứ ba là trả lời những câu hỏi như “Làm thế nào để khế hợp hai biến cố phi nhất phi dị, sống (sinh) và chết (tử)?”, “‘Pháp vị’ và ‘nhất thời vị’ có nghĩa là gì?” Theo Đạo Nguyên, thực chứng sự khế hợp hai hiện tượng không một không khác, sống và chết, là do giải thoát (tòdatsu) khỏi vòng sinh tử hay thành tựu ‘thân tâm tan rã, tan rã thân tâm’ (shinjin-datsuraku, datsuraku-shinjin). ‘Pháp vị’ và ‘nhất thời vị’ là những kinh nghiệm tâm linh nhận thức bằng hiện lượng. Chúng trực tiếp, và chỉ thẳng tất cả những gì đã cảm nghiệm, không cần nhờ đến biểu tượng hay trí năng. Chúng không bị miêu tả trong những giới hạn của sống và chết, của hiện đến và mất đi, của đến trước và theo sau. Là diệu dụng của tánh Không, chúng được thực chứng trong cách thế hiện thành (genjò) của chúng do giải thoát (tòdatsu) khỏi khung thời không và thành tựu ‘thân tâm tan rã, tan rã thân tâm’. Về vấn đề giải thoát và giác ngộ, Đạo Nguyên giải thích trong Phẩm Toàn cơ (Zenki) như sau.

“Đạo lớn của chư Phật, tu chứng viên mãn, là đạo Giải thoát và Giác ngộ.

Giải thoát có nghĩa là sinh tức giải thoát khỏi sinh và tử tức giải thoát khỏi tử. Như thế, có sự cởi bỏ ràng buộc của sinh tử và sự trầm mình lăn lộn trong sinh tử. Cả hai đều là Đạo tu chứng đến chỗ viên mãn. Có sự ra khỏi sinh tử và sự không xả sinh tử. Đó là tu chứng Đạo đến chỗ cùng cực.

Giác ngộ là sinh, sinh là giác ngộ. Vào giây phút giác ngộ, thời không có gì ngoài sự chứng được sinh hoàn toàn hiện thành và tử hoàn toàn hiện thành.”

Tức là sống với thể tánh của Tâm, thấy mọi sự vật, kể cả sinh và tử, đúng như thực, không hai tướng, không phân biệt, không phân đôi. Do đó, trên quan điểm sinh, mọi hiện tượng kể cả tử đều là sự hiện thành toàn thể của sinh; trên quan điểm tử, mọi hiện tượng kể cả sinh đều là sự hiện thành toàn thể của tử. Bởi thế, Đạo Nguyên nhắc lại lời của Viên Ngộ: “Sinh là toàn cơ hiện, chết là toàn cơ hiện.”

Theo giải thích của từ điển Phật quang, cơ chỉ cho dụng. Toàn cơ, tức hoạt động tự tại vô ngại của Thiền giả. Khi sinh, bằng cơ dụng tuyệt đối độc lập của sự sinh mà cứu cánh pháp giới. Khi chết, bằng cơ dụng tuyệt đối độc lập của sự chết mà cứu cánh pháp giới. Đó là, “Sinh là toàn cơ hiện; chết cũng toàn cơ hiện”. Tức là nói, toàn cơ toàn hiện, toàn cơ hiện, toàn cơ hiện tiền.

Hiểu theo triết lý Hoa nghiêm, thời “toàn cơ” mang ý nghĩa của lý sự vô ngại, căn bản cần thiết để thi thiết pháp giới sự sự vô ngại. “Sự sự vô ngại pháp giới là yếu chỉ của Kinh [Hoa nghiêm]... Lý do mỗi sự sai biệt mỗi mỗi sự khác mà không bị các sự khác ngăn ngại là vì Lý (tánh Không) châu biến hàm dung khắp mọi sự. ... Bởi vì Sự xuất sanh từ Lý, nên một và nhiều hiện khởi nương tựa tùy thuộc nhau. ... Sự sự vô ngại thành tựu chỉ vì đó là kết quả của lý sự vô ngại. ... Giả như Sự không tức Lý, thời Sự không xuất sanh từ Lý và sự này ngăn ngại sự kia. Tuy nhiên, bởi Sự tức Lý, nên sự sự vô ngại. ... Vì Sự xuất sanh từ Lý nên sự sự hỗ tương nhiếp nhập vô ngại.” (Taisho T36.9a28-b7).

Theo công thức “Duyên khởi là Không” của Bồ tát Long Thọ, trên phương diện “sinh” hay “duyên khởi”, tất cả là Hữu, trên phương diện “tử” hay “Không” thời tất cả là Không. Hữu và Không là hai mặt của Toàn thể. Vậy “toàn cơ” chỉ cho Sự trong câu “sinh là toàn cơ hiện”, và chỉ cho Lý trong câu “chết là toàn cơ hiện”. Câu nói của Viên Ngộ, “Sinh là toàn cơ hiện, chết là toàn cơ hiện”, cho thấy sự chứng ngộ bao hàm bốn diện: (1) toàn thể vũ trụ không ngăn ngại sinh hay diệt, vì sinh và diệt bình đẳng, cả hai đều là toàn cơ hiện thành của toàn thể vũ trụ; (2) sinh không ngăn ngại diệt và diệt không ngăn ngại sinh; (3) toàn thể vũ trụ và toàn cơ của nó phát khởi và hiện thành đồng đẳng trong sinh và diệt; và (4) toàn cơ của toàn thể vũ trụ phát hiện trong bất sinh và trong bất diệt.

Diện (4) là quan trọng nhất, vì Đạo Nguyên do tự giải thoát mà thực chứng sinh là bất sinh và diệt là bất diệt, tức nhận chân tự tánh của sinh và diệt vốn Không. Do đó suy ra ba diện kia, (1), (2), và (3), sinh và diệt là hiện thành đồng đẳng của toàn cơ và hỗ tương nhiếp nhập vô ngại, sinh và diệt và toàn thể vũ trụ bất tức bất ly. Chính trong toàn cơ của toàn thể vũ trụ mà thực chứng pháp vị và nhất thời vị của mỗi và mọi pháp.

Điểm thứ tư là theo Đạo Nguyên niết bàn không thể thực chứng ngoài vòng sinh tử. Chứng sinh tử luân hồi là niết bàn ngay khi tự giải thoát và lãnh ngộ tánh Không. Bởi vậy, Đạo Nguyên nói:

“Sinh tử mà nghĩ là cái gì phải đoạn trừ, như vậy là phạm tội oán ghét Phật pháp." (Bendòwa; Biện đạo thoại)

"Đối với kẻ đi tìm Phật ở ngoài sinh tử thời chẳng khác nào điều động xe trực chỉ về phía Bắc để đi xứ Việt ở miền Nam, hay day mặt hướng Nam để nhìn sao Bắc Đẩu; tích lũy nhân sinh tử càng nhiều thêm và lạc mất đường dẫn đến giải thoát. Chỉ hiểu đơn giản rằng sinh tử chính là niết bàn thời không có gì giải bỏ như sinh tử và không có gì tầm cầu như niết bàn. Thấy như vậy thời mới có thể cởi bỏ mọi ràng buộc của sinh tử." (Shòji; Sinh tử)

Đạo Nguyên không ngớt nhấn mạnh sinh tử và niết bàn là đồng nhất:

"Sinh tử là tu hành Phật đạo hằng ngày." (Gyòbutsu igi; Hành Phật uy nghi)

"Sinh tử khứ lai là thân của Chân nhân. Nghĩa là, mặc dầu là nơi chốn luân hồi của phàm phu, sinh tử là nơi chốn giải thoát của Đại Thánh." (Shinjin gakudò; Thân tâm học đạo)

"Sinh tử này chính đó là đời sống của Phật. Nếu thù ghét mà tìm cách xả bỏ sinh tử, thời sẽ bỏ mất đời sống của Phật. Nếu chấp trước và bám trụ vào sinh tử, thời cũng bỏ mất đời sống của Phật, và còn lại chỉ là hình tướng của Phật mà thôi. Ngộ nhập Phật tâm chỉ khi nào không ghét bỏ và không chấp trước bám trụ." (Shòji; Sinh tử)

Tóm lại, quan điểm về sinh tử của Đạo Nguyên do thực chứng thân tâm tan rã, tan rã thân tâm bao gồm bốn khía cạnh tương quan liên hệ với nhau: (1) tánh bất nhị của sống và chết hay của sinh và tử hiểu theo nghĩa luân hồi; (2) sinh cũng như tử mỗi cái tuyệt đối có pháp vị và nhất thời vị riêng của nó; (3) giải thoát khỏi vòng sinh tử thời nhận chân sinh và tử tương tức, tự tánh không hai; (4) sống và chết hay sinh và tử là đời sống của Phật: luân hồi là niết bàn.

Vô thường không phải là nguyên nhân hiện thực sự giác ngộ ở mỗi người, cũng không phải là lý do để tìm giải thoát ngoài những giới hạn của quá trình sinh tử. Ý chí muốn thông suốt ý nghĩa của vô thường đã thúc đẩy mãnh liệt Đạo Nguyên quán chiếu sự quan hệ giũa thời gian và sinh mệnh, giữa vô thường với Phật tánh.

Đạo Nguyên không bác bỏ thời gian quan niệm theo thế tục đế. Tất cả những khái niệm như giây phút hiện tại, ba thời, biến thiên và chuyển động, hay liên tục và tồn tại, đều chỉ là sự thật theo công ước, không diễn tả đúng và đầy đủ tánh vô ngã và vô thường của các pháp. Đạo Nguyên tìm cách thuyết giảng đạo lý hữu-thời hoàn toàn căn cứ trên sự hành trì tận "da, thịt, xương, và tủy" của Chân nhân là kẻ đã ngộ nhập viên mãn tánh cách vô thường của vạn pháp [Bồ tát Long Thọ có lần nói: "Giới hạnh là da, thiền định là thịt, trí huệ là xương, còn diệu tâm là tủy." Diệu tâm là cái Phật mật phó cho hàng con trong đạo (pháp từ). Trí Khải đời Tùy coi tâm như chỗ ở của chư Phật, như trung đạo, bặt hết phân biệt, chẳng phải một chẳng phải tất cả, mà cũng không ngôn từ nào phô diễn cho thỏa đáng được.] Đạo Nguyên bạt thiệp hiểm nguy tìm đến tu học dưới sự hướng dẫn của Thiền sư Như Tịnh ở Trung Hoa là do thúc đẩy mãnh liệt bởi một  nghi tình lớn: Làm thế nào Phật tánh được giải thích là thực tại tuyệt đối, vô vi, thường trụ bất biến mà lại bổng nhiên hiện chứng được trong cái thế giới các pháp hữu vi vào giây phút giác ngộ? Ông không hiểu nổi vì sao trong khi Phật tánh được trình bày vượt ngoài thời gian, không ban đầu và không về sau, thời tiến trình tu tập hiện thực giác ngộ lại được miêu tả như một chuỗi nối tiếp những giây phút hiện tại, và với thời gian dẫn đến mục tiêu là Phật tánh trong tương lai. Đạo Nguyên tán dương câu nói "vô thường là Phật tánh" được xem là của Tổ Huệ Năng, nhưng lại nghi ngờ thuyết kiến tánh không thể là của Tổ như đa số chấp nhận. Theo ông, thuyết này có thể gây hiểu lầm Phật tánh không gì khác hơn là một thực chất thường hằng mà ngoại đạo chủ trương. [Chánh pháp nhãn tạng. Phẩm Tứ thiền bỉ khưu (Shizen-biku)] Ông chỉ trích chủ trương của “Tiên Ni ngoại đạo” (sennigedò) mô tả Phật tánh là siêu thế, vĩnh cửu, và bất biến. Phái này hình dung tác dụng của thời gian đối với Phật tánh như  “căn nhà đang chuyển biến mà chủ nhân vẫn y nguyên không thay đổi”. Đó là lập trường phủ nhận sự cần thiết phải dày công tu tập, thành tâm chuyên nhất, tinh tấn hành thiền để ngộ nhập Phật tánh.

Về quan hệ giữa tu hành và Phật tánh, Đạo Nguyên kín đáo diễn bày ý kiến của ông trong Phẩm Hiện thành công án (Genjòkòan), qua một câu chuyện như sau. Trong lúc Thiền sư Ma Cốc Bảo Triệt đang tự quạt mát, có ông Tăng mon men đến gần và hỏi: "Tánh của gió là thường hằng. Không nơi nào mà gió không thổi đến. Tại sao lại dùng quạt?" Ma Cốc trả lời: "Ông chỉ biết tánh gió là thường hằng mà thôi. Nhưng ông chưa thấu triệt ý nghĩa gió thổi đến khắp nơi." Ông Tăng hỏi lại: "Thế nào là ý nghĩa gió thổi đến khắp nơi?" Ma Cốc tiếp tục quạt. Ông Tăng cúi lạy và bỏ đi.

Trong câu chuyện trên, ý ông Tăng là theo kinh điển thời ai ai cũng có Phật tánh (tánh của gió). Do đó cần gì phải tu tập (dùng quạt) để thành Phật. Nhưng ông Tăng không biết chính vì tánh gió thường hằng nên dùng quạt thời gió mới thổi lên. Nếu không quạt thời tánh thường hằng của gió đâu có hiện thành. Tin rằng gió vẫn thổi lên không cần dùng quạt chẳng khác nào tin rằng hiện chứng Phật tánh mà không cần phải tu hành.

Mở đầu tập Phổ khuyến tọa thiền nghi (Fukanzazengi), tác phẩm đầu tiên viết vào năm 1227 từ Trung Hoa mới trở về, Đạo Nguyên đặt câu hỏi: "Phật đạo, bản nguyên là toàn thiện và phổ cập. Làm thế nào có thể tùy thuộc tu hành và chứng nghiệm?" Nếu Đạo đang, đã, và sẽ luôn luôn hiện thực tại đây và bây giờ, thời tại sao chư Tổ phải trải qua bao nhiêu kiếp tu hành, chịu đựng bao nhiêu gian khó mới tựu thành Phật đạo? Đạo Nguyên không tin giữa Phật tánh thường hằng và thế giới vô thường giả tạm có chướng ngại cách biệt. Ông không tin Phật tánh thường ở trong tiềm thế và hiện thành tùy thời tiết nhân duyên. Về quan điểm này, trong Phẩm Phật tánh (Busshò), ông trích dẫn một đoạn kinh Đại bát Niết bàn tuy không hẳn đúng nguyên văn:

Dục tri Phật tánh nghĩa đương quan thời tiết nhân duyên

Thời tiết nhược chí Phật tánh hiện tiền.

Dịch:            Nếu muốn biết nghĩa Phật tánh, thời phải quán điều kiện thời gian.

Nếu thời đến, Phật tánh sẽ tự hiện.

Ý đoạn văn hiểu theo mọi người là trong thời gian tu tập, phải đợi một lúc nào đó Phật tánh sẽ hiện tiền. Trừ phi lúc đó xảy ra, Phật tánh không hiện chứng được dầu tích lũy công đức nhiều đến đâu. Đạo Nguyên không chấp nhận cách hiểu như vậy, xem Phật tánh ở tiềm thế của một hạt giống, theo luận điệu của “tự nhiên ngoại đạo” (jinen-gedò) đoán định Phật tánh tùy thời tiết mà tự hiện không dính dấp liên can đến công phu hành trì Chánh pháp. Ông sửa lại cách đọc và giải thích: "'Nếu thời đến' có nghĩa là 'thời đã ở tại đây rồi' và không có gì phải nghi ngờ điều này". Ông bảo: "Nói 'nếu thời đến' cũng như nói 'thời đã đến rồi'". Không giây phút nào là không thời tiết nhân duyên hiện chứng Phật tánh.

Theo ông, Tọa thiền không khác với giác ngộ. Tu là tu nơi sự chứng, gọi là “bản chứng diệu tu” (honshò myòshu). “Trong pháp Phật, tu tập và chứng ngộ đồng nhất. Bởi tại tu tập trong hiện tại là tu tập nơi sự chứng, cho nên sơ phát tâm Bồ đề tự nó là toàn giác, là tuệ giác vốn có (Bản giác).” (Bendòwa; Biện đạo thoại) Phật tánh hé mở từng giây phút một, trong từng niệm một. Yếu quyết tu chứng nhất đẳng của Đạo Nguyên nối kết hai khái niệm tương phản, thời gian và vĩnh cửu.

Mặt khác, trong tư tưởng Đạo Nguyên, phát biểu “Tất hữu là Phật tánh” hàm ngụ không gian tính và “Vô-thường tức Phật-tánh” hàm ngụ thời gian tính. Theo Đạo Nguyên, vấn đề sinh tử của con người thật sự được hoàn toàn giải quyết chỉ khi nào vượt lên trên chiều kích sinh diệt của hữu tình mà đặt nó vào trong chiều kích khởi diệt hay có không chung cho toàn thể vạn vật trong vũ trụ. Như vậy là đặt cơ sở giải thoát con người trong chiều kích biến dịch của vũ trụ bao la. Nhưng không có nghĩa là trước hết có thời gian, rồi trong thời gian đó Xuân đến. Cũng không có nghĩa là có một thời gọi là Xuân, rồi trong đó, hoa nở. Nói cho đúng thời hoa đang nở chính là sự đang đến của Xuân, tức thời gian gọi là “Xuân”. Không có Xuân tách riêng ra ngoài những sự kiện hoa nở, chim hót, cỏ lên cao, gió hiu hiu thổi. Không có thời gian tách riêng ra ngoài những hiện tượng hóa dịch trong vũ trụ. Đạo Nguyên bảo rằng, “Các thời có màu sắc như xanh, vàng, đỏ, và trắng.” (Kùge; Không hoa)

Đạo Nguyên đồng nhất hữu và thời, tức hữu tức thời. Ngay đầu Phẩm Hữu-thời, ông xác định: "'Hữu thời' có nghĩa là, thời gian chính nó là hữu, và tất hữu là thời gian." Hữu và thời tương tức tương ly, hai thứ lìa nhau và tức nhau. Bất cứ hữu nào và hết thảy mọi hữu đều là thời gian, và bất cứ thời nào và hết thảy mọi thời đều không thể cách ly hữu. “Núi là thời gian và biển là thời gian. Nếu không như thế, thời không có núi không có biển. Vậy chớ có nói không có thời gian trong hiện nay (nikon; nhi kim) của núi và biển. Nếu thời gian bị hủy diệt, núi và biển cũng bị hủy diệt. Nếu thời gian bất năng hủy diệt, núi và biển cũng bất năng hủy diệt. Trong Chánh pháp, sao mai hiện đến, Như Lai hiện đến, mắt hiện đến, tay hoa hiện đến. Mỗi mỗi là thời gian. Nếu không thời gian thời sự vật đâu hiện thành như vậy.” (Uji; Hữu-thời)

Hữu và thời được thấy đồng nhất không phải do cái nhìn chủ quan của tự ngã. Cũng không phải do kiến giải triết học. Tánh đồng nhất của hữu và thời được chứng ngộ ngay lúc ngồi xuống, Tọa thiền, trong ngoài thân tâm tất cả đều xả, ví như hư không, không có chỗ thủ trước, thân tâm tan rã, tan rã thân tâm. Sự sai biệt giữa hữu và thời tiêu biến trong trạng thái tâm linh của người chứng ngộ. Đây là cái thấy của đạo nhãn, thấu rõ ràng hữu và thời cả hai đều bình đẳng như nhau ứng hóa từ một nguyên lý duy nhất. Đối với Đạo Nguyên, đạo lý Hữu-thời tức tánh đồng nhất của hữu và thời là diệu dụng hiện tiền của "Tự Ky của trước Không kiếp" (Sansui kyò; Sơn thủy kinh). Không kiếp là chưa có thế giới; ở đây, Tự Ky là (Chân) Ngã, bản tánh của chúng sinh trước Không kiếp, tức Chơn tâm, không hạn cuộc ở trong mọi thời và trong tất cả những nơi chốn. Như vậy, đạo lý Hữu-thời phát sinh từ Chân Ngã, chứ không phải từ tự ngã. Chân Ngã siêu thoát thân và tâm, chẳng sinh chẳng diệt, phi hữu phi vô, thông suốt cổ kim, biến khắp tất cả toàn thể không gian vô biên và toàn thể thời gian vô hạn. Bởi thế, Đạo Nguyên nhấn mạnh, "Chân Ngã là thời gian" (Uji; Hữu-thời), và "toàn thế giới khắp mười phương là Chân Ngã" (Kòmyò; Quang minh). Do giác ngộ Chân Ngã mà Đạo Nguyên thực chứng đạo lý Hữu-thời.

Tuy nhiên, Đạo Nguyên không chỉ đồng nhất hữu và thời. Đặc tính chung của hữu và thời là tánh biến dịch, là tánh vô thường. Đối với Đạo Nguyên, hết thảy mọi hữu đều biến dịch, tất cả hữu đều vô thường. Vậy tất hữu là Phật tánh, vì ông phản bác một Phật tánh bất biến vượt ngoài tánh vô thường, trái ngược với cách hiểu thông thường của mọi người. Về thời gian cũng vậy, cách nhận thức của ông khác hẳn với lối nhìn thông tục. Ông viết: “Các người chớ có nghĩ rằng thời gian chỉ bay qua. Đừng có cho rằng bay qua là tác dụng duy nhất của thời gian. Nếu thời gian chỉ bay qua thời nó lưu lại những khoảng trống. Lý do không kinh nghiệm tánh tương tục (kyòryaku; kinh lịch) của hữu-thời và không thông hiểu đạo lý hữu-thời là vì các người khi nghĩ đến thời gian thời chỉ nghĩ đến sự bay qua. Trên phương diện bản thể, mỗi và mọi hữu trong toàn vũ trụ tại mỗi thời là một thời vị (độc lập), mặc dầu chúng nối tiếp thành chuỗi liên tục. Chừng nào chúng là hữu-thời, chúng là hữu-thời của tôi. Hữu-thời có tánh tương tục.” (Uji; Hữu-thời)

Trên quan điểm cho rằng thời gian chỉ bay qua, quá khứ và vị lai tất phải xa lìa hiện tại và như vậy tạo khoảng trống khắp nơi. Kyòryaku, Nhật viết chữ Hán phiên âm là kinh lịch, ở đây dịch là tương tục. Luận sư Masao Abe theo nghĩa, dịch tiếng Anh là "passageless-passage", qua phi qua, tức là bay qua mà không bay qua. Vậy tương tục hay qua phi qua luôn luôn là hiện tại, giây phút Phật tánh hé mở. Nói cách khác, Phật tánh luôn luôn hiển bày như thời gian, hay nói chính xác hơn, như thời hiện tại. Câu "chúng là hữu-thời của tôi" hàm ý rằng tôi là hữu-thời, tất cả sự vật hiện hữu như thời vị đều là hữu-thời trong tôi, tôi có thời gian (động dụng thi vi, đi Đông đi Tây, ăn cơm mặc áo, ...).

Câu "chúng là hữu-thời của tôi" ám chỉ đoạn văn mở đầu Phẩm Hữu-thời:

"Cổ Phật nói: Có khi (hữu thời) đứng trên đỉnh núi cao cao (cao cao phong đỉnh lập). Có khi đi dưới đáy biển sâu sâu (thâm thâm hải để hành). Có khi ba đầu tám tay. Có khi trượng sáu, tám thước. Có khi trụ trượng phất tử. Có khi cột móc lồng đèn (lộ trụ đăng long). Có khi Trương Tam Lý Tứ. Có khi đại địa hư không." Taisho vol. 83. Số 2582, tr. 45b; Tuệ Sỹ dịch Việt]

Hãy lưu ý chữ "hữu thời" trong đoạn văn trên được dịch là "có khi" (Nhật: aru toki). Cổ Phật, ở đây là Dược Sơn Duy Nghiễm, nói: có khi tôi động dụng như thế này, có khi như thế kia, ... Dịch như thế là đối tượng hóa thời gian, cách ly thời gian với hữu, làm như thể "có khi"  đến từ vị lai và biến mất trong quá khứ, và hữu là sự vật hiện hữu hạn cuộc trong một khoảng ngắn của dòng thời gian vô tận. Để làm sáng tỏ nghĩa bất tức bất ly của hữu và thời, Đạo Nguyên đọc riêng hai chữ là "hữu-thời", giải thích ý nghĩa tiềm ẩn trong chữ nguyên thủy hữu thời (có khi) là mỗi thời "có khi", bất kỳ khi nào và mọi khi, là một biểu hiện trực tiếp của hữu hiện thành, và ngược lại.

Theo đoạn văn trên, Đạo Nguyên do chứng nghiệm tánh biến dịch, tánh vô thường mà thấy hữu và thời đồng nhất. Nhìn các pháp thế gian thấy được tánh vô thường và thấu thoát tánh vô thường thời nhận chân dòng sinh diệt ảo mộng của vạn pháp trong pháp giới, Sự Lý dung thông, không gian tính và thời gian tính hợp nhất. Và vì tất hữu là Phật tánh cho nên mọi thời là Phật tánh. Ý niệm này được Vân Môn Đại sư khéo léo diễn tả nói là "Ngày nào cũng là một ngày đep."

Trở lại với hai câu “Dục tri Phật tánh nghĩa đương quan thời tiết nhân duyên; Thời tiết nhược chí Phật tánh hiện tiền.”, thay vì đọc: "Nếu muốn biết nghĩa Phật tánh, thời phải quán điều kiện thời gian. Nếu thời đến, Phật tánh sẽ tự hiện.", Đạo Nguyên đề nghị cách đọc mới: "'Nếu muốn biết nghĩa Phật tánh' có thể đọc là 'Ngay bây giờ biết nghĩa Phật tánh.' 'Phải quán điều kiện thời gian' có nghĩa là 'Ngay bây giờ chứng điều kiện thời gian.' Nếu muốn biết Phật tánh, thời phải thực chứng chính ngay điều kiện thời gian là Phật tánh, chứ không gì khác. Nói 'Nếu thời đến' có nghĩa là 'Thời đã ở tại đây rồi, và không có gì phải nghi ngờ điều này.'" (Busshò; Phật tánh)

Chữ "đương quán" (tòkan) thường dịch là "phải quán". Đạo Nguyên cho rằng dịch như thế là phân biệt một chủ thể đang coi chừng hay chờ đợi một cái gì và xem hiện tại chỉ là một phương tiện hay quá trình đạt đến một điểm nào đó trong tương lai. Bởi thế, ông đọc là 'chứng ngay bây giờ'. Câu "thời tiết nhược chí", tiếng Nhật đọc là jisetsu nyakushi, và thường dịch là "nếu thời đến". Nhưng chữ Nhật nyaku ngoài nghĩa "nếu" còn có một nghĩa nữa là "rồi, đã rồi". Đạo Nguyên dùng nghĩa ít thông dụng này và đọc là "thời đã ở tại đây rồi".

Quả tình Đạo Nguyên không chấp nhận bất cứ dự liệu hay kỳ vọng nào nhằm chứng ngộ trong tương lai. Theo yếu quyết tu chứng nhất đẳng của ông, Tọa thiền là giác ngộ ngay bây giờ, tại đây, trong từng niệm một. Khoảnh khắc chứng đạo là vĩnh cửu, như Tăng Xán nói, “nhất niệm vạn niên, vạn niên nhất niệm”, Tổng Trì gọi là “nước Phật bất động”, và Huệ Năng gọi là “sát na tam muội”.

Đạo Nguyên không chấp nhận thời gian liên tục, không chấp nhận có linh hồn bất tử, hay đời sống vĩnh hằng sau khi chết.  Sống là tuyệt đối sống, chết là tuyệt đối chết; Xuân là tuyệt đối Xuân, Hạ là tuyệt đối Hạ; mỗi mỗi là thế (như thị), “đến như vậy” từ “cái gì”. Xưa tự trụ nơi xưa, nay tự trụ nơi nay, xưa chẳng đến nay, nay chẳng đến xưa. Không đến cho nên chẳng qua lại, chẳng trở thành. Đó là quan niệm "đương quán" tức chứng điều kiện thời gian của Đạo Nguyên. Khi chứng điều kiện thời gian tại mỗi và mọi thời, tất nhiên thấy không có gì vượt quá thời gian, không có gì tách biệt thời gian. Theo Đạo Nguyên, quán điều kiện thời gian là quán xuyên qua điều kiện thời gian. Chứng thời gian như thời gian tức chứng nhập Phật tánh. Thời gian là Phật tánh, và Phật tánh là thời gian.

Đó là lý do vì sao Đạo Nguyên không đọc "nếu thời đến" mà đọc là "thời đã đến rồi". Thời cơ thành thục không hiện đến vào một thời nào riêng biệt của lịch sử; bất kỳ thời nào của lịch sử đều là thời của thời cơ thành thục. Quan niệm này dính kết với ý niệm của ông về tánh gián đoạn của thời gian và tánh độc lập riêng biệt của mỗi thời. Chỉ khi nào phủ định thời tính, nghĩa là chứng sự hoàn toàn gián đoạn của thời gian và tánh độc lập của mỗi thời, thời thời gian mới là thật thời gian. Không thời nào không là của thời cơ thành thục.

Ông viết: "'Nếu thời đến' tức là 'thời đã đến rồi'. Nếu thời đã đến rồi, tại đây, thời Phật tánh không cần phải đến. Do đó, chính thời bây giờ đã đến tại đây là biểu hiện tức thời của Phật tánh. Hay, 'kỳ lý tự chương', nghĩa là cái đạo lý này sáng rõ, bất chứng tự minh. Chưa bao giờ có thời nào mà chẳng đã đến rồi. Không có thể có Phật tánh nào khác với Phật tánh đang hiện chứng ngay bây giờ và tại đây." (Busshò; Phật tánh)

Thời gian tuy nhiên lưu chuyển mặc dầu hoàn toàn gián đoạn và các thời độc lập riêng biệt. Đạo Nguyên gọi đó là tánh tương tục (kyòryaku; kinh lịch), nghĩa là qua phi qua, chuyển động tuồng như bay qua mà kỳ thật không bay qua. Vì thế, chuyển động của thời gian là hai chiều qua lại khả đảo. "Hữu-thời có tánh tương tục: tương tục từ hôm nay đến ngày mai, từ hôm nay đến ngày qua, từ ngày qua đến hôm nay, từ hôm nay đến hôm nay, từ ngày mai đến ngày mai. Đó là tại vì tương tục là một tánh của thời gian. Thời quá khứ và thời hiện tại không phủ lớp lên nhau, hay sắp xếp thành hàng. Thanh Nguyên là thời, Hoàng Bá là thời, Mã Tổ và Thạch Đầu cũng là thời, vì tự và tha cả hai đều là thời. Tu chứng là thời. Lấm bùn văng và thấm nước ướt cũng là thời. [Có nghĩa là hữu-thời không chỉ giới hạn nơi hữu và phi hữu]" (Uji; Hữu-thời)

Ý niệm tương tục hay qua phi qua là do sự hiện chứng đồng thời quá khứ vô thỉ và vị lai vô chung cùng trong sát na tam muội thấy được Phật tánh: trở lại là đi qua, đi qua là trở lại, hay chẳng qua chẳng lại, chẳng đến chẳng đi. Thấy được tánh vô thường của vũ trụ và tánh tương tục của thời gian không một không khác là do hành trì tu chứng không ngưng nghỉ. Theo Đạo Nguyên, Tọa thiền là phương pháp duy nhất để thực chứng đạo lý hữu-thời và thời cơ thành thục tại mỗi và mọi thời. Cực điểm của Tọa thiền là giây phút chứng tất hữu là Phật tánh, mọi hữu trong vũ trụ đều giác ngộ và mọi thời trong lịch sử đều hiện thành vĩnh cửu. Đó là khoảnh khắc bây giờ và tại đây trong hiện tại tuyệt đối. Không thể có giác ngộ trừ phi Tọa thiền ngay bây giờ và tại đây, trừ phi thành tựu thân tâm tan rã, tan rã thân tâm trong hiện tại. Thời gian lưu chuyển từ hiện tại đến hiện tại. Sự vật trong vũ trụ tương dung tương nhiếp, mọi hữu đều bình đẳng, mỗi hữu vừa là một cho riêng nó và vừa là tất cả trong nó. Đó là cảnh giới hiện chứng Phật tánh. Đó không phải cứu cánh mà là điểm khởi đầu của đời sống con Phật.