Hiện nay, ở vùng Trí Yên, nhân dân còn truyền lại câu chuyện: Vua Trần Nhân Tông sau khi dẹp xong giặc Nguyên Mông đã truyền lại ngai vàng cho con và Ngài đã cùng các môn đồ du ngoạn khắp nơi để đăng đàn thuyết pháp và tìm nơi đắc địa dựng chùa, xây tháp... Khi ngài tới vùng Đức La của huyện Phượng Nhãn, lộ Bắc Giang, bỗng nhiên con tuấn mã của ngài hí vang, phi nước đại, ngài đã dùng hết sức để ghìm nó lại nhưng không được. Thấy vậy, dân làng trong vùng kéo ra sụp lạy, con tuấn mã mới dừng. Biết là đất thiêng linh ứng, ngài bèn vào thăm ngôi cổ tự sau đó cho mở mang nơi đây thành một ngôi chùa lớn và đặt tên là chùa Vĩnh Nghiêm. Sách "Tam tổ thực lục" ghi: "Trạng nguyên Lý Đạo Tái một hôm theo vua (Trần Anh Tông) đến huyện Phượng Nhãn vào chùa Vĩnh Nghiêm nghe Pháp Loa giảng kinh, bèn dâng biểu xin xuất gia tu đạo. Vua ưng cho, bèn thụ giáo với Pháp Loa, lấy Phật hiệu là Huyền Quang". Sau lần giác ngộ Phật đạo ở chùa Vĩnh Nghiêm, vua Trần Nhân Tông, Pháp Loa, Huyền Quang đã lập nên giáo phái Trúc Lâm - ba vị trở thành Tam tổ. Đến năm Hưng Long thứ 12 (1304) đời vua Trần Anh Tông, vào tháng 4, Giác Hoàng Điều Ngự Trần Nhân Tông đến chùa Vĩnh Nghiêm làm lễ kết hạ, cho Pháp Loa đại sư trụ trì. Năm thứ 21 - Quý Sửu (1313) Tịnh Trí Tôn Giả Pháp Loa phụng chiếu đến chùa Vĩnh Nghiêm định chức tăng đồ trong toàn quốc và cho đặt dựng một trăm ngôi chùa lớn ở các nơi. Nhìn tổng thể chùa Vĩnh Nghiêm, thấy đây là một kiến trúc tứ giác với bộ phận trước tiền đường gồm sân, vườn hình thành từ tam quan chùa trở vào. Khu vực chính của chùa được tạo bởi toà tam bảo (hình chữ công), đến nhà tổ đệ Nhất (hình chữ công), tiếp là gác chuông và cuối cùng là nhà tổ đệ Nhị, ở hai bên tả vu và hữu vu là hai dãy hành lang (mỗi dãy 15 gian). Tổng thể kiến trúc chùa Vĩnh Nghiêm theo một trục dọc quay hướng Nam ghé Đông. Về tư liệu Hán - Nôm ở chùa Vĩnh Nghiêm còn lưu giữ được: 09 bia đá xanh từ thế kỷ XVII đến thế kỷ XX; 01 chuông đồng đúc năm Minh Mạng thứ 11 (1830); 12 bức hoành phi; 14 đôi câu đối…

Ngoài công trình kiến trúc, một trong những di sản văn hoá đặc biệt quý giá ở chùa Vĩnh Nghiêm là kho mộc bản kinh Phật do các vị sư tổ Thiền phái Trúc Lâm cho san khắc còn lưu giữ đến ngày nay. Theo lịch sử Thiền phái Trúc lâm, để phục vụ việc truyền giảng và lưu hành giáo lý, tư tưởng của dòng phái, từ những năm đầu thế kỷ XIV, sư tổ đệ nhị đã cho san khắc các bộ kinh luật tại chùa Vĩnh Nghiêm như: Đại tạng kinh, Tứ phần luật, Kim cương tràng đà la ni kinh khoa chú, Tuệ trung thượng sĩ, Tham thiền chí yếu, Niết bàn đại kinh khoa sớ, Pháp hoa kinh khoa sớ…Qua công tác kiểm kê kho mộc bản hiện còn hơn 3.000 bản lẻ thuộc các thể loại được san khắc nhiều đợt và nhiều thời điểm khác nhau, cụ thể: Vào thời vua Tự Đức khắc vào các năm thứ 26, 34, 37, 39 (năm 1873, 1881, 1884, 1886); Vua Thành Thái (khắc năm 1907); vua Bảo Đại năm thứ 7 và thứ 10 (năm 1932, 1935)…Nguyên liệu để khắc là gỗ thị, loại gỗ trắng, mềm, mịn, dai, dễ khắc, ít cong vênh, ít nứt vỡ, hiện nay đều trong tình trạng tốt. Kích thước của các bản khắc cũng không đồng đều, bản khắc lớn nhất chiều dài khoảng hơn một mét, rộng 40 - 50 cm, bản nhỏ nhất chỉ khoảng 15x20 cm.
Về mặt khoa học, lịch sử, đây là bộ sưu tập mộc bản kinh sách Phật duy nhất hiện còn được lưu giữ về Thiền phái Trúc lâm. Kho mộc kinh được coi như bảo vật quốc gia và là nguồn di sản tư liệu phong phú, đa lĩnh vực về lịch sử phật giáo, tư tưởng văn hoá hành đạo, nhập thế của dòng thiền Trúc lâm, lịch sử nghề khắc in mộc bản, thân thế sự nghiệp của một số vị cao tăng có nhiều cống hiến cho sự phát triển nền văn hoá truyền thống của dân tộc…UBND tỉnh Bắc Giang đã xây dựng hồ sơ trình UNESCO công nhận di sản tư liệu trong chương trình Ký ức thời gian thế giới.
Di sản Hán - Nôm ở chùa Vĩnh Nghiêm rất đa dạng về thể loại và phong phú về nội dung, có giá trị to lớn về lịch sử văn hoá góp phần làm sáng tỏ một ngôi chùa cổ - chốn tổ của thiền phái Trúc Lâm - Việt Nam. Đây một đại danh lam cổ tự, một Thiền viện - Trung tâm đào tạo tăng đồ trong suốt thời gian gần tám thế kỷ hình thành và phát triển của Phật phái Trúc Lâm Yên Tử. Chùa Vĩnh Nghiêm đã được các nhà nghiên cứu lịch sử văn hóa xem như một bảo tàng văn hoá Phật giáo Đại thừa khá tiêu biểu ở miền Bắc Việt Nam. Đã hơn 800 năm, chùa Vĩnh Nghiêm vẫn tồn tại với vai trò là một trung tâm Phật giáo, một Thiền viện đào tạo các tăng, ni nổi tiếng trong cả nước, vẫn mãi là chốn tổ, là đại danh lam để khách thập phương đến thăm quan và thắp hương lễ Phật đặc biệt là dịp đầu xuân.