Mỗi một tông phái thì đều có phương pháp tu hành khác nhau theo các Kinh Mật Tông khác nhau nhưng tất cả các tông phái đều cùng thực hành 4 bậc Mật Tông đó là: 1) Lễ Bái Mật Tông, 2) Nghi Lễ Mật Tông, 3) Thiền Quán Mật Tông, 4) Tối Thượng Mật Tông.   

Mật Tông thì tiếng Phạn gọi là Tantra. Đạo Bà La Môn (Hinduism)  cũng có Tantra nhưng mà cái Tantra này không phải là Tantra của trong Kinh Mật Tông dạy. 

Đây là sơ lược về 4 tông phái Mật Tông tại Tây Tạng: 

1) Nyingmapa: 

Tông phái Nyingmapa được khai sáng do Ngài Padmasambhava, là vị đem Phật Giáo Mật Tông từ Ấn Độ truyền sang Tây Tạng vào đầu thế kỷ thứ 7 sau TL. Ngài Padmasambhava đem theo tất cả Kinh Mật Tông bằng tiếng Phạn qua Tây Tạng vì vậy mà hiện nay chỉ có ở Tây Tạng là có đủ tất cả các Kinh Mật Tông. Ngài Padmasambhava đã dịch rất nhiều Kinh Mật Tông từ tiếng Phạn ra tiếng Tây Tạng. Ngài Padmasambhava đã truyền lại giáo lý Mật Tông cho 25 người đệ tử và sự truyền thừa đó vẫn tiếp tục cho đến bây giờ. 

Theo truyền thyết thì Ngài Padmasambhava đã hàng phục vị Thần Chủ xứ Tây Tạng cùng nhiều quỷ thần khác để cho họ quy y theo Phật Pháp và trở thành các vị Hộ Pháp tại các tu viện. 

2) Kagyupa

Do Marpa Chokyi Lodoe Khai sáng vào đầu thế kỷ thứ 10 sau TL. Ngài Marpa là đệ tử của Ngài Naropa. Ngài Naropa là vị đã truyền dạy về 6 pháp Thiền Quán về Mật Tông và Đại Thủ Ấn cho ngài Marpa và Ngài Marpa đã truyền lại cho đệ tử là Ngài Milarepa và Ngài Milarepa đã truyền lại cho hai vị đệ tử là các Ngài Gampopa, Rechungpa và sự truyền thừa vẫn liên tục không gián đoạn cho đến nay. 

3) Kadampa 

Do Ngài Atisa khai sáng vào giữa thế kỷ thứ 9 sau TL. Ngài Atisa đã cho dịch ra rất nhiều kinh Mật Tông từ tiếng Phạn sang tiếng Tây Tạng. Ngài Atisa đã truyền giáo lý Mật Tông cho các vị đệ tử và sự truyền thừa vẫn liên tục không gián đoạn cho đến nay. 

4) Sakya 

Do Ngài Khon Konchok Gyelpo Khai sáng vào đầu thế kỷ thứ 11 sau TL. Ngài Khon Konchok Gyelpo đã truyền lại giáo lý và các pháp tu cho các đệ tử và sự truyền thừa vẫn liên tục không gián đoạn cho đến nay. 

5) Gelupa 

Do Ngài Je Tsongkhapa khai sáng vào đầu thế kỷ thứ 15 sau TL. và sự truyền thừa vẫn liên tục không gián đoạn cho đến nay. 

Trong các tông phái kể trên thì chỉ có tông phái Gelupa là các vị xuất gia còn các tông phái Nyingmapa, Kagyupa, Sakyapa thì đa số là các vị cư sĩ vì vậy mà rất nhiều người không hiểu biết nói là các sư Tây Tạng có vợ là một sự sai lầm rất lớn. 

Giáo lý Mật Tông có hai phần Hiển Giáo và Mật Giáo. 

Hiển Giáo: Là tất cả cá giáo lý Tiểu Thừa, Đại Thừa và tất cả các Kinh, Luật, Luận của Tiểu Thừa và Đại Thừa. 

Mật Giáo: Là tất cả các giáo lý trong các kinh Mật Tông thí dụ như là phương pháp Thiền Quán Tưởng Đức Phật Bổn Tôn, phương pháp Chuyển Hoá Thân Thành Thân Bổn Tôn, phương pháp tạo đồ hình Mạn Đà La, phương pháp Tự Thọ Quán Đảnh, phuơng pháp Truyền Pháp Quán Đảnh, phuơng pháp Chuyển Di Thần Thức, phương pháp Cung Thỉnh Chư Bổn Tôn, phương pháp Câu Triệu và Hàng Phục Thiên Long Quỷ Thần v.v rất là nhiều các pháp hành trì của Mật Tông khác. 

Rất nhiều kinh Mật Tông chỉ có trong Đại Tạng Kinh Tây Tạng chứ không có trong Đại Tạng Kinh Hán là bởi vì các vì phiên dịch kinh Phật từ Phạn sang Hán khi xưa không có tu hành theo Mật Tông. Ngay cả khi Ngài Huyền Trang thỉnh Kinh Phật từ Ấn Độ về thì cũng chỉ đem về một số lượng rất là ít ỏi so với hàng ngàn bộ Kinh Mật Tông hiện có bằng tiếng Tây Tạng và tiếng Phạn ở tại các tu viện Tây Tạng. 

Nền tảng của triết lý Mật Tông là triết lý của Duy Thức, Hoa Nghiêm, Bát Nhã, Bồ Đề Tâm. Triết lý Mật Tông đặt nền tảng trên các Kinh của Đại Thừa và Mật Tông và các bộ Luận như là Trung Luận, Du Già Sư Địa Luận, Nhân Minh Luận,Nhập Trung Luận,Đại Thừa Trang Nghiêm Kinh Luận, Biện Trung Biên Luận, Bồ Đề Đạo Thứ Đệ Quảng Luận v.v. 

Triết lý và phương pháp hành trì của Mật Tông căn bản vẫn xây dựng theo tiến trình Giới-Định-Tuệ như tất cả mọi đường lối tu tập khác của Phật giáo. Tuy nhiên Mật Tông đặt nặng về Gia Trì Lực của Chư Phật Bổn Tôn nên hay có nhiều sự thần thông biến hoá. 

Ba yếu tố chính trong sự tu hành của Mật Tông Tây Tạng là Từ Bi, Trí Tuệ, Phương Tiện Thiện Xảo. 

Mật tông có bốn bậc khác nhau từ cao xuống thấp là: 

Tối Thượng Mật Tông

Thiền Quán Mật Tông 

Nghi Thức Mật Tông 

Lễ Bái Mật Tông 

Tối Thượng Mật Tông: Là đã đầy đủ các pháp hành trì của ba bậc thấp hơn và thành tựu đầy đủ các pháp quán tưởng chuyển hoá thân thành vị Phật Bổn Tôn được thành tựu Tam Mật tức là Thân Mật, Ngữ Mật, Ý Mật. 

Thiền Quán Mật Tông: Là đã đầy đủ các pháp hành trì của hai bậc thấp hơn. Hành giả phải biết rõ pháp tu quán tưởng chuyển hoá thân thành Đức Phật Bổn Tôn. Hành giả phải biết rõ phương pháp tu Quán Tưởng Đức Phật Bổn Tôn, biết rõ các Chân Ngôn, biết rõ các Thủ Ấn của bậc này, biết phương pháp tạo đồ hình Mạn Đà La, biết các Chân Ngôn, các nghi thức về làm Pháp Quán Đảnh, làm lễ cúng dường và còn rất nhiều nghi thức khác nữa v.v. của bậc Mật Tông này 

Nghi Thức Mật Tông: Là đã đầy đủ các pháp hành trì của bậc thấp hơn. Hành giả phải biết rõ phương pháp tu Quán Tưởng Đức Phật Bổn Tôn, biết rõ các Chân Ngôn, biết rõ các Thủ Ấn của bậc này, biết phương pháp tạo đồ hình Mạn Đà La, biết các Chân Ngôn, các nghi thức về làm Pháp Quán Đảnh, làm lễ cúng dường và còn rất nhiều nghi thức khác nữa v.v. của bậc Mật Tông này 

Lễ Bái Mật Tông: Là hành giả phải tu hành đầy đủ các pháp lạy sám hối, trì tụng. Hành giả phải biết rõ phương pháp tu Quán Tưởng Đức Phật Bổn Tôn, biết rõ các Chân Ngôn, biết rõ các Thủ Ấn của bậc này, biết phương pháp tạo đồ hình Mạn Đà La, biết các Chân Ngôn, các nghi thức về làm Pháp Quán Đảnh, làm lễ cúng dường và còn rất nhiều nghi thức khác nữa v.v. của bậc Mật Tông này 

Trong mỗi bậc Mật Tông lại có hai phần là Nội Mật và Ngoại Mật. 
Ở tại Việt Nam khi nói đến Mật Tông là nói đến hai loại Mật Tông đầu đó là Lễ Bái Mật Tông và Nghi Thức Mật Tông. 

Các Kinh về Thiền Quán Mật Tông và Tối Thượng Mật Tông thì chỉ có ở trong Đại Tạng Kinh Tây Tạng mà thôi. 

Chư Tăng và Phật Tử Việt Nam sở dĩ không có tin việc tu hành theo Mật Tông trong một đời mà có thể thành Phật là bởi vì không có ai biết về Thiền Quán Mật Tông và Tối Thượng Mật Tông. 

Không phải là hễ ai tu theo Mật Tông thì cũng thành Phật trong một đời cả mà chỉ có các vị tu theo pháp Tối Thượng Mật Tông lúc được thành tựu viên mãn thì mới có thể chứng quả Phật trong hiện đời. 

Pháp Tối Thượng Mật Tông rất là thâm sâu vì vậy một người muốn tu hành pháp Tối Thượng Mật Tông thì phải có căn bản vững chắc về Mật Tông của các bậc dưới rồi và hành giả trước hết phải nhận được Pháp Quán Đảnh của một vị Kim Cang Pháp Sư đã thành tựu về Pháp Tối Thượng Mật Tông truyền dạy. Hành giả cũng phải có sự chứng nhập thâm sâu về Tánh Không và Bồ Đề Tâm thì mới có thể tu hành Pháp Tối Thượng Mật Tông.