Chùa do Thiền sư Khánh Long dựng vào thế kỷ XVIII nên còn được gọi là chùa Khánh Long. Sách Gia Định thành thông chí giới thiệu về chùa: “Ở đuôi dãy núi Châu Thới về phía Bắc, nứt ra một chi chạy đến địa phận thôn Long Tuy, rồi nổi lên gò cao bằng phẳng rộng rãi; ở trên núi có hang hổ và suối nước, dân chúng ở dọc theo đó. Trên núi có chùa Hội Sơn là chỗ Thiền sư Khánh Long sáng tạo để tu hành...”

Chùa Hội Sơn là di tích lịch sử - văn hóa quốc gia

Chùa được trùng kiến, mở rộng vào thời Thiền sư Huệ Tấn (1875-1924). Đến năm 1933, ông Tri huyện Nguyễn Minh Giác tiếp tục trùng tu. Năm 1938, Ni sư Thích nữ Như Thanh và đệ tử là Thích nữ Như Tiên đã tổ chức trùng tu, xây dựng thêm nhiều công trình phụ.

Chùa đã trải qua 11 đời trụ trì: Tổ khai sơn Khánh Long, Tổ Đức Hội, Tổ Chân Truyền, Tổ Huệ Tấn, Tổ Đạt Biên, Tổ Như Quới, Tổ Hồng Đạo, Ni sư Thích nữ Như Thanh, Sư cô Thích nữ Như Tiên, Đại đức Thích Nhật Phát. Đại đức Thích Thiện Hảo, trụ trì ngôi chùa hiện nay đã tổ chức trùng tu nhiều đợt.

Chánh điện

Sân chùa rộng rãi, tôn trí một số tượng Phật, Bồ-tát. Trước ngôi chánh điện, đặt tượng Đức Phật Thích Ca, hai bên ngôi chính điện đặt tượng Bồ-tát Di Lặc giáng trần và Bồ-tát Quán Thế Âm xuất sơn.

Chùa có nhiều công trình kiến trúc: tiền đường, điện Phật, Bát Nhã đường gồm nhà Tổ, giảng đường và một số công trình khác như: nhà trù, nhà túc, nhà tăng, nhà khách... để phục vụ chư Tăng Ni, Phật tử về chùa dự các đại lễ hằng năm.

Tôn tượng Quan Âm Thiên Thủ Thiên Nhãn

Trong chính điện có bốn cây đại trụ bằng gỗ quý, trên thân có cặp câu đối và hoa văn chạm liền một khối rất đẹp:

Di Đà kinh trung, Hồng Danh kinh trung; kinh kinh nguyện âm siêu dương  thịnh,
Lăng Nghiêm hội thượng, Đại Bi hội thượng; hội hội cầu quốc thái dân an. 

(Trong kinh Di Đà, trong kinh Hồng Danh; kinh nào cũng nguyện cho âm siêu dương thịnh,
Trên hội Lăng Nghiêm, trên hội Đại Bi; hội nào cũng cầu cho nước thịnh dân an. - Trương Ngọc Tường dịch)

Tôn tượng Bồ-tát Đại Thế Chí

Ở điện Phật, tầng trên tôn trí tượng Đức Phật Thích Ca, tầng kế đặt thờ bộ tượng Di Đà Tam Tôn: Đức Phật A Di Đà và hai vị Bồ-tát Quán Thế Âm, Đại Thế Chí. Phía trước và hai bên vách hông, chùa đặt thờ nhiều tượng: Hộ Pháp Vi Đà, Tiêu Diện, La-hán, Minh Vương, Địa Tạng, Ngọc Hoàng ...

Tôn tượng Tiêu Diện đại sĩ

Chùa có 6 bức hoành phi cổ, trong đó có bức ghi chữ “Vạn đức hồng danh” do vua Khải Định tặng, 30 pho tượng cổ, trong đó tượng Đức Phật A Di Đà cao 1,2m, tượng Chuẩn Đề cao 1m và tượng Tiêu Diện cao 1m được tạo tác từ thế kỷ XVIII.

Bộ tượng La-hán

Chùa có hai khu tháp mộ cổ. Bên phải là tháp Tổ Khánh Long và Tổ Chân Truyền. Bên trái là tháp Tổ Huệ Tấn.

Bàn thờ Hộ Pháp, Minh Vương

Bên trái ngôi chùa có đường dẫn lên điện thờ Quan Thánh.

Bàn thờ La-hán

Khu đất chùa được xếp là một trong 26 di tích khảo cổ học (thuộc thời kỳ kim khí) ở thành phố Hồ Chí Minh. Các nhà khảo cổ học đã tìm được rìu đá, đục đá, nhiều mảnh gốm... có niên đại khoảng 4.000 năm.

Bàn thờ lịch đại Tổ sư

Chùa đã được Bộ Văn hóa công nhận là di tích lịch sử - văn hóa cấp quốc gia.

Chùa Hội Sơn là một danh lam thắng cảnh ở thành phố Hồ Chí Minh. Chùa thường xuyên đón tiếp nhiều du khách, Phật tử, sinh viên học sinh đến lễ bái, sinh hoạt, cắm trại, vui chơi trong không gian thoáng đãng, an lạc.